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- PDB-6dd0: Crystal structure of VIM-2 complexed with compound 8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dd0
タイトルCrystal structure of VIM-2 complexed with compound 8
要素Beta-lactamase class B VIM-2
キーワードHYDROLASE / beta-lactamase / carbapenemase / phosphonate / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-P9T / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Pemberton, O.A. / Chen, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI103158-04 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Heteroaryl Phosphonates as Noncovalent Inhibitors of Both Serine- and Metallocarbapenemases.
著者: Pemberton, O.A. / Jaishankar, P. / Akhtar, A. / Adams, J.L. / Shaw, L.N. / Renslo, A.R. / Chen, Y.
履歴
登録2018年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase class B VIM-2
B: Beta-lactamase class B VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,56814
ポリマ－51,3872
非ポリマー1,18112
水10,106561
1
A: Beta-lactamase class B VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2847
ポリマ－25,6931
非ポリマー5906
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase class B VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2847
ポリマ－25,6931
非ポリマー5906
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.630, 79.130, 67.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 130.500, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase class B VIM-2 / BlaVIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta lactamase protein / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / ...BlaVIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta lactamase protein / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / VIM-2 / VIM-2 beta-lactamase / VIM-2 class B metallo b-lactamase / VIM-2 metallo beta-lactamase / VIM-2 type metallo-beta-lactamase


分子量: 25693.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, VIM-2, vim-2
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K2N0
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-P9T / [(5,7-difluoro-2-oxo-2H-1-benzopyran-4-yl)methyl]phosphonic acid


分子量: 276.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H7F2O5P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.61 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Calcium acetate, 20% (w/v) PEG 3350, 1 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→33.89 Å / Num. all: 65885 / Num. obs: 65885 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 8.15 Å2 / CC1/2: 0.948 / Rmerge(I) obs: 0.281 / Rpim(I) all: 0.174 / Rrim(I) all: 0.332 / Rsym value: 0.281 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 241046
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.6 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.5-1.581.3296130.1550.0710.1370.116100
4.74-33.890.11621420.9610.0690.1340.11499.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.18 Å31.39 Å
Translation4.18 Å31.39 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLM7.2.1データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KO3

1ko3


解像度: 1.5→31.386 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.59 / 位相誤差: 23.7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2253 6299 4.91 %
Rwork0.1831 --
obs0.1852 65884 98.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 54.24 Å2 / Biso mean: 16.1283 Å2 / Biso min: 2.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→31.386 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3464 0 58 561 4083
Biso mean--19.66 28.28 -
残基数----460
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.5170.31142150.26954023423898
1.517-1.53490.33571460.26754049419597
1.5349-1.55360.29991870.25244100428798
1.5536-1.57330.27611600.25964036419698
1.5733-1.5940.33791960.25944079427598
1.594-1.61580.32132340.24213994422898
1.6158-1.63890.28372110.24144031424298
1.6389-1.66340.29791790.23734114429398
1.6634-1.68930.25032020.23234027422999
1.6893-1.7170.2751460.22934121426799
1.717-1.74660.27452390.22034066430599
1.7466-1.77840.27562530.2174005425899
1.7784-1.81260.26582310.20894065429699
1.8126-1.84960.2482190.20824084430399
1.8496-1.88980.26261890.19674061425099
1.8898-1.93380.25322280.19514104433299
1.9338-1.98210.22892710.18784005427699
1.9821-2.03570.21851590.17514115427499
2.0357-2.09560.23052200.17714131435199
2.0956-2.16320.2182240.16844042426699
2.1632-2.24050.22172720.1694045431799
2.2405-2.33020.23041890.16894083427299
2.3302-2.43620.22832100.16464051426199
2.4362-2.56460.20882060.15954090429699
2.5646-2.72520.19123040.15114021432599
2.7252-2.93550.17961760.15864133430999
2.9355-3.23060.22141940.15834106430099
3.2306-3.69740.16723060.14333994430099
3.6974-4.6560.16571910.13854129432099
4.656-31.39270.20511420.16884159430199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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