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Yorodumi- PDB-4tvp: Crystal Structure of the HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env Trimer Ectodom... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4tvp | ||||||||||||
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Title | Crystal Structure of the HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env Trimer Ectodomain, Comprising Atomic-Level Definition of Pre-Fusion gp120 and gp41, in Complex with Human Antibodies PGT122 and 35O22 | ||||||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV-1 ENVELOPE Trimer / gp120 / gp41 / MEMBRANE FUSION / VIRAL ENTRY / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX / TYPE-1 MEMBRANE FUSION GLYCOPROTEIN | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / structural molecule activity / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Human immunodeficiency virus 1 Homo sapiens (human) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.1 Å | ||||||||||||
Authors | Pancera, M. / Zhou, T. / Kwong, P.D. | ||||||||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2014 Title: Structure and immune recognition of trimeric pre-fusion HIV-1 Env. Authors: Pancera, M. / Zhou, T. / Druz, A. / Georgiev, I.S. / Soto, C. / Gorman, J. / Huang, J. / Acharya, P. / Chuang, G.Y. / Ofek, G. / Stewart-Jones, G.B. / Stuckey, J. / Bailer, R.T. / Joyce, M.G. ...Authors: Pancera, M. / Zhou, T. / Druz, A. / Georgiev, I.S. / Soto, C. / Gorman, J. / Huang, J. / Acharya, P. / Chuang, G.Y. / Ofek, G. / Stewart-Jones, G.B. / Stuckey, J. / Bailer, R.T. / Joyce, M.G. / Louder, M.K. / Tumba, N. / Yang, Y. / Zhang, B. / Cohen, M.S. / Haynes, B.F. / Mascola, J.R. / Morris, L. / Munro, J.B. / Blanchard, S.C. / Mothes, W. / Connors, M. / Kwong, P.D. | ||||||||||||
History |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED | ||||||||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4tvp.cif.gz | 628.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4tvp.ent.gz | 526.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4tvp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/4tvp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/4tvp | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Envelope glycoprotein ... , 2 types, 2 molecules GB
#1: Protein | Mass: 54064.277 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 30-505 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human immunodeficiency virus 1 / Gene: env / Plasmid: pVRC8400 / Cell line (production host): GnTi-/- / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q2N0S5 |
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#2: Protein | Mass: 17146.482 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 509-661 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human immunodeficiency virus 1 / Gene: env / Plasmid: PVRC8400 / Cell line (production host): Gnti-/- / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q2N0S5 |
-Antibody , 4 types, 4 molecules LHDE
#3: Antibody | Mass: 22880.275 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pVRC8400 / Cell line (production host): Gnti-/- / Production host: Homo sapiens (human) |
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#4: Antibody | Mass: 25434.691 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pVRC8400 / Cell line (production host): Gnti-/- / Production host: Homo sapiens (human) |
#5: Antibody | Mass: 26170.533 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pVRC8400 / Cell line (production host): 293F / Production host: Homo sapiens (human) |
#6: Antibody | Mass: 23318.824 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pVRC8400 / Cell line (production host): 293F / Production host: Homo sapiens (human) |
-Sugars , 8 types, 22 molecules
#7: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||||||||||
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#8: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||||||||
#9: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #10: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #11: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #12: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #13: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #14: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Non-polymers , 2 types, 47 molecules
#15: Chemical | ChemComp-SO4 / #16: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Nonpolymer details | GLYGANS NUMBERING START WITH PROXIMAL NAG NUMBERED WITH 1000 ADDED TO ASN RESIDUE |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.45 Å3/Da / Density % sol: 72.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 16% isopropanol, 5.32% PEG1500, 0.2M LiSO4, 0.1M Sodium acetate pH 5.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX300HS / Detector: CCD / Date: Apr 20, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.1→50 Å / Num. obs: 39567 / % possible obs: 73.4 % / Redundancy: 3.8 % / Net I/σ(I): 11.3 |
Reflection shell | Resolution: 3.1→3.21 Å / Redundancy: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / % possible all: 27.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4JY5,4TOY,4J6R Resolution: 3.1→40.739 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 28.93 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→40.739 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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