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- PDB-5fle: High resolution NI,FE-CODH-320 mV with CN state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fle
タイトルHigh resolution NI,FE-CODH-320 mV with CN state
要素CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / CARBON MONOXIDE / NICKEL / IRON / CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / hydroxylamine reductase activity / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / peroxidase activity / response to hydrogen peroxide / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #30 / Rossmann fold - #2030 / Ni-containing CO dehydrogenase / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle ...Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #30 / Rossmann fold - #2030 / Ni-containing CO dehydrogenase / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL IRON CLSUTER WITH CYANIDE BOUND / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / IRON/SULFUR CLUSTER / Carbon monoxide dehydrogenase 2
類似検索 - 構成要素
生物種CARBOXYDOTHERMUS HYDROGENOFORMANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.23 Å
データ登録者Ciaccafava, A. / Tombolelli, D. / Domnik, L. / Fesseler, J. / Jeoung, J.-H. / Dobbek, H. / Mroginski, M.A. / Hildebrandt, P. / Zebger, I.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2016
タイトル: When the inhibitor tells more than the substrate: the cyanide-bound state of a carbon monoxide dehydrogenase.
著者: Ciaccafava, A. / Tombolelli, D. / Domnik, L. / Fesseler, J. / Jeoung, J.H. / Dobbek, H. / Mroginski, M.A. / Zebger, I. / Hildebrandt, P.
履歴
登録2015年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9845
ポリマ－67,0201
非ポリマー9644
水12,214678
1
X: CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE 2
ヘテロ分子

X: CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,96910
ポリマ－134,0412
非ポリマー1,9288
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area8410 Å2
ΔGint-122.7 kcal/mol
Surface area37980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.216, 75.511, 71.132
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.53, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-2093-

HOH

21X-2292-

HOH

31X-2343-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 X

#1: タンパク質 CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE 2 / CODH 2


分子量: 67020.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CARBOXYDOTHERMUS HYDROGENOFORMANS (バクテリア)
株: Z-2901 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9F8A8

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非ポリマー , 5種, 682分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 化合物 ChemComp-82N / NICKEL IRON CLSUTER WITH CYANIDE BOUND


分子量: 380.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CFe3NNiS4
#5: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 678 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 15% PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.5,

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: SI-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.23→40.76 Å / Num. obs: 159430 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.55
反射 シェル解像度: 1.23→1.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.62 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3B53

3b53


解像度: 1.23→66.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 1.472 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15321 7972 5 %RANDOM
Rwork0.12108 ---
obs0.1227 151457 99.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.613 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20 Å21.27 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.23→66.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4653 0 23 678 5354
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0194880
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024826
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.942.096714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4523.01311130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1355664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.91924.807181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.21815832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4851526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2801
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0215542
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021006
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4031.4382576
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3841.4382574
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6312.1673227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6332.1673228
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.6261.742304
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.6241.7392305
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.0682.4953404
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.62714.166211
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.7512.7685749
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.09139705
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free59.5185114
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded16.56510172
LS精密化 シェル解像度: 1.229→1.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 572 -
Rwork0.241 10874 -
obs--97.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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