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Yorodumi- PDB-6pjx: Crystal Structure of G Protein-Coupled Receptor Kinase 5 (GRK5) i... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6pjx | ||||||||||||
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Title | Crystal Structure of G Protein-Coupled Receptor Kinase 5 (GRK5) in Complex with Calmodulin (CaM) | ||||||||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE / G protein-coupled receptor (GPCR) / G protein-coupled receptor kinase / phosphorylation / protein kinase / receptor regulation / signal transduction / Calmodulin / Calcium binding protein | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information G-protein-coupled receptor kinase / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / tachykinin receptor signaling pathway / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / fat cell differentiation / regulation of signal transduction / protein kinase C binding / phospholipid binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway ...G-protein-coupled receptor kinase / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / tachykinin receptor signaling pathway / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / fat cell differentiation / regulation of signal transduction / protein kinase C binding / phospholipid binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / Wnt signaling pathway / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / nuclear membrane / protein autophosphorylation / regulation of cell cycle / protein kinase activity / nuclear speck / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Podiceps cristatus (great crested grebe) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.96 Å | ||||||||||||
Authors | Bhardwaj, A. / Komolov, K.E. / Sulon, S. / Benovic, J.L. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2021 Title: Structure of a GRK5-Calmodulin Complex Reveals Molecular Mechanism of GRK Activation and Substrate Targeting. Authors: Komolov, K.E. / Sulon, S.M. / Bhardwaj, A. / van Keulen, S.C. / Duc, N.M. / Laurinavichyute, D.K. / Lou, H.J. / Turk, B.E. / Chung, K.Y. / Dror, R.O. / Benovic, J.L. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6pjx.cif.gz | 280.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6pjx.ent.gz | 222.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6pjx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/6pjx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/6pjx | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4tnbS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 67968.711 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: E104K, R304H, G438E Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: GRK5, GPRK5 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) References: UniProt: P34947, G-protein-coupled receptor kinase | ||||
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#2: Protein | Mass: 16721.350 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Podiceps cristatus (great crested grebe) Gene: N338_03747 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A094NJQ6 | ||||
#3: Chemical | ChemComp-SGV / | ||||
#4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Sample- 25 mg/ml GRK5/CaM complex in buffer 20 mM Hepes, pH 7.2, 200 mM NaCl, 2 mM CaCl2, 1 mM DTT incubated with SGV in the presence of MgCl2. Crystallization screening reservoir condition- ...Details: Sample- 25 mg/ml GRK5/CaM complex in buffer 20 mM Hepes, pH 7.2, 200 mM NaCl, 2 mM CaCl2, 1 mM DTT incubated with SGV in the presence of MgCl2. Crystallization screening reservoir condition- 90% of (200 mM KCl, 50 mM Hepes pH 7.5, 30% 5/4 PO/OH) + 10% of (0.05% w/v L-Citrulline, 0.05% w/v Glycine, 0.05% w/v L-(-)-Threonine, 0.05% w/v L-(+)-Lysine, 0.05% w/v L-Alanine, 0.05% w/v L-Arginine, 0.05% w/v L-Asparagine monohydrate, 0.05% w/v L-Aspartic acid, 0.05% w/v L-Glutamic acid, 0.05% w/v L-Glutamine, 0.05% w/v L-Histidine, 0.05% w/v L-Isoleucine, 0.05% w/v L-Leucine, 0.05% w/v L-Methionine, 0.05% w/v L-Phenylalanine, 0.05% w/v L-Proline, 0.05% w/v L-Serine, 0.05% w/v L-Tryptophan, 0.05% w/v L-Tyrosine, 0.05% w/v L-Valine, 0.02 M HEPES sodium pH 6) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93.15 K / Ambient temp details: X-stream 2000 system / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.54 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 200K / Detector: PIXEL / Date: Dec 15, 2015 / Details: Varimax-HF Confocal Optical system |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.958→49.01 Å / Num. obs: 51717 / % possible obs: 88.5 % / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 23.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1077 / Net I/σ(I): 14.03 |
Reflection shell | Resolution: 1.96→2.03 Å / Redundancy: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.5964 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 63.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4TNB Resolution: 1.96→49.01 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.15
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.47 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.96→49.01 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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