PDB-6dcb: Structure of methylphosphate capping enzyme methyltransferase dom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dcb

タイトル

Structure of methylphosphate capping enzyme methyltransferase domain in complex with 5' end of 7SK RNA

要素

7SK snRNA methylphosphate capping enzyme
human 7SK RNA stem-loop 1 proximal

キーワード

Transferase/RNA / RNA methyl transferase / MePCE / 7SK RNA / Transferase-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA 5'-gamma-phosphate methyltransferase activity / snRNA metabolic process / snRNA modification / 7SK snRNP / positive regulation of snRNA transcription by RNA polymerase II / 7SK snRNA binding / positive regulation of protein localization to Cajal body / snRNA binding / RNA methylation / RNA methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.998 Å

Model details

methyltransferase domain in complex with RNA

データ登録者

Yang, Y. / Eichhorn, C. / Cascio, D. / Feigon, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural basis of 7SK RNA 5'-gamma-phosphate methylation and retention by MePCE.
著者: Yang, Y. / Eichhorn, C.D. / Wang, Y. / Cascio, D. / Feigon, J.

履歴

登録	2018年5月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月26日	Group: Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.2	2019年1月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2019年1月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dcb.cif.gz	161.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dcb.ent.gz	120.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dcb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6dcb_validation.pdf.gz	751.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dcb_full_validation.pdf.gz	752 KB	表示
XML形式データ	6dcb_validation.xml.gz	12.9 KB	表示
CIF形式データ	6dcb_validation.cif.gz	18.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/6dcb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/6dcb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dccC 5unaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2raj-d 3k51-d 3dyt-d 4ac9-1 2rak-d 3l0m-2 4xcm-d 3tf4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (1) #181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1) #229 - 2019年1月蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers) 類似性 (1) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #15 - 2001年3月転移RNA (Transfer RNA) 類似性 (1) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1) #210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (1)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#229 - 2019年1月
蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#15 - 2001年3月
転移RNA (Transfer RNA)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)
#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
類似性 (1)
#210 - 2017年6月
アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

B: human 7SK RNA stem-loop 1 proximal

A: 7SK snRNA methylphosphate capping enzyme

ヘテロ分子

47.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 7SK snRNA methylphosphate capping enzyme

ヘテロ分子

B: human 7SK RNA stem-loop 1 proximal

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
47.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.280, 118.280, 78.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: RNA鎖	human 7SK RNA stem-loop 1 proximal 分子量: 11709.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: in vitro T7 polymerase transciption from synthetic DNA template 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質	7SK snRNA methylphosphate capping enzyme / MePCE / Bicoid-interacting protein 3 homolog / Bin3 homolog 分子量: 35122.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEPCE, BCDIN3 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7L2J0, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#3: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.3 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: crystallization solution 0.214 M lithium sulfate, 0.1 M phosphate/citrate, pH 4.2, 17.25% w/v PEG 1,000 mixed 1:2 volume ratio to 10 mg/mL protein:RNA complex solution

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.998→62.373 Å / Num. obs: 42441 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.885 % / B_iso Wilson estimate: 38.1 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_rim(I) all: 0.072 / Χ²: 1.061 / Net I/σ(I): 20.94 / Num. measured all: 546849

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.998-2.05	12.448	0.752	3.33	38278	3119	3075	0.887	0.784	98.6
2.05-2.11	13.029	0.596	4.45	39529	3034	3034	0.941	0.62	100
2.11-2.17	13.095	0.444	6.06	38985	2977	2977	0.969	0.462	100
2.17-2.23	12.938	0.39	6.89	37211	2876	2876	0.97	0.406	100
2.23-2.31	12.22	0.291	8.58	34229	2801	2801	0.983	0.304	100
2.31-2.39	13.107	0.247	10.54	35323	2694	2695	0.989	0.257	100
2.39-2.48	13.377	0.21	12.47	34807	2602	2602	0.992	0.218	100
2.48-2.58	13.186	0.177	14.65	33375	2531	2531	0.993	0.184	100
2.58-2.69	12.955	0.144	17.49	31287	2415	2415	0.996	0.15	100
2.69-2.83	12.038	0.118	19.98	27506	2285	2285	0.996	0.123	100
2.83-2.98	13.304	0.098	25.41	29309	2203	2203	0.997	0.101	100
2.98-3.16	13.399	0.076	31.4	27924	2084	2084	0.998	0.08	100
3.16-3.38	13.101	0.061	37.35	25638	1957	1957	0.999	0.063	100
3.38-3.65	12.296	0.053	41.47	22281	1812	1812	0.999	0.055	100
3.65-4	13	0.047	45.94	21840	1680	1680	0.999	0.049	100
4-4.47	13.289	0.045	49.91	20252	1524	1524	0.999	0.047	100
4.47-5.16	12.757	0.043	49.83	17184	1347	1347	0.999	0.045	100
5.16-6.32	12.429	0.045	47.1	14107	1135	1135	0.999	0.047	100
6.32-8.94	12.978	0.043	51.51	11719	903	903	0.999	0.044	100
8.94-62.373	12.01	0.039	54.14	6065	506	505	0.999	0.041	99.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.59 Å	62.37 Å
Translation	6.59 Å	62.37 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5UNA

5una

解像度: 1.998→62.373 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1782	4243	10 %
R_work	0.16	38194	-
obs	0.1619	42437	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 166.27 Å² / B_iso mean: 47.6433 Å² / B_iso min: 22.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.998→62.373 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1827	775	41	149	2792
B_iso mean	-	-	36.69	47.04	-
残基数	-	-	-	-	261

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2792
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.956	3966
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	454
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	364
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.854	1558

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9982-2.0209	0.2602	134	0.2339	1215	1349	97
2.0209-2.0446	0.2253	141	0.1974	1269	1410	100
2.0446-2.0696	0.221	143	0.1891	1282	1425	100
2.0696-2.0958	0.1913	139	0.1682	1256	1395	100
2.0958-2.1234	0.1512	142	0.1563	1275	1417	100
2.1234-2.1524	0.2112	141	0.1657	1274	1415	100
2.1524-2.1832	0.218	141	0.1683	1273	1414	100
2.1832-2.2158	0.1906	139	0.1712	1246	1385	100
2.2158-2.2504	0.1896	139	0.1661	1256	1395	100
2.2504-2.2873	0.1873	146	0.1673	1307	1453	100
2.2873-2.3267	0.2203	138	0.1689	1250	1388	100
2.3267-2.3691	0.2066	143	0.1746	1288	1431	100
2.3691-2.4146	0.19	139	0.1619	1248	1387	100
2.4146-2.4639	0.1974	145	0.1666	1300	1445	100
2.4639-2.5175	0.1796	138	0.1718	1246	1384	100
2.5175-2.5761	0.216	141	0.1749	1267	1408	100
2.5761-2.6405	0.2121	140	0.1804	1261	1401	100
2.6405-2.7119	0.205	143	0.1856	1283	1426	100
2.7119-2.7917	0.1907	139	0.183	1258	1397	100
2.7917-2.8818	0.1778	144	0.1775	1288	1432	100
2.8818-2.9848	0.1985	139	0.1862	1260	1399	100
2.9848-3.1043	0.2041	144	0.1862	1289	1433	100
3.1043-3.2455	0.2025	140	0.1735	1266	1406	100
3.2455-3.4166	0.1772	143	0.1617	1280	1423	100
3.4166-3.6307	0.1803	142	0.1519	1279	1421	100
3.6307-3.911	0.1635	142	0.1474	1278	1420	100
3.911-4.3045	0.1514	144	0.1349	1296	1440	100
4.3045-4.9271	0.1351	143	0.1282	1290	1433	100
4.9271-6.2068	0.1579	143	0.154	1288	1431	100
6.2068-62.4029	0.1659	148	0.1534	1326	1474	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 46.3253 Å / Origin y: 52.634 Å / Origin z: 43.4787 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2246 Å²	0.0325 Å²	-0.0096 Å²	-	0.2234 Å²	-0.0212 Å²	-	-	0.2257 Å²
L	2.218 °²	0.0671 °²	0.5492 °²	-	1.0619 °²	-0.1655 °²	-	-	0.7925 °²
S	-0.0568 Å °	-0.0231 Å °	0.2688 Å °	0.0574 Å °	-0.0534 Å °	0.0397 Å °	-0.1325 Å °	-0.036 Å °	0.0064 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 116
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	411 - 688
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	2
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	3
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	1 - 149

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)