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万見
- PDB-6dc1: Directed evolutionary changes in Kemp Eliminase KE07 - Crystal 25... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dc1
タイトルDirected evolutionary changes in Kemp Eliminase KE07 - Crystal 25 round 7
要素Kemp eliminase KE07
キーワードLYASE / Kemp Eliminase / Directed Evolution / KE07 / DE NOVO PROTEIN
機能・相同性Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / 5-nitro-2-oxidanyl-benzenecarbonitrile / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Jackson, C.J. / Hong, N.-S. / Carr, P.D.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: The evolution of multiple active site configurations in a designed enzyme.
著者: Hong, N.S. / Petrovic, D. / Lee, R. / Gryn'ova, G. / Purg, M. / Saunders, J. / Bauer, P. / Carr, P.D. / Lin, C.Y. / Mabbitt, P.D. / Zhang, W. / Altamore, T. / Easton, C. / Coote, M.L. / ...著者: Hong, N.S. / Petrovic, D. / Lee, R. / Gryn'ova, G. / Purg, M. / Saunders, J. / Bauer, P. / Carr, P.D. / Lin, C.Y. / Mabbitt, P.D. / Zhang, W. / Altamore, T. / Easton, C. / Coote, M.L. / Kamerlin, S.C.L. / Jackson, C.J.
履歴
登録2018年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.22020年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kemp eliminase KE07
B: Kemp eliminase KE07
C: Kemp eliminase KE07
D: Kemp eliminase KE07
E: Kemp eliminase KE07
F: Kemp eliminase KE07
G: Kemp eliminase KE07
H: Kemp eliminase KE07
I: Kemp eliminase KE07
J: Kemp eliminase KE07
K: Kemp eliminase KE07
L: Kemp eliminase KE07
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)351,75521
ポリマ－350,19912
非ポリマー1,5569
水12,719706
1
A: Kemp eliminase KE07
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6303
ポリマ－29,1831
非ポリマー4462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Kemp eliminase KE07
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3472
ポリマ－29,1831
非ポリマー1641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Kemp eliminase KE07
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5723
ポリマ－29,1831
非ポリマー3882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Kemp eliminase KE07


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1831
ポリマ－29,1831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Kemp eliminase KE07


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1831
ポリマ－29,1831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Kemp eliminase KE07


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1831
ポリマ－29,1831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Kemp eliminase KE07
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2892
ポリマ－29,1831
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Kemp eliminase KE07
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3472
ポリマ－29,1831
非ポリマー1641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
I: Kemp eliminase KE07


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1831
ポリマ－29,1831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
J: Kemp eliminase KE07


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1831
ポリマ－29,1831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
11
K: Kemp eliminase KE07
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3472
ポリマ－29,1831
非ポリマー1641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
12
L: Kemp eliminase KE07
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3052
ポリマ－29,1831
非ポリマー1221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.033, 111.033, 257.739
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Kemp eliminase KE07


分子量: 29183.256 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 715分子

#2: 化合物
ChemComp-6VP / 5-nitro-2-oxidanyl-benzenecarbonitrile / 2-hydroxy-5-nitrobenzonitrile


分子量: 164.118 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H4N2O3
#3: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 706 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15% PEG3350, 0.1M Bis-trispropane pH 7.5, 0.2M NaF

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月30日
放射モノクロメーター: 0.9537 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→47.26 Å / Num. obs: 99503 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.177 / Rrim(I) all: 0.189 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.68→2.73 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 4.5 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 4967 / CC1/2: 0.345 / Rrim(I) all: 4.8 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSVERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180126データ削減
Aimlessversion 0.5.32データスケーリング
MOLREPVers 11.5.05; 04.08.2017位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5D33

5d33


解像度: 2.68→47.263 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2308 4993 5.07 %
Rwork0.2193 --
obs0.2199 98413 98.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→47.263 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23446 0 108 707 24261
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00924014
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12632409
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.338874
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063732
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064148
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6801-2.71060.35221580.34063203X-RAY DIFFRACTION99
2.7106-2.74240.36141260.32583151X-RAY DIFFRACTION99
2.7424-2.77590.31661520.31343203X-RAY DIFFRACTION100
2.7759-2.8110.33161480.31523113X-RAY DIFFRACTION100
2.811-2.8480.32241780.30043167X-RAY DIFFRACTION100
2.848-2.8870.32811560.29393108X-RAY DIFFRACTION99
2.887-2.92820.3131400.27323197X-RAY DIFFRACTION99
2.9282-2.97190.28851700.26773120X-RAY DIFFRACTION100
2.9719-3.01840.30451720.26773148X-RAY DIFFRACTION100
3.0184-3.06790.29381960.25863121X-RAY DIFFRACTION99
3.0679-3.12070.29732180.25443100X-RAY DIFFRACTION100
3.1207-3.17750.27751560.25663212X-RAY DIFFRACTION100
3.1775-3.23860.24561420.24253107X-RAY DIFFRACTION100
3.2386-3.30470.2361800.2373140X-RAY DIFFRACTION100
3.3047-3.37650.27121960.24483172X-RAY DIFFRACTION100
3.3765-3.4550.29991590.27153118X-RAY DIFFRACTION99
3.455-3.54140.27361520.26693119X-RAY DIFFRACTION99
3.5414-3.63710.29661980.27793056X-RAY DIFFRACTION98
3.6371-3.74410.34481190.33932639X-RAY DIFFRACTION83
3.7441-3.86490.2671460.25463148X-RAY DIFFRACTION98
3.8649-4.0030.25481320.27822872X-RAY DIFFRACTION90
4.003-4.16320.23581840.2163104X-RAY DIFFRACTION100
4.1632-4.35250.221640.18823174X-RAY DIFFRACTION100
4.3525-4.58180.19251820.17663150X-RAY DIFFRACTION100
4.5818-4.86860.1911520.16953143X-RAY DIFFRACTION100
4.8686-5.24410.16582080.1553137X-RAY DIFFRACTION100
5.2441-5.7710.17611680.17163155X-RAY DIFFRACTION100
5.771-6.60410.21651920.19133139X-RAY DIFFRACTION100
6.6041-8.31310.18991840.17943129X-RAY DIFFRACTION100
8.3131-47.27070.15531650.1563075X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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