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- PDB-6ddz: Crystal structure of the double mutant (D52N/R238W) of NT5C2-537X... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ddz
タイトルCrystal structure of the double mutant (D52N/R238W) of NT5C2-537X in the active state, Northeast Structural Genomics Target
要素Cytosolic purine 5'-nucleotidase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside phosphotransferase / GMP catabolic process to guanine / nucleoside phosphotransferase activity / dGMP metabolic process / GMP metabolic process / : / Abacavir metabolism / negative regulation of defense response to virus by host / adenosine metabolic process / dGMP catabolic process ...nucleoside phosphotransferase / GMP catabolic process to guanine / nucleoside phosphotransferase activity / dGMP metabolic process / GMP metabolic process / : / Abacavir metabolism / negative regulation of defense response to virus by host / adenosine metabolic process / dGMP catabolic process / : / amide catabolic process / IMP-specific 5'-nucleotidase / : / IMP catabolic process / Ribavirin ADME / IMP metabolic process / Purine catabolism / 5'-nucleotidase / allantoin metabolic process / 5'-nucleotidase activity / protein K48-linked ubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HAD-superfamily hydrolase, subfamily IG, 5'-nucleotidase / Purine 5'-nucleotidase / 5' nucleotidase family / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Cytosolic purine 5'-nucleotidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Forouhar, F. / Dieck, C.L. / Tzoneva, G. / Carpenter, Z. / Ambesi-Impiombato, A. / Sanchez-Martin, M. / Kirschner-Schwabe, R. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Ferrando, A.A. ...Forouhar, F. / Dieck, C.L. / Tzoneva, G. / Carpenter, Z. / Ambesi-Impiombato, A. / Sanchez-Martin, M. / Kirschner-Schwabe, R. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Ferrando, A.A. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA206501 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA013696 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)S10OD012018 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)T32-CA09503 米国
引用ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2018
タイトル: Structure and Mechanisms of NT5C2 Mutations Driving Thiopurine Resistance in Relapsed Lymphoblastic Leukemia.
著者: Dieck, C.L. / Tzoneva, G. / Forouhar, F. / Carpenter, Z. / Ambesi-Impiombato, A. / Sanchez-Martin, M. / Kirschner-Schwabe, R. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Tong, L. / Ferrando, A.A.
履歴
登録2018年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8217
ポリマ－63,9861
非ポリマー8356
水6,161342
1
A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子

A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子

A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子

A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,28328
ポリマ－255,9434
非ポリマー3,34024
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area19140 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area74310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.677, 127.293, 131.131
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-602-

MG

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cytosolic purine 5'-nucleotidase / Cytosolic 5'-nucleotidase II


分子量: 63985.766 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-536 / 変異: D52N, R238W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5C2, NT5B, NT5CP, PNT5 / プラスミド: pLOC_NT5C2 / Cell (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49902, 5'-nucleotidase

-
非ポリマー , 5種, 348分子

#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 / 詳細: 35% (w/v) tascimate (pH 7)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→33.583 Å / Num. obs: 54413 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 1.2 / Net I/av σ(I): 30.9 / Net I/σ(I): 30.9
反射 シェル解像度: 1.97→2.05 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 6045 / CC1/2: 0.88 / Rpim(I) all: 0.244 / Rrim(I) all: 0.639 / Χ2: 0.79 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
COMO位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DDH

6ddh


解像度: 1.97→33.583 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2029 5475 10.06 %
Rwork0.178 --
obs0.1805 54414 98.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→33.583 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3856 0 50 342 4248
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064004
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8445413
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5022354
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052574
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005677
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.97-1.99240.26851710.22311622X-RAY DIFFRACTION100
1.9924-2.01580.24551770.19911653X-RAY DIFFRACTION100
2.0158-2.04040.25951570.19431626X-RAY DIFFRACTION100
2.0404-2.06620.22251760.19221640X-RAY DIFFRACTION100
2.0662-2.09340.2241670.18381674X-RAY DIFFRACTION100
2.0934-2.12210.2211940.18191599X-RAY DIFFRACTION100
2.1221-2.15240.19841710.181637X-RAY DIFFRACTION100
2.1524-2.18450.23691730.18491678X-RAY DIFFRACTION100
2.1845-2.21870.26312060.24781541X-RAY DIFFRACTION97
2.2187-2.2550.54181490.4791421X-RAY DIFFRACTION88
2.255-2.29390.40761760.36321407X-RAY DIFFRACTION87
2.2939-2.33560.22971960.18081634X-RAY DIFFRACTION100
2.3356-2.38050.20411960.1671646X-RAY DIFFRACTION100
2.3805-2.42910.21091600.16641641X-RAY DIFFRACTION100
2.4291-2.48190.2052010.16881626X-RAY DIFFRACTION100
2.4819-2.53960.21261730.16811629X-RAY DIFFRACTION100
2.5396-2.60310.21451790.16851666X-RAY DIFFRACTION100
2.6031-2.67340.21161840.1671650X-RAY DIFFRACTION100
2.6734-2.75210.21241790.17611626X-RAY DIFFRACTION100
2.7521-2.84090.21891930.18081649X-RAY DIFFRACTION100
2.8409-2.94230.20251750.17471660X-RAY DIFFRACTION100
2.9423-3.06010.23831900.1921641X-RAY DIFFRACTION100
3.0601-3.19920.21022100.18111654X-RAY DIFFRACTION100
3.1992-3.36780.22321830.17261627X-RAY DIFFRACTION100
3.3678-3.57850.19091820.16321657X-RAY DIFFRACTION100
3.5785-3.85450.16331800.15681619X-RAY DIFFRACTION97
3.8545-4.24170.14782010.1381671X-RAY DIFFRACTION100
4.2417-4.85390.13241780.13011686X-RAY DIFFRACTION100
4.8539-6.10940.17462000.15851685X-RAY DIFFRACTION100
6.1094-33.58750.17741980.17961774X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.1321 Å / Origin y: 38.9278 Å / Origin z: 19.3539 Å
111213212223313233
T0.1802 Å20.0048 Å20.0043 Å2-0.1511 Å20.0243 Å2--0.1611 Å2
L0.6637 °2-0.1202 °20.1143 °2-0.3215 °20.0625 °2--0.4052 °2
S-0.015 Å °-0.0385 Å °-0.0339 Å °0.0534 Å °0.0002 Å °0.0186 Å °0.054 Å °-0.0079 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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