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万見
- PDB-6df3: Crystal structure of ternary complex of IL-24 with soluble recept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6df3
タイトルCrystal structure of ternary complex of IL-24 with soluble receptors IL-22RA and IL-20RB
要素
  • Interleukin-20 receptor subunit beta
  • Interleukin-22 receptor subunit alpha-1
  • Interleukin-24
キーワードCYTOKINE / ternary complex / cell signaling / JAK-STAT pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


CD8-positive, alpha-beta T cell homeostasis / negative regulation of type IV hypersensitivity / interferon receptor activity / interleukin-20 binding / interleukin-22 receptor activity / immune response-inhibiting signal transduction / inflammatory response to antigenic stimulus / cytokine receptor activity / negative regulation of interleukin-2 production / Interleukin-20 family signaling ...CD8-positive, alpha-beta T cell homeostasis / negative regulation of type IV hypersensitivity / interferon receptor activity / interleukin-20 binding / interleukin-22 receptor activity / immune response-inhibiting signal transduction / inflammatory response to antigenic stimulus / cytokine receptor activity / negative regulation of interleukin-2 production / Interleukin-20 family signaling / positive regulation of interleukin-4 production / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of interleukin-10 production / T cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / homeostasis of number of cells within a tissue / cellular response to interleukin-4 / negative regulation of cell migration / cytokine activity / negative regulation of inflammatory response / cytokine-mediated signaling pathway / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / immune response / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interleukin-24 / Interleukin-10/19/20/22/24/26 family / Interleukin-10, conserved site / Interleukin-10 family signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Four-helical cytokine-like, core / Fibronectin type-III domain profile. ...Interleukin-24 / Interleukin-10/19/20/22/24/26 family / Interleukin-10, conserved site / Interleukin-10 family signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Four-helical cytokine-like, core / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-24 / Interleukin-20 receptor subunit beta / Interleukin-22 receptor subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Lubkowski, J. / Wlodawer, A.
引用ジャーナル: J. Immunol. / 年: 2018
タイトル: Crystal Structure of the Labile Complex of IL-24 with the Extracellular Domains of IL-22R1 and IL-20R2.
著者: Lubkowski, J. / Sonmez, C. / Smirnov, S.V. / Anishkin, A. / Kotenko, S.V. / Wlodawer, A.
履歴
登録2018年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Interleukin-22 receptor subunit alpha-1
C: Interleukin-24
H: Interleukin-20 receptor subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9587
ポリマ－63,1283
非ポリマー8304
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Additional support from: SDS-PAGE, native SDS, mass spectroscopy, Western blot
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6090 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area26730 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)77.702, 77.702, 124.785
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 LCH

#1: タンパク質 Interleukin-22 receptor subunit alpha-1 / IL-22RA1 / Cytokine receptor class-II member 9 / Cytokine receptor family 2 member 9 / CRF2-9 / ZcytoR11


分子量: 23560.807 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-228 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL22RA1, IL22R
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q8N6P7
#2: タンパク質 Interleukin-24 / IL-24 / Melanoma differentiation-associated gene 7 protein / MDA-7 / Suppression of tumorigenicity 16 protein


分子量: 18201.967 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 52-206 / Mutation: N85Q, N99Q, N126Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL24, MDA7, ST16
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q13007
#3: タンパク質 Interleukin-20 receptor subunit beta / IL-20RB / Fibronectin type III domain containing 6 / FNDC6 / IL-20R2


分子量: 21365.219 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 35-224 / Mutation: N134Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL20RB, DIRS1, UNQ557/PRO1114
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q6UXL0

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糖 , 2種, 2分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 82分子

#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 8 mg/mL protein in 0.2 M sodium chloride, 0.05 M HEPES against 215 w/v MEPEG2000, 0.05 M Tris, pH 8.5, 0.05 M trimethylamine N-oxide dihydrate
PH範囲: 7.5 - 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: STREAM OF VAPOURIZED NITROGEN
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月1日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→99 Å / Num. obs: 39903 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8 % / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 29.7
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.416 / Mean I/σ(I) obs: 1.62 / Num. unique obs: 3987 / CC1/2: 0.7 / Rpim(I) all: 0.62 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4DOH

4doh


解像度: 2.15→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 13.072 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.17 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2246 1978 5 %RANDOM
Rwork0.1816 ---
obs0.1838 37897 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 180.36 Å2 / Biso mean: 74.672 Å2 / Biso min: 34.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.75 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.75 Å2-0 Å2
3----3.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4395 0 54 80 4529
Biso mean--110.93 62.45 -
残基数----544
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0194563
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024172
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0181.9576200
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0839684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8995539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.47823.575207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.22415769
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0731528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2701
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214950
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02950
LS精密化 シェル解像度: 2.154→2.21 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 167 -
Rwork0.298 2738 -
all-2905 -
obs--98.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.50341.252.93512.09970.3931.90040.43450.33-0.2751-0.6579-0.4019-0.1270.45710.222-0.03270.41230.19650.07350.1529-0.01980.07323.28155.239454.6311
22.5118-0.44962.26573.6917-1.22976.73430.24190.3228-0.022-0.47950.01080.2320.35210.2674-0.25270.09880.0436-0.05720.0621-0.02230.05211.231223.380452.0204
36.619-0.36991.35522.68180.53342.78580.1205-0.6762-0.09260.23610.3312-0.47750.05230.5364-0.45180.0995-0.0122-0.0140.2821-0.15280.161711.999726.968579.3283
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L24 - 303
2X-RAY DIFFRACTION2C52 - 206
3X-RAY DIFFRACTION3H35 - 224

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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