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- PDB-6de7: Crystal Structure at 4.3 A Resolution of Glycosylated HIV-1 Clade... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6de7
タイトルCrystal Structure at 4.3 A Resolution of Glycosylated HIV-1 Clade A BG505 SOSIP.664 Prefusion Env Trimer with Interdomain Stabilization 113C-429GCG in Complex with Broadly Neutralizing Antibodies PGT122 and 35O22
要素
  • (Envelope glycoprotein ...) x 2
  • 35O22 heavy chain
  • 35O22 light chain
  • PGT122 Heavy chain
  • PGT122 Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV-1 / SOSIP / Disulfide / Trimer
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / Fc-gamma receptor I complex binding / CD22 mediated BCR regulation / positive regulation of establishment of T cell polarity / complement-dependent cytotoxicity / Alpha-defensins / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity ...Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / Fc-gamma receptor I complex binding / CD22 mediated BCR regulation / positive regulation of establishment of T cell polarity / complement-dependent cytotoxicity / Alpha-defensins / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / Dectin-2 family / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / complement activation, classical pathway / Binding and entry of HIV virion / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / host cell endosome membrane / Regulation of Complement cascade / actin filament organization / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / viral protein processing / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / : / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...Envelope glycoprotein Gp160 / : / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant gamma 1 / Envelope glycoprotein gp160 / Immunoglobulin lambda constant 2 / Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.123 Å
データ登録者Gorman, J. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2018
タイトル: Interdomain Stabilization Impairs CD4 Binding and Improves Immunogenicity of the HIV-1 Envelope Trimer.
著者: Zhang, P. / Gorman, J. / Geng, H. / Liu, Q. / Lin, Y. / Tsybovsky, Y. / Go, E.P. / Dey, B. / Andine, T. / Kwon, A. / Patel, M. / Gururani, D. / Uddin, F. / Guzzo, C. / Cimbro, R. / Miao, H. / ...著者: Zhang, P. / Gorman, J. / Geng, H. / Liu, Q. / Lin, Y. / Tsybovsky, Y. / Go, E.P. / Dey, B. / Andine, T. / Kwon, A. / Patel, M. / Gururani, D. / Uddin, F. / Guzzo, C. / Cimbro, R. / Miao, H. / McKee, K. / Chuang, G.Y. / Martin, L. / Sironi, F. / Malnati, M.S. / Desaire, H. / Berger, E.A. / Mascola, J.R. / Dolan, M.A. / Kwong, P.D. / Lusso, P.
履歴
登録2018年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年3月24日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Envelope glycoprotein gp160
D: 35O22 heavy chain
E: 35O22 light chain
G: Envelope glycoprotein gp160
H: PGT122 Heavy chain
L: PGT122 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,58228
ポリマ－169,0636
非ポリマー11,51922
水00
1
B: Envelope glycoprotein gp160
D: 35O22 heavy chain
E: 35O22 light chain
G: Envelope glycoprotein gp160
H: PGT122 Heavy chain
L: PGT122 Light Chain
ヘテロ分子

B: Envelope glycoprotein gp160
D: 35O22 heavy chain
E: 35O22 light chain
G: Envelope glycoprotein gp160
H: PGT122 Heavy chain
L: PGT122 Light Chain
ヘテロ分子

B: Envelope glycoprotein gp160
D: 35O22 heavy chain
E: 35O22 light chain
G: Envelope glycoprotein gp160
H: PGT122 Heavy chain
L: PGT122 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)541,74584
ポリマ－507,19018
非ポリマー34,55666
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.655, 128.655, 312.918
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-655-

SO4

21G-655-

SO4

-
要素

-
Envelope glycoprotein ... , 2種, 2分子 BG

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein gp160 / Env polyprotein


分子量: 17146.482 Da / 分子数: 1 / 変異: I559P, T605C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
細胞株: HEK293 / 遺伝子: env / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S7, UniProt: P04578*PLUS
#4: タンパク質 Envelope glycoprotein gp160 / Env polyprotein


分子量: 54112.379 Da / 分子数: 1
変異: D113C, T332N, R429G, A501C, E509R, K510R, A512R, V513R
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6

-
タンパク質 , 2種, 2分子 DH

#2: タンパク質 35O22 heavy chain


分子量: 26170.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01857*PLUS
#5: タンパク質 PGT122 Heavy chain


分子量: 25434.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01857*PLUS

-
抗体 , 2種, 2分子 EL

#3: 抗体 35O22 light chain


分子量: 23318.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#6: 抗体 PGT122 Light Chain


分子量: 22880.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOY2*PLUS

-
糖 , 8種, 21分子

#7: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#12: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#13: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1559.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#14: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 1分子

#15: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 24%PEG400, 3% PEG3350, 0.1M sodium acetate 5.5, 0.2M LiSO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.16
反射解像度: 4.1→50 Å / Num. obs: 16811 / % possible obs: 75.6 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.182 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.193 / Χ2: 0.941 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 111641
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
4.1-4.23.40.7266340.7330.3170.8011.07844
4.2-4.33.60.5286700.9410.2270.5811.13945.7
4.3-4.423.70.4397440.8130.1860.4811.06549.8
4.42-4.553.90.487260.8380.2040.5270.96249
4.55-4.693.80.4198430.8770.1790.461.0357.3
4.69-4.8640.399290.8830.1620.4261.06662.4
4.86-5.054.20.3869870.90.1590.420.9167.6
5.05-5.284.60.39911560.9320.1650.4351.03276.2
5.28-5.565.10.37612490.9270.150.4080.93584.9
5.56-5.916.30.53513960.8860.2080.5770.89295.5
5.91-6.378.40.55415100.9290.1960.5890.881100
6.37-7.019.60.47314860.950.1580.4990.886100
7.01-8.029.80.25814830.9810.0840.2710.881100
8.02-10.099.70.13114890.9910.0420.1380.896100
10.09-509.30.12115090.9680.0410.1291.05899.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3126: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TVP

4tvp


解像度: 4.123→42.112 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 171.55 / 位相誤差: 30.57 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 1442 5.7 %
Rwork0.2485 --
obs0.252 14134 56.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.123→42.112 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10942 0 762 0 11704
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00412045
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74616512
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9967142
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0482020
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041993
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.1402-4.30570.3179380.2839703X-RAY DIFFRACTION14
4.3057-4.50130.2677480.2392972X-RAY DIFFRACTION20
4.5013-4.73820.304680.24971254X-RAY DIFFRACTION25
4.7382-5.03430.2168790.23951620X-RAY DIFFRACTION34
5.0343-5.42190.23741180.25722233X-RAY DIFFRACTION45
5.4219-5.96550.25481810.27993405X-RAY DIFFRACTION70
5.9655-6.82390.33762460.2924474X-RAY DIFFRACTION91
6.8239-8.57920.24342530.2564666X-RAY DIFFRACTION95
8.5792-36.71060.2362480.22024626X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.52990.5585-0.8750.7176-1.04461.56180.0564-0.2448-0.04520.1957-0.0298-0.07590.01810.1541-0.02030.8678-0.11180.26430.9580.15680.15651.616652.5809187.2896
20.590.24690.02130.8609-0.10630.018-0.19130.26740.0106-0.17620.0633-0.0326-0.1474-0.23270.1241.8925-0.1732-0.30911.29370.04581.21446.995767.3796162.0764
32.0040.7770.39751.7763-0.98591.50250.0238-0.1486-0.2438-0.12250.2430.01220.40170.1288-0.13820.8126-0.00440.07610.51280.13090.0762-3.655568.1487176.5991
40.3902-0.13350.53631.3178-0.77441.0223-0.1665-0.01940.0750.3316-0.17250.1597-0.2806-0.520.03231.0280.1510.51761.040.06410.3677-14.84762.3462195.0673
51.2182-0.21240.14740.86360.38190.21690.0067-0.0175-0.38350.3350.0670.14810.0249-0.1658-0.01861.84670.09950.46141.19290.18470.665-10.831722.4468194.1254
60.5372-0.0795-0.11130.66-0.09180.2133-0.14220.20070.13450.2255-0.17290.05090.0605-0.2970.29661.9338-0.41330.13691.9483-0.17491.63-35.39537.3476191.736
70.04370.0103-0.20131.0619-0.1010.98170.0261-0.9828-0.00460.8191-0.01780.57390.14840.2716-0.01771.9072-0.07280.59261.6260.01010.7989-19.115631.5559213.1001
80.6908-0.2996-0.25710.55260.87711.4787-0.07190.1763-0.05050.3943-0.07490.22490.3466-0.2290.14452.1505-0.28070.26911.72370.29251.9353-44.88853.5065205.7414
91.8223-0.2290.48371.97850.66311.2995-0.21150.69750.273-0.46250.1824-0.7060.22170.36780.04991.13220.15650.26790.75650.05940.51543.378355.3684171.4185
100.2024-0.26230.05120.4039-0.01850.7338-0.10870.4273-0.3578-0.14110.04760.22210.1026-0.04030.1551.2770.03390.57750.9325-0.13710.07231.121148.8133143.2793
110.7714-0.1602-0.690.21760.32882.6062-0.23920.1036-0.3984-0.2179-0.1620.31090.9184-0.43040.31271.2798-0.11920.37650.9022-0.12420.2377-0.109940.7472146.6065
120.0787-0.1563-0.21780.33870.43740.65550.08460.1358-0.3665-0.09030.12980.12560.4948-0.14410.00721.67660.10450.38661.6592-0.48060.623819.936720.084998.9423
131.20310.5670.15290.43570.00720.05740.35230.0688-0.1628-0.61630.2584-0.4822-0.16150.1183-0.56971.84260.24170.55151.4798-0.21431.063743.916613.869877.4239
140.76830.08870.09150.7506-0.21410.1220.08230.19560.00520.0296-0.008-0.53010.0380.0674-0.07971.54890.08940.2861.2769-0.30380.686535.937831.4624109.4433
150.75870.18210.44490.70790.29470.31130.357-0.10510.36240.04450.1336-0.0182-0.08040.0854-0.46551.4908-0.25440.40351.5043-0.20240.901551.580828.566173.6909
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 518 through 544 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 545 through 570 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 571 through 600 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 601 through 664 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 1 through 109 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 110 through 211 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and (resid 2 through 106A )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and (resid 107 through 210 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'G' and (resid 32 through 90 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'G' and (resid 91 through 298 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'G' and (resid 299 through 505 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 1 through 118 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 119 through 211 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 8 through 114 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'L' and (resid 115 through 210 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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