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- PDB-6ond: Crystal structure of Desulfovibrio vulgaris carbon monoxide dehyd... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ond | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of Desulfovibrio vulgaris carbon monoxide dehydrogenase produced without CooC, reduced | ||||||||||||
![]() | Carbon monoxide dehydrogenase | ||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / nickel-iron-sulfur (Ni-Fe-S) cluster / iron-sulfur (Fe-S) cluster / metalloenzyme | ||||||||||||
Function / homology | ![]() anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / : / hydroxylamine reductase activity / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / peroxidase activity / response to hydrogen peroxide / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Wittenborn, E.C. / Cohen, S.E. / Drennan, C.L. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural insight into metallocofactor maturation in carbon monoxide dehydrogenase. Authors: Wittenborn, E.C. / Cohen, S.E. / Merrouch, M. / Leger, C. / Fourmond, V. / Dementin, S. / Drennan, C.L. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 948.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 779.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6oncC ![]() 6onsC ![]() 6b6vS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 67715.898 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: Q72A99, anaerobic carbon monoxide dehydrogenase |
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-Non-polymers , 8 types, 1926 molecules ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/XCC.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/XCC.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-SF4 / #3: Chemical | ChemComp-XCC / #4: Chemical | ChemComp-FE / #5: Chemical | ChemComp-MG / #6: Chemical | ChemComp-CL / #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-GOL / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.68 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 200-275 mM magnesium chloride, 14-20% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Aug 4, 2017 |
Radiation | Monochromator: Cryo-cooled double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.72→100 Å / Num. obs: 225437 / % possible obs: 95.9 % / Redundancy: 5.1 % / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 11.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.72→1.75 Å / Num. unique obs: 16599 / Rsym value: 0.913 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 6B6V Resolution: 1.723→93.272 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 18.25
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.723→93.272 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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