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- PDB-6dft: Trypanosoma brucei deoxyhypusine synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dft
タイトルTrypanosoma brucei deoxyhypusine synthase
要素
  • Deoxyhypusine synthase
  • Deoxyhypusine synthase regulatory subunit
キーワードTRANSFERASE / heterotetramer / Rossman fold / pseudoenzyme / NAD+
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyhypusine synthase / peptidyl-lysine modification to peptidyl-hypusine / deoxyhypusine synthase activity / spermidine metabolic process / regulation of cytoplasmic translation / positive regulation of catalytic activity / protein heterotetramerization / catalytic complex / enzyme activator activity / enzyme binding ...deoxyhypusine synthase / peptidyl-lysine modification to peptidyl-hypusine / deoxyhypusine synthase activity / spermidine metabolic process / regulation of cytoplasmic translation / positive regulation of catalytic activity / protein heterotetramerization / catalytic complex / enzyme activator activity / enzyme binding / protein homodimerization activity / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Deoxyhypusine Synthase / Deoxyhypusine synthase / Deoxyhypusine synthase / Deoxyhypusine synthase superfamily / Deoxyhypusine synthase / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Deoxyhypusine synthase / Deoxyhypusine synthase regulatory subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
Model detailsActive enzyme is a heterotetramer, composed of a heterodimer of the catalytic and pseudoenzyme monomers.
データ登録者Tomchick, D.R. / Phillips, M.A. / Afanador, G.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R37AI034432 米国
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Trypanosomatid Deoxyhypusine Synthase Activity Is Dependent on Shared Active-Site Complementation between Pseudoenzyme Paralogs.
著者: Afanador, G.A. / Tomchick, D.R. / Phillips, M.A.
#1: ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2013
タイトル: Allosteric Activation of Trypanosomatid Deoxyhypusine Synthase by a Catalytically Dead Paralog
著者: Suong, N. / Jones, D.C. / Wyllie, S. / Fairlamb, A.H. / Phillips, M.A.
履歴
登録2018年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyhypusine synthase
B: Deoxyhypusine synthase regulatory subunit
C: Deoxyhypusine synthase
D: Deoxyhypusine synthase regulatory subunit
E: Deoxyhypusine synthase
F: Deoxyhypusine synthase regulatory subunit
G: Deoxyhypusine synthase
H: Deoxyhypusine synthase regulatory subunit
I: Deoxyhypusine synthase
J: Deoxyhypusine synthase regulatory subunit
K: Deoxyhypusine synthase
L: Deoxyhypusine synthase regulatory subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)533,85725
ポリマ－525,87312
非ポリマー7,98413
水00
1
A: Deoxyhypusine synthase
B: Deoxyhypusine synthase regulatory subunit
C: Deoxyhypusine synthase
D: Deoxyhypusine synthase regulatory subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,9689
ポリマ－175,2914
非ポリマー2,6775
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27260 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area44290 Å2
手法PISA
2
E: Deoxyhypusine synthase
F: Deoxyhypusine synthase regulatory subunit
G: Deoxyhypusine synthase
H: Deoxyhypusine synthase regulatory subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,9458
ポリマ－175,2914
非ポリマー2,6544
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26880 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area44590 Å2
手法PISA
3
I: Deoxyhypusine synthase
J: Deoxyhypusine synthase regulatory subunit
K: Deoxyhypusine synthase
L: Deoxyhypusine synthase regulatory subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,9458
ポリマ－175,2914
非ポリマー2,6544
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27180 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area43870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.358, 242.162, 266.303
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Deoxyhypusine synthase


分子量: 50226.137 Da / 分子数: 6 / 断片: catalytic monomer / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: DHSc / プラスミド: pETDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q38BX0, deoxyhypusine synthase
#2: タンパク質
Deoxyhypusine synthase regulatory subunit / Inactive deoxyhypusine synthase


分子量: 37419.312 Da / 分子数: 6 / 断片: pseudoenzyme monomer / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: DHSp / プラスミド: pETDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4GZD1, deoxyhypusine synthase
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.66 % / 解説: THIN PLATE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES, 10 mM TCEP, 2 mM NAD+, 8% PEG 6000, 20% ETHYLENE GLYCOL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月20日 / 詳細: monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 52848 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 64.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.188 / Rpim(I) all: 0.101 / Rrim(I) all: 0.214 / Χ2: 0.87 / Net I/σ(I): 4.1 / Num. measured all: 214291
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.5-3.563.40.79625560.650.4550.9240.62594.4
3.56-3.633.50.67924920.6630.3840.7860.62594.3
3.63-3.693.50.66625540.6980.3790.7720.93695.9
3.69-3.773.50.57825640.7080.3260.6680.84495.2
3.77-3.853.60.48925450.8030.2760.5660.70896
3.85-3.943.60.49125600.8840.2770.5671.21795.9
3.94-4.043.50.39925970.8470.2310.4640.86495.3
4.04-4.153.40.32825200.8460.1950.3840.85595.4
4.15-4.274.10.30326830.9030.1620.3460.90498.1
4.27-4.414.20.26925990.9110.1420.3060.99297.7
4.41-4.574.30.23926770.9270.1270.2721.03498.7
4.57-4.754.40.22226390.9340.1180.2531.04898.6
4.75-4.974.40.20627190.9390.1090.2351.00798.9
4.97-5.234.50.18926480.9470.0990.2140.95398.7
5.23-5.554.10.1826520.9450.0990.2070.86297.3
5.55-5.984.80.1727070.9650.0860.1910.7899.3
5.98-6.584.80.15127260.9670.0750.1690.74398.8
6.58-7.534.60.12227360.9760.0620.1380.77499
7.53-9.484.40.09427700.9840.0480.1060.83797.6
9.48-504.40.08129040.9840.0420.0920.74997.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RQD

1rqd


解像度: 3.5→48.752 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.62
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2623 1956 3.98 %RANDOM
Rwork0.2224 ---
obs0.224 49148 91.47 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 147.42 Å2 / Biso mean: 57.1506 Å2 / Biso min: 23.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→48.752 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31800 0 529 0 32329
Biso mean--46.97 --
残基数----4144
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5001-3.58760.3374720.30171790186249
3.5876-3.68460.34731130.28292719283276
3.6846-3.7930.33341320.26593248338089
3.793-3.91540.35071390.27883350348993
3.9154-4.05520.30291430.25213429357294
4.0552-4.21750.26561440.22373458360295
4.2175-4.40930.26221470.21123559370698
4.4093-4.64160.22021520.19553625377798
4.6416-4.93220.22821490.19573614376399
4.9322-5.31260.23321490.19453592374198
5.3126-5.84640.26611520.21513639379198
5.8464-6.69060.26561530.23013662381599
6.6906-8.42230.26071530.20823674382798
8.4223-48.75720.20711580.20063833399197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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