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- PDB-6dc7: Apo Fab structure of mouse monoclonal antibody 8B2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dc7
タイトルApo Fab structure of mouse monoclonal antibody 8B2
要素
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / monoclonal antibody / fab / tau / phosphorylation state -specific antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.901 Å
データ登録者Chukwu, J.E. / Kong, X.-P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS077239 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)AG032611 米国
引用ジャーナル: MAbs / 年: 2019
タイトル: Structural characterization of monoclonal antibodies targeting C-terminal Ser404region of phosphorylated tau protein.
著者: Chukwu, J.E. / Congdon, E.E. / Sigurdsson, E.M. / Kong, X.P.
履歴
登録2018年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab light chain
H: Fab heavy chain
M: Fab light chain
I: Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,3384
ポリマ－95,3384
非ポリマー00
水20,0691114
1
L: Fab light chain
H: Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6692
ポリマ－47,6692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19780 Å2
手法PISA
2
M: Fab light chain
I: Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6692
ポリマ－47,6692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.440, 67.474, 240.163
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11M-493-

HOH

21I-463-

HOH

31I-506-

HOH

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要素

#1: 抗体 Fab light chain


分子量: 24237.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 23431.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.83 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% polyethylene glycol 6000, 1 M lithium chloride, and 0.1 M citric acid pH 4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40.3 Å / Num. obs: 65961 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 1.1 % / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.96 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化解像度: 1.901→39.918 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 2000 3.03 %
Rwork0.1832 --
obs0.1848 65937 94.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.901→39.918 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6632 0 0 1114 7746
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076808
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8799287
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2024045
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581046
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051173
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9007-1.94820.26661280.19924123X-RAY DIFFRACTION87
1.9482-2.00090.2611350.20294285X-RAY DIFFRACTION90
2.0009-2.05970.2791340.20454312X-RAY DIFFRACTION91
2.0597-2.12620.28691370.20184366X-RAY DIFFRACTION92
2.1262-2.20220.2591380.19334399X-RAY DIFFRACTION92
2.2022-2.29040.31841380.19984423X-RAY DIFFRACTION93
2.2904-2.39460.2741410.20394489X-RAY DIFFRACTION94
2.3946-2.52080.2681420.21124561X-RAY DIFFRACTION95
2.5208-2.67870.29791450.21034652X-RAY DIFFRACTION97
2.6787-2.88550.24161480.20734713X-RAY DIFFRACTION99
2.8855-3.17580.23771500.19084821X-RAY DIFFRACTION99
3.1758-3.63510.22131520.17224836X-RAY DIFFRACTION100
3.6351-4.57870.19331530.14784906X-RAY DIFFRACTION100
4.5787-39.92710.18491590.16595051X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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