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- PDB-6dew: Structure of human COQ9 protein with bound isoprene. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dew
タイトルStructure of human COQ9 protein with bound isoprene.
要素Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, mitochondrial
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / COQ Biosynthesis / isoprene binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Ubiquinol biosynthesis / ubiquinone biosynthesis complex / isoprenoid binding / ubiquinone biosynthetic process / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / enzyme activator activity / mitochondrial inner membrane / lipid binding / protein homodimerization activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Ubiquinone biosynthesis protein COQ9 / : / Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, N-terminal domain / COQ9 / COQ9 / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Geraniol / (2E,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trien-1-ol / (2Z,6Z)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trien-1-ol / (2Z,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trien-1-ol / Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bingman, C.A. / Lohman, D.C. / Smith, R.W. / Pagliarini, D.J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM115591 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM112057 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM08349 米国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2019
タイトル: An Isoprene Lipid-Binding Protein Promotes Eukaryotic Coenzyme Q Biosynthesis.
著者: Lohman, D.C. / Aydin, D. / Von Bank, H.C. / Smith, R.W. / Linke, V. / Weisenhorn, E. / McDevitt, M.T. / Hutchins, P. / Wilkerson, E.M. / Wancewicz, B. / Russell, J. / Stefely, M.S. / Beebe, E. ...著者: Lohman, D.C. / Aydin, D. / Von Bank, H.C. / Smith, R.W. / Linke, V. / Weisenhorn, E. / McDevitt, M.T. / Hutchins, P. / Wilkerson, E.M. / Wancewicz, B. / Russell, J. / Stefely, M.S. / Beebe, E.T. / Jochem, A. / Coon, J.J. / Bingman, C.A. / Dal Peraro, M. / Pagliarini, D.J.
履歴
登録2018年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年3月6日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / entity / pdbx_database_proc / pdbx_entity_nonpoly
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.pdbx_auth_atom_name / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 3.02019年5月8日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_asym.entity_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 3.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 3.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, mitochondrial
B: Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, mitochondrial
C: Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, mitochondrial
D: Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, mitochondrial
E: Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, mitochondrial
F: Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,27917
ポリマ－145,6696
非ポリマー1,61011
水8,197455
1
A: Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9735
ポリマ－24,2781
非ポリマー6954
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5293
ポリマ－24,2781
非ポリマー2502
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2781
ポリマ－24,2781
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7514
ポリマ－24,2781
非ポリマー4733
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3742
ポリマ－24,2781
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3742
ポリマ－24,2781
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.450, 222.780, 130.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-423-

HOH

21A-493-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, mitochondrial


分子量: 24278.188 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COQ9, C16orf49, HSPC326, PSEC0129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75208

-
非ポリマー , 6種, 466分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-64Z / Geraniol / ゲラニオ-ル


分子量: 154.249 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18O
#4: 化合物 ChemComp-N1S / (2Z,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trien-1-ol / cis,trans-Farnesol / (Z,E)-ファルネソ-ル


分子量: 222.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H26O
#5: 化合物 ChemComp-FOF / (2E,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trien-1-ol / trans,trans-Farnesol / (2E,6E)-ファルネソ-ル


分子量: 222.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H26O
#6: 化合物 ChemComp-FOH / (2Z,6Z)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trien-1-ol / cis,cis-Farnesol


分子量: 222.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H26O
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 455 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5
詳細: Crystals were grown by seeded micro batch in a glass depression plate, on glass coverslips. The experiment was sealed with FOMBLIN oil. 2 microliters of protein saturated with geranylgeraniol ...詳細: Crystals were grown by seeded micro batch in a glass depression plate, on glass coverslips. The experiment was sealed with FOMBLIN oil. 2 microliters of protein saturated with geranylgeraniol was mixed with 1 microliter of seed stock and two microliters of reservoir solution. The reservoir solution was composed of 1.2 molar ammonium sulfate and 0.1 molar TrisHCl buffer at pH 8.5. The reservoir was saturated with geranylgeraniol by adding several microliters of neat geranylgeraniol.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12723 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月19日
放射モノクロメーター: Si 110 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48 Å / Num. obs: 114146 / % possible obs: 99.68 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 37.83 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1274 / Rpim(I) all: 0.03598 / Rrim(I) all: 0.1325 / Net I/σ(I): 15.48
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 1.759 / Mean I/σ(I) obs: 1.51 / Num. unique obs: 11326 / CC1/2: 0.622 / Rpim(I) all: 0.4802 / Rrim(I) all: 1.824 / % possible all: 99.87

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6AWL

6awl


解像度: 2→48 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2094 2045 1.79 %thin shells
Rwork0.1693 ---
obs0.17 114139 99.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9128 0 106 455 9689
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0199481
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35712852
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1055676
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761415
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111664
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.04650.30231410.26867421X-RAY DIFFRACTION100
2.0465-2.09770.29611350.2447418X-RAY DIFFRACTION100
2.0977-2.15440.26441240.21597400X-RAY DIFFRACTION100
2.1544-2.21780.22221230.18867433X-RAY DIFFRACTION100
2.2178-2.28940.22651620.17497391X-RAY DIFFRACTION100
2.2894-2.37120.20381260.1717412X-RAY DIFFRACTION99
2.3712-2.46610.21151280.16587434X-RAY DIFFRACTION100
2.4661-2.57840.24011340.16397397X-RAY DIFFRACTION99
2.5784-2.71430.21961370.16957460X-RAY DIFFRACTION100
2.7143-2.88430.25661400.18817466X-RAY DIFFRACTION100
2.8843-3.1070.21321310.19657497X-RAY DIFFRACTION100
3.107-3.41960.23561440.18087520X-RAY DIFFRACTION100
3.4196-3.91420.18011270.1527561X-RAY DIFFRACTION100
3.9142-4.93070.1741780.13487448X-RAY DIFFRACTION99
4.9307-48.01340.19911150.16657836X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.26570.25161.50633.2953-0.97663.03330.2391-0.03120.47830.0156-0.15930.2138-0.6585-0.019200.60530.0550.0750.37250.02430.426552.635124.50913.0681
21.369-0.71370.78731.1193-0.73741.5271-0.03070.1586-0.1261-0.30050.31520.66880.0936-0.230100.391-0.0281-0.0410.29870.04060.336648.4326102.496512.3323
31.53240.2105-0.40012.2987-0.51282.19560.0306-0.00970.06220.04890.0103-0.0427-0.0848-0.0147-0.00010.3282-0.017-0.01380.24710.02010.2857.0176108.862717.9897
43.0807-0.8658-2.08631.850.1513.2485-0.13250.0903-0.34750.0189-0.022-0.0160.13840.0021-0.00010.3121-0.0179-0.02450.2751-0.02520.30160.633499.683123.9969
51.4211-0.3776-0.51661.38451.56871.8902-0.02730.4183-0.56440.1556-0.11130.32290.4677-0.3317-0.00010.5704-0.02860.02640.6108-0.07740.513638.403149.5772-4.655
60.55060.2066-0.04381.23170.05620.71850.00730.1136-0.573-0.08430.1257-0.40740.28520.30980.00010.34610.03520.02540.3994-0.03550.440251.001154.856511.759
71.6634-0.14620.58121.37290.01721.5675-0.06550.051-0.0454-0.10490.0566-0.20480.14520.0753-00.26-0.01490.02350.31130.00490.347246.892162.506313.4237
81.62210.9387-0.96192.1254-0.80083.0864-0.1109-0.0220.0571-0.0069-0.1948-0.3738-0.16930.3074-0.00070.2148-0.0212-0.00180.29880.01650.377147.734671.411618.131
90.91960.61631.01231.9279-0.66112.04610.47930.1082-0.3051-0.3576-0.2655-0.10360.32910.2947-0.00020.46340.02640.07150.46010.04440.417738.41440.717146.6061
100.45880.1237-0.13120.43180.06730.9288-0.0535-0.21170.34420.3222-0.157-0.2366-0.54930.3291-00.4476-0.05240.01740.50140.03650.396239.350146.243351.5229
110.48730.56610.21860.17950.4770.1663-0.13070.0466-0.30240.44890.23910.0370.84030.23620.00010.4969-0.0966-0.00410.31560.01860.419933.3636.294430.8037
120.0224-0.0599-0.00350.12790.11230.0728-0.26390.45480.2977-0.62480.44290.59920.0391-0.15140.00020.6713-0.2047-0.00140.456-0.00090.572124.035926.485716.7288
130.6452-0.31090.02691.719-0.59820.7440.0841-0.1354-0.11040.1224-0.04960.32140.4431-0.37560.00020.3518-0.1495-0.00020.42230.03770.344725.046845.008831.7274
140.76370.43330.05570.4495-0.3380.7396-0.1187-0.1035-0.2535-0.21240.1828-0.20340.15060.04180.00010.3418-0.0853-0.0020.30890.01150.358836.70646.906926.35
153.04570.13681.5994.1618-0.74171.6166-0.01230.3048-0.2544-0.6553-0.05220.3010.3864-0.5080.00010.4448-0.1057-0.07020.4326-0.00250.471322.585747.147920.4906
160.82180.20280.02490.411-0.52160.60840.03630.3590.8486-0.38950.4071-0.1511-1.1220.122-0.00020.82860.07960.09380.54960.13280.684627.557589.1664-5.7477
170.03340.0827-0.07150.1255-0.0820.05340.19670.59550.5823-1.3376-0.0513-1.0955-0.24070.51870.00280.7627-0.02670.16870.49850.14290.54232.365784.3835-9.962
180.11080.0809-0.14810.0498-0.07570.08080.78070.37530.7693-0.0126-0.983-1.4271-0.5911.3938-0.00150.9047-0.18490.06231.01590.19141.160936.972789.899-6.2712
190.3533-0.02040.07232.2783-0.86591.17230.34030.17780.53920.05090.12510.3028-0.5665-0.87370.0050.37670.1240.02230.63480.05870.435914.692783.65874.7196
200.030.1710.2051.53491.76512.09310.1610.93930.3374-0.8937-0.24860.9912-0.7251-0.20080.02610.4206-0.0066-0.08161.48710.15310.7856-3.226176.32658.5855
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221.32760.41691.11582.3267-0.04981.19970.0369-0.50560.20490.35220.08060.2728-0.1751-1.01090.00020.32790.04060.01710.75120.08590.454916.799271.380616.7163
231.1632-0.24490.49361.45210.01860.3668-0.0532-0.2181-0.5625-0.23330.02940.38670.5444-1.145-0.00050.4795-0.12170.00850.70970.07760.536513.604262.04677.5261
240.63570.4304-0.03760.80130.51740.5261-0.0071-0.10720.2321-0.19780.43080.4771-0.3579-1.36740.00240.39920.16920.04810.83070.12940.45789.688972.759640.5034
250.5840.55950.11840.4147-0.05090.6476-0.15770.3414-0.4588-0.28290.02660.82230.4617-1.19720.00080.39070.0378-0.01770.9820.10320.55886.129966.331639.842
260.47050.371-0.11310.1235-0.14031.2044-0.0256-0.09080.38110.1670.07470.2958-0.3448-0.343-00.33360.08780.05120.46320.0530.47424.335381.758935.9987
270.15410.13380.08330.1806-0.0110.08640.3512-0.23010.0572-0.0281-0.08670.0268-0.3150.07980.00040.45660.03290.02690.3889-0.05080.508540.114993.410139.1607
281.95260.0613-0.66251.5283-0.63042.0498-0.0926-0.02380.11920.00330.08420.0571-0.2363-0.266600.23770.02810.00140.35890.02040.289128.548972.452534.6931
292.2485-0.5640.08390.53781.15342.60550.10740.07460.21710.2240.04450.109-0.5344-0.16990.00380.21820.0166-0.01330.2722-0.00020.296137.233274.384128.8637
301.5832-0.85931.24172.6263-0.40741.2583-0.1595-0.36-0.26610.4662-0.2487-0.5057-0.5110.4343-0.00040.4135-0.026-0.0840.32180.01150.348543.059971.118241.499
310.2119-0.067-0.01890.5019-0.38230.30960.1675-0.96320.24560.5872-0.14261.4160.0718-1.79470.02160.73310.19430.24180.8657-0.00190.809726.9259115.013548.1061
320.1532-0.02550.30430.0859-0.09630.3767-0.0336-0.6962-0.46890.6910.01581.16190.5315-0.529-0.00021.0413-0.00520.26180.8270.13680.925527.7157107.785450.4488
330.2214-0.13-0.39240.47480.5330.861-0.10810.1475-0.0728-0.28620.34440.2791-0.3837-0.9518-0.00030.58130.2036-0.00980.48080.06040.481229.6023125.394133.0898
340.3741-0.0652-0.08910.0575-0.00130.0099-0.59831.32260.5659-0.0161-0.30960.2805-0.2986-0.5877-0.0061.09110.3314-0.00850.66450.13390.795732.833142.705825.0723
351.0205-1.05670.54671.65960.21521.1980.05790.07440.127-0.062-0.00220.106-0.4232-0.1687-00.47730.10980.03060.27630.02390.36139.7988122.520935.7298
363.9454-0.2234-0.05462.95990.13861.2988-0.03330.32170.3508-0.43670.0489-0.1356-0.92670.32750.00050.70280.0291-0.00670.32070.03050.416447.5299130.967431.8745
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 93 through 142 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 143 through 177 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 178 through 231 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 232 through 287 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 96 through 142 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 143 through 169 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 170 through 231 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 232 through 286 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 95 through 114 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 115 through 142 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 143 through 169 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 170 through 177 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 178 through 207 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 208 through 231 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 232 through 282 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 95 through 114 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 115 through 127 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 128 through 142 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 143 through 169 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 170 through 177 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 178 through 231 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 232 through 260 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 261 through 283 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 97 through 114 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 115 through 142 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 143 through 169 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 170 through 177 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 178 through 231 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 232 through 260 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 261 through 287 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 100 through 114 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 115 through 142 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 143 through 170 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 171 through 177 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 178 through 231 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 232 through 283 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る