PDB-6dbe: Crystal Structure of VHH R330

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dbe

タイトル

Crystal Structure of VHH R330

要素

nanobody VHH R303

キーワード

IMMUNE SYSTEM / nanobody VHH Listeria

生物種

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Brooks, C.L. / Toride King, M. / Huh, I.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural basis of VHH-mediated neutralization of the food-borne pathogenListeria monocytogenes.
著者: King, M.T. / Huh, I. / Shenai, A. / Brooks, T.M. / Brooks, C.L.

履歴

登録	2018年5月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2018年9月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dbe.cif.gz	144.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dbe.ent.gz	115.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dbe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6dbe_validation.pdf.gz	428.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dbe_full_validation.pdf.gz	429.2 KB	表示
XML形式データ	6dbe_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	6dbe_validation.cif.gz	17.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/6dbe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/6dbe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dbaSC 6dbdC 6dbfC 6dbgC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5wbh-3 5i0z-2 7kkj-1 6ru3-d 3qxt-2 3lrh-3 3qxv-4 6asr-1 5i0z-1 3dwt-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: nanobody VHH R303

B: nanobody VHH R303

ヘテロ分子

31 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: nanobody VHH R303

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: nanobody VHH R303

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.615, 58.615, 100.527
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: 抗体	nanobody VHH R303 分子量: 15397.870 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pSJF2H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 24.02 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月12日
詳細: Vertical Focusing Mirror: ultra-low expansion (ULE) titanium siliicate flat mirror with Pt, Uncoated, and Pd strips

放射

モノクロメーター: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator (DCM), featuring indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50.76 Å / Num. obs: 24176 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.65-1.69	3.9	0.497	3.8	1	95.1
7.38-50.76	3.2	0.05	11.4	1	73.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
xia2		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
xia2		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6DBA

6dba

解像度: 1.65→45.313 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2227	1233	5.1 %
R_work	0.185	-	-
obs	0.1868	24176	97.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→45.313 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1752	0	15	167	1934

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1830
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.152	2484
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.577	1077
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	258
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	318

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.7161	0.2911	132	0.2485	2441	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7161-1.7942	0.261	155	0.2162	2526	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7942-1.8888	0.2434	151	0.1919	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8888-2.0071	0.2003	139	0.1786	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0071-2.1621	0.2611	144	0.1789	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1621-2.3797	0.2447	123	0.1867	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3797-2.724	0.2161	143	0.1875	2573	X-RAY DIFFRACTION	99
2.724-3.4317	0.2027	123	0.1742	2634	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4317-45.3299	0.2094	123	0.183	2485	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3508	-0.2266	-0.2628	0.1616	-0.0857	0.418	0.0396	-0.0931	0.0335	0.0261	-0.048	0.0056	-0.017	0.2771	0.0001	0.1927	-0.0084	-0.0024	0.178	0.0072	0.1961	19.2105	47.0233	10.2189
2	0.9791	1.0708	1.4922	2.9306	1.2432	3.6788	-0.6203	-0.5954	-0.6799	-0.2999	-0.6506	0.0647	-0.2082	-0.5374	-1.0193	0.2462	0.1501	0.051	0.3896	-0.0032	0.4574	3.4218	53.6276	11.7752
3	1.0006	0.5176	-0.0625	0.2094	-0.0584	0.3046	-0.1531	0.1189	0.0712	0.1968	0.1267	0.1034	0.1687	-0.097	-0.0218	0.2105	0.0117	-0.0112	0.1403	-0.023	0.1814	13.096	37.2378	5.1802
4	0.1015	0.2947	0.0303	0.6187	0.1119	0.6778	0.309	0.218	-0.4792	-0.4541	0.1063	0.2555	0.4919	0.2831	0.0709	0.186	0.0013	-0.0418	0.192	0.039	0.1963	14.8625	43.8006	0.4282
5	0.4979	-0.5617	0.1889	1.2038	-0.1266	0.1138	0.0007	-0.1067	-0.3892	0.1896	0.1838	0.1509	-0.0675	0.4488	0.0015	0.2254	0.0327	-0.0403	0.3047	0.0286	0.192	24.9038	42.9862	6.6464
6	0.4667	-0.2481	-0.2846	0.7327	0.1576	0.5346	0.0563	-0.032	-0.0212	0.108	0.0759	0.2886	-0.1029	-0.0204	-0.0003	0.203	0.0064	0.0074	0.1408	0.0031	0.1745	13.7536	47.9876	10.9779
7	0.9195	-0.1643	0.0426	0.3808	0.0799	-0.0148	-0.0552	0.0986	-0.0701	-0.2655	0.3542	-0.0042	0.1381	-0.0718	0.1931	0.2811	-0.0546	-0.0085	0.2015	0.0298	0.1853	-5.9002	19.9354	10.2955
8	0.8572	-0.4711	-0.3791	1.3191	0.6437	0.6204	0.0553	-0.351	0.2218	0.4361	0.0961	-0.3559	-0.0372	-0.1653	0.0715	0.2624	0.0081	-0.0068	0.2004	-0.0088	0.1738	-3.4227	30.5474	13.8293
9	2.0382	-0.2355	0.3948	0.3759	0.0488	0.1108	-0.3801	-0.7957	0.3492	-0.6226	-0.3291	-0.2069	0.0608	0.3048	-0.1123	0.3329	0.0455	-0.0024	0.2808	0.1271	0.5661	11.3924	20.2899	12.4567
10	0.8928	0.6005	-0.2401	0.3751	-0.2612	0.5937	-0.1821	0.0785	0.249	0.1758	0.2258	-0.3207	-0.1218	-0.0875	0.0029	0.2109	0.0142	0.0055	0.1206	0.0306	0.163	1.8584	34.6216	5.1251
11	0.3964	0.4419	0.3653	0.5031	0.3459	1.0042	-0.0598	0.2596	0.3799	-0.0345	-0.1177	0.1054	-0.0006	-0.6683	-0.0493	0.2952	0.0017	-0.0105	0.1868	0.041	0.1501	-2.9942	29.7212	2.1119
12	0.3071	-0.1962	0.1299	0.0789	0.0248	0.2121	-0.1053	-0.2214	0.1343	0.308	0.212	0.4165	0.0518	-0.5693	0.0586	0.2621	0.0498	0.0026	0.3265	0.0389	0.2504	-9.8314	31.7681	8.6216
13	1.0444	0.1574	-0.0319	1.2198	-0.1889	0.4362	0.0054	-0.0579	0.0168	-0.0415	0.1513	-0.377	-0.0058	-0.2072	0.1411	0.2922	-0.0069	-0.0312	0.1489	0.012	0.1732	1.1229	23.6556	8.9961
14	1.5308	-0.7422	-0.5483	0.3836	0.3058	0.2182	0.2545	-0.2618	0.6753	-0.0738	-0.2722	-0.3244	-0.0709	-0.2353	0.035	0.3322	0.0041	0.011	0.2628	-0.0198	0.3209	1.9418	35.4922	21.1425
15	0.9479	0.1124	-0.1636	0.0492	-0.0364	0.159	0.4123	-0.3853	-0.74	0.0241	-0.3058	-0.0664	0.0857	0.0832	0.1151	0.3382	-0.0547	-0.0919	0.1457	-0.0054	0.2861	-1.0399	13.5166	7.8286

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 39 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 40 through 45 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 46 through 60 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 61 through 73 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 74 through 83 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 84 through 117 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2 through 17 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 18 through 39 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 40 through 45 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 46 through 64 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 65 through 72 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 73 through 83 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 84 through 100 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 101 through 111 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 112 through 118 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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