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- PDB-6dfx: human diabetogenic TCR T1D3 in complex with DQ8-p8E9E peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dfx
タイトルhuman diabetogenic TCR T1D3 in complex with DQ8-p8E9E peptide
要素
  • (MHC class II ...) x 2
  • T1D3 alpha chain
  • T1D3 beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / T cell receptor / type 1 diabetes / autoimmunity
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / MHC class II protein complex / adaptive immune response / endosome membrane / lysosomal membrane
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class II HLA-DQ-alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen DQ beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Wang, Y. / Dai, S.
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2019
タイトル: How C-terminal additions to insulin B-chain fragments create superagonists for T cells in mouse and human type 1 diabetes.
著者: Wang, Y. / Sosinowski, T. / Novikov, A. / Crawford, F. / White, J. / Jin, N. / Liu, Z. / Zou, J. / Neau, D. / Davidson, H.W. / Nakayama, M. / Kwok, W.W. / Gapin, L. / Marrack, P. / Kappler, J.W. / Dai, S.
履歴
登録2018年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MHC class II HLA-DQ-alpha chain
B: MHC class II antigen
D: MHC class II HLA-DQ-alpha chain
E: MHC class II antigen
G: T1D3 alpha chain
H: T1D3 beta chain
I: T1D3 alpha chain
J: T1D3 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,19611
ポリマ－192,4888
非ポリマー7083
水13,962775
1
A: MHC class II HLA-DQ-alpha chain
B: MHC class II antigen
G: T1D3 alpha chain
H: T1D3 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,7316
ポリマ－96,2444
非ポリマー4862
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: MHC class II HLA-DQ-alpha chain
E: MHC class II antigen
I: T1D3 alpha chain
J: T1D3 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,4655
ポリマ－96,2444
非ポリマー2211
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.705, 88.896, 116.777
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E
13G
23I
14H
24J

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEGLUGLUAA1 - 1791 - 180
21ILEILEGLUGLUDC1 - 1791 - 180
12VALVALALAALABB-27 - 1901 - 214
22VALVALALAALAED-27 - 1901 - 214
13GLNGLNPROPROGE8 - 2019 - 202
23GLNGLNPROPROIG8 - 2019 - 202
14GLYGLYALAALAHF3 - 2451 - 237
24GLYGLYALAALAJH3 - 2391 - 237

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
MHC class II ... , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 MHC class II HLA-DQ-alpha chain


分子量: 21373.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQA1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q30069
#2: タンパク質 MHC class II antigen


分子量: 25119.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: U3PYM0

-
タンパク質 , 2種, 4分子 GIHJ

#3: タンパク質 T1D3 alpha chain


分子量: 22907.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG
#4: タンパク質 T1D3 beta chain


分子量: 26843.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG

-
糖 , 2種, 2分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 776分子

#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 775 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.87 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10% PEG 8000, 100mM cacodylate pH6.2, 400mM NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→50 Å / Num. obs: 142449 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.5 % / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.03→2.2 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.03→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 11.433 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21657 7241 5.1 %RANDOM
Rwork0.18083 ---
obs0.18273 135207 99.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.024 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6 Å20 Å21.09 Å2
2--0.5 Å2-0 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.03→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12872 0 46 775 13693
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.01913250
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.0212071
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4931.93718011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.796327753
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.28451601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.42424660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.622152119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3461591
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1580.21965
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.02115109
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.023232
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.142.9186446
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.142.9186445
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1094.3668033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1094.3668034
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9613.2186804
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.963.2186804
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.4124.79979
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.8923.59314511
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.8923.59614512
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A190200.12
12D190200.12
21B206180.14
22E206180.14
31G175420.18
32I175420.18
41H242140.16
42J242140.16
LS精密化 シェル解像度: 2.028→2.081 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 489 -
Rwork0.314 9807 -
obs--97.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4565-0.3894-0.64751.39770.74011.95370.00480.2972-0.2413-0.2067-0.06240.05060.1918-0.08060.05760.09050.009-00.066-0.03670.0941233.34395.807119.6168
22.3547-0.7318-0.82071.21890.3651.40760.09090.18610.055-0.1246-0.0468-0.1278-0.09090.1537-0.04410.0162-0.00570.00540.06190.01610.0678245.239516.402422.4617
31.71520.3611-0.54961.0385-0.65371.8726-0.0175-0.1994-0.21590.14880.0207-0.03090.20380.0062-0.00320.09220.03930.01050.14220.04990.1479292.38138.172533.8303
42.410.6772-0.63430.8538-0.18980.97670.0749-0.12090.17240.0909-0.00370.0789-0.0671-0.0706-0.07120.03820.0515-0.0060.12710.02050.1419281.898920.108131.4222
50.80950.1254-1.04110.1625-0.1943.4747-0.0103-0.4725-0.08810.1833-0.052-0.04370.12340.31360.06230.25130.0073-0.02510.3375-0.00490.2029225.363218.124875.8136
61.0693-0.0269-1.14610.2281-0.07191.7024-0.0646-0.1655-0.01920.11510.0239-0.02420.05040.12780.04080.07810.00360.00130.07460.01280.1702207.656211.369669.8418
70.54510.1607-1.11440.1021-0.21773.6169-0.11210.225-0.0859-0.14150.0870.04160.1445-0.33620.02510.2982-0.013-0.06710.28670.06420.3204302.191922.7326-20.9695
80.44880.1267-0.6750.626-0.82491.9505-0.0563-0.0341-0.1031-0.24360.07190.01720.2481-0.0441-0.01570.1401-0.0388-0.00530.10130.00070.1886319.512415.3837-15.5659
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 179
2X-RAY DIFFRACTION2B-27 - 344
3X-RAY DIFFRACTION3D1 - 179
4X-RAY DIFFRACTION4E-27 - 190
5X-RAY DIFFRACTION5G8 - 201
6X-RAY DIFFRACTION6H3 - 431
7X-RAY DIFFRACTION7I8 - 201
8X-RAY DIFFRACTION8J3 - 398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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