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- PDB-5uty: Crystal Structure of a Stabilized DS-SOSIP.mut4 BG505 gp140 HIV-1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uty
タイトルCrystal Structure of a Stabilized DS-SOSIP.mut4 BG505 gp140 HIV-1 Env Trimer, Containing Mutations I201C-P433C (DS), L154M, N300M, N302M, T320L in Complex with Human Antibodies PGT122 and 35O22 at 4.1 Angstrom
要素
  • (HIV-1 BG505 strain Env ...) x 2
  • 35O22 Fab heavy chain
  • 35O22 Fab light chain
  • PGT122 Fab heavy chain
  • PGT122 Fab light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/immune system / HIV-1 Env / Stabilized Env / Near-native mimic of the viral spike / VIRAL PROTEIN-immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.412 Å
データ登録者Xu, K. / Chuang, G.-Y. / Pancera, M. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2017
タイトル: Structure-Based Design of a Soluble Prefusion-Closed HIV-1 Env Trimer with Reduced CD4 Affinity and Improved Immunogenicity.
著者: Chuang, G.Y. / Geng, H. / Pancera, M. / Xu, K. / Cheng, C. / Acharya, P. / Chambers, M. / Druz, A. / Tsybovsky, Y. / Wanninger, T.G. / Yang, Y. / Doria-Rose, N.A. / Georgiev, I.S. / Gorman, J. ...著者: Chuang, G.Y. / Geng, H. / Pancera, M. / Xu, K. / Cheng, C. / Acharya, P. / Chambers, M. / Druz, A. / Tsybovsky, Y. / Wanninger, T.G. / Yang, Y. / Doria-Rose, N.A. / Georgiev, I.S. / Gorman, J. / Joyce, M.G. / O'Dell, S. / Zhou, T. / McDermott, A.B. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2017年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: HIV-1 BG505 strain Env gp41
D: 35O22 Fab heavy chain
E: 35O22 Fab light chain
G: HIV-1 BG505 strain Env gp120
H: PGT122 Fab heavy chain
L: PGT122 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,20228
ポリマ－171,0866
非ポリマー11,11622
水00
1
B: HIV-1 BG505 strain Env gp41
D: 35O22 Fab heavy chain
E: 35O22 Fab light chain
G: HIV-1 BG505 strain Env gp120
H: PGT122 Fab heavy chain
L: PGT122 Fab light chain
ヘテロ分子

B: HIV-1 BG505 strain Env gp41
D: 35O22 Fab heavy chain
E: 35O22 Fab light chain
G: HIV-1 BG505 strain Env gp120
H: PGT122 Fab heavy chain
L: PGT122 Fab light chain
ヘテロ分子

B: HIV-1 BG505 strain Env gp41
D: 35O22 Fab heavy chain
E: 35O22 Fab light chain
G: HIV-1 BG505 strain Env gp120
H: PGT122 Fab heavy chain
L: PGT122 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)546,60784
ポリマ－513,25818
非ポリマー33,34966
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_415-y-1,x-y-4,z1
crystal symmetry operation3_845-x+y+3,-x-1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)131.447, 131.447, 312.348
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

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HIV-1 BG505 strain Env ... , 2種, 2分子 BG

#1: タンパク質 HIV-1 BG505 strain Env gp41 / Envelope glycoprotein gp160


分子量: 17146.482 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 509-661 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6
#4: タンパク質 HIV-1 BG505 strain Env gp120 / Envelope glycoprotein gp160


分子量: 56622.668 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-505 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6

-
抗体 , 4種, 4分子 DEHL

#2: 抗体 35O22 Fab heavy chain


分子量: 26170.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 35O22 Fab light chain


分子量: 23318.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 PGT122 Fab heavy chain


分子量: 25434.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#6: 抗体 PGT122 Fab light chain


分子量: 22392.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 7種, 22分子

#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#12: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1721.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,10,9/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-j1_h2-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#13: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細Authors state that the first 30 residues in chain G is secretion signal sequence.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 10.5% PEG 4000, 0.2M AmSO4, 0.1M NaoAc pH 4.6 / PH範囲: 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月4日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 25676 / % possible obs: 61 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 86.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.158 / Χ2: 1.186 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 199781
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.4-3.522.51.1360.3450.6181.3050.57217.4
3.52-3.663.91.1490.650.5121.2680.6125.1
3.66-3.834.91.2480.5670.5181.3580.6433.9
3.83-4.035.81.0140.7460.3971.0930.68141.3
4.03-4.286.50.5550.9620.2090.5950.78550
4.28-4.616.70.3690.9730.1370.3950.8661
4.61-5.086.70.2810.9780.1040.3010.84481.7
5.08-5.818.90.3140.9880.1090.3330.82999.5
5.81-7.3210.40.2180.9940.0710.2290.969100
7.32-509.90.070.9970.0240.0742.41799.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TVP

4tvp


解像度: 3.412→41.481 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 35.27 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Author state that the overall resolution was determined as follows: it is the highest resolution for which the completeness was greater than 50% and the I/sigmaI was greater than 2.0. Crystal ...詳細: Author state that the overall resolution was determined as follows: it is the highest resolution for which the completeness was greater than 50% and the I/sigmaI was greater than 2.0. Crystal diffraction data were then assessed for anisotropy through use of the Diffraction Anisotropy Server (http://services.mbi.ucla.edu/anisoscale/), which indicates the resolution at which F/sigma drops below 3.0 along a, b, and c axes; for the two lattices, these were 4.9 A, 4.9 A , 3.4 A. Because we sought to use as much of the data as possible for refinement, we used the overall resolution described above to define the resolution of the a and b axes, with the resolution limit for the c axis defined by the Diffraction Anisotropy Server.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2882 1269 5.29 %
Rwork0.2412 --
obs0.2437 24010 57.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.412→41.481 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11285 0 735 0 12020
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00412380
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86116971
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4927364
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0492067
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052064
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4123-3.54880.4536150.3431226X-RAY DIFFRACTION5
3.5488-3.71030.4268470.3359705X-RAY DIFFRACTION17
3.7103-3.90570.3554770.31861306X-RAY DIFFRACTION30
3.9057-4.15020.37731050.2841875X-RAY DIFFRACTION43
4.1502-4.47030.32151590.25412393X-RAY DIFFRACTION55
4.4703-4.91950.27871690.23233189X-RAY DIFFRACTION73
4.9195-5.62990.29642460.23464254X-RAY DIFFRACTION98
5.6299-7.08730.30482450.26924367X-RAY DIFFRACTION100
7.0873-41.48380.22912060.2114426X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0337-0.0677-0.00920.0786-0.00960.0191-0.0234-0.0233-0.03260.04370.04810.0029-0.0565-0.01410.10360.10460.17270.03150.08770.2176-0.0219213.5685-201.8889-25.6191
20.1191-0.0346-0.0020.0611-0.04170.0858-0.0429-0.10320.02340.01960.10330.0204-0.0326-0.03630.11550.02610.0268-0.01250.04330.24870.1806204.7318-190.098-18.4359
30.019-0.0085-0.0070.0069-0.00390.007-0.05640.05410.0441-0.00370.03220.0424-0.07090.064-0.01110.8309-0.05650.21840.63170.44270.6345224.5051-186.287-36.6193
40.00330.0131-0.00130.1053-0.02930.02970.0786-0.06630.00760.1148-0.0095-0.075-0.11340.02180.00370.4577-0.0820.01120.32560.35480.3353213.1969-179.856-31.8871
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60.00970.01060.00620.01540.00750.0059-0.10930.02170.0683-0.0897-0.0797-0.01370.0048-0.00270.00010.96780.01270.20171.17460.20570.5156245.8569-204.5049-36.4129
70.01530.01370.00410.01730.00410.00380.09910.0336-0.1080.15120.00740.0803-0.07380.03970.00381.0540.20250.20341.05830.41290.7619242.1283-208.9732-30.5004
80.02470.0424-0.03970.064-0.0660.0587-0.03830.0025-0.0172-0.02380.00540.007-0.0098-0.02040.0120.68020.58670.17110.83980.46270.9735249.1681-207.334-37.8979
90.00250.0022-0.008-0.0021-0.0080.01570.14460.0515-0.07610.1070.1713-0.234-0.0169-0.02470.00020.63110.26-0.09991.06640.18870.7633258.6165-202.2842-35.996
100.01560.0076-0.00770.0049-0.00530.00080.09980.04420.04160.02160.0719-0.0419-0.01750.01930.00011.9364-0.0041-0.11881.95730.1492.421275.3945-182.0722-34.2349
110.0104-0.00030.00980.001-0.00290.00910.16250.0160.0867-0.01940.00350.1102-0.01890.157-0.00011.69790.2845-0.06932.0993-0.24411.9744269.6798-191.0273-34.4763
120.0006-0.0007-0.00060.00070.00090.00120.00760.008-0.0006-0.01040.02960.00980.00060.0133-02.84690.08340.00422.8373-0.17122.8859270.7331-172.7943-25.3962
130.0041-00.00270.00040.0007-0.0007-0.0489-0.00510.08460.0092-0.0273-0.0377-0.0240.0288-00.84270.2201-0.02051.22970.17441.3029271.2648-193.346-23.9677
140.00220.00230.00090.0010.00110.00060.0136-0.0209-0.0191-0.00840.03380.0141-0.0122-0.0109-03.228-0.13350.01353.16920.00213.1385280.3592-170.6521-31.9448
150.0468-0.014-0.04590.02160.01130.0216-0.0449-0.00530.05160.1341-0.161-0.0835-0.15740.218500.723-0.0910.15121.53080.39230.8755243.3716-193.3556-52.8373
160.01930.0205-0.01330.0182-0.01450.0038-0.11370.06370.00790.13050.0946-0.0061-0.13810.2344-01.3306-0.1198-0.06011.38430.1271.9182279.9672-185.3432-46.7069
170.00120.0011-0.04560.11350.05070.1845-0.3072-0.0092-0.07530.2672-0.2113-0.41980.22080.2173-0.55370.1601-0.31670.26120.39980.7482-0.3795213.0954-202.104312.2234
180.03960.1604-0.02930.067-0.07310.1323-0.3509-0.2269-0.07780.3050.0976-0.44060.23620.6286-0.1424-0.0552-0.29580.50390.2770.87980.0501226.2031-207.252910.8498
190.15520.03250.02550.00750.01610.0112-0.0644-0.15630.03090.1288-0.1313-0.1550.09060.0809-0.13160.5869-0.18120.0940.66860.44830.3403235.1104-236.487262.5452
200.0425-0.0039-0.03810.0048-0.01860.0047-0.00340.1570.052-0.2248-0.082-0.2121-0.04120.06270.06960.7743-0.2611-0.09130.58980.67230.3266231.9658-234.951461.169
210.00620.0061-0.00130.0545-0.0230.06190.0007-0.0866-0.1281-0.05490.0219-0.12050.14040.08610.04950.4837-0.09630.02460.54550.37850.7146223.1738-258.19481.0991
220.0125-0.00370.01150.00170.00060.00980.10980.03260.0243-0.0537-0.0028-0.06350.00580.0646-01.04880.2915-0.17881.04370.25621.1141231.7251-262.913483.8386
230.01850.02650.00170.0308-0.02340.00720.01050.0162-0.04970.1237-0.0519-0.14970.20580.1147-0.09790.46750.0875-0.11670.33450.40860.6693216.7861-241.332349.1013
240.01610.0342-0.03820.06330.02360.1246-0.0996-0.12390.08610.0167-0.2342-0.02570.03080.0209-0.1583-0.055-0.0868-0.03580.55830.13430.6952209.8356-258.455983.0068
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 517 through 569 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 570 through 605 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 606 through 627 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 628 through 659 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 1 through 20 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 21 through 52 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 52A through 77 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 78 through 100D)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 100E through 118 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 119 through 145 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 146 through 182 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 183 through 194 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 195 through 210 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 211 through 224 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 2 through 106 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 106A through 210 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'G' and (resid 31 through 235 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'G' and (resid 236 through 505 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 1 through 59 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'H' and (resid 60 through 122 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and (resid 123 through 182 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'H' and (resid 183 through 211 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'L' and (resid 8 through 102 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'L' and (resid 103 through 210 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る