PDB-6dao: NahE WT selenomethionine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dao

タイトル

NahE WT selenomethionine

要素

Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase

キーワード

LYASE / aldolase / NahE

機能・相同性

機能・相同性情報

trans-o-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase activity / trans-o-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase / naphthalene catabolic process / aldehyde-lyase activity / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.939 Å

データ登録者

Medellin, B.P. / LeVieux, J.A. / Zhang, Y.J. / Whitman, C.P.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM-41239	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM-104896	米国
Robert A. Welch Foundation	F-1334	米国
Robert A. Welch Foundation	F-1778	米国

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structural Characterization of the Hydratase-Aldolases, NahE and PhdJ: Implications for the Specificity, Catalysis, and N-Acetylneuraminate Lyase Subgroup of the Aldolase Superfamily.
著者: LeVieux, J.A. / Medellin, B. / Johnson Jr., W.H. / Erwin, K. / Li, W. / Johnson, I.A. / Zhang, Y.J. / Whitman, C.P.

履歴

登録	2018年5月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dao.cif.gz	153.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dao.ent.gz	120.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dao.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/6dao ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/6dao	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6danC 6daqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6a2f-d 5m8e-d 6gx2-1 5m7c-d 1ep2-d 5fag-2 6x0c-d 3e5p-1 6o1h-d 6co1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase

A: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase

74.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
74.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.310, 85.310, 133.313
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-690- HOH
2	1	A-699- HOH
3	1	A-711- HOH

#1: タンパク質	Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase / THBPA hydratase-aldolase / 2'-hydroxybenzalpyruvate aldolase 分子量: 37239.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: nahE / プラスミド: pET / 詳細 (発現宿主): kanamycin and gentimicin resistant / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): arctic express 参照: UniProt: Q51947, trans-o-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 637 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.57 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M 2-morpholin-4-ylethanesulfonic acid (MES) buffer (pH 6.5-8.0) and 21-26% PEG 2000 monomethyl ether (MME) PH範囲: 6.5-8.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.00, 1.5

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月11日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	1.5	1

反射

解像度: 1.939→40 Å / Num. obs: 42138 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 15

反射シェル

解像度: 1.939→2.01 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

解像度: 1.939→38.08 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.77

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1851	4098	9.73 %
R_work	0.1455	-	-
obs	0.1493	42138	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.939→38.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5053	0	0	637	5690

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5177
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.874	7044
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.113	3102
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	777
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	908

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9392-1.962	0.2217	116	0.1647	1292	X-RAY DIFFRACTION	99
1.962-1.9859	0.1956	150	0.1567	1315	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9859-2.0111	0.2207	116	0.147	1288	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0111-2.0375	0.2217	175	0.1507	1259	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0375-2.0654	0.1996	138	0.1445	1282	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0654-2.095	0.2052	125	0.1399	1308	X-RAY DIFFRACTION	100
2.095-2.1262	0.2152	147	0.1483	1287	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1262-2.1594	0.1862	132	0.1544	1293	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1594-2.1948	0.1931	152	0.1448	1290	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1948-2.2327	0.1951	119	0.142	1325	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2327-2.2733	0.2076	125	0.1493	1295	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2733-2.317	0.2016	154	0.1435	1296	X-RAY DIFFRACTION	100
2.317-2.3643	0.2192	154	0.1462	1290	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3643-2.4157	0.195	134	0.1505	1294	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4157-2.4719	0.1785	135	0.15	1315	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4719-2.5337	0.2066	166	0.1529	1268	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5337-2.6022	0.208	134	0.1522	1319	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6022-2.6787	0.1903	150	0.1529	1305	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6787-2.7652	0.1691	182	0.1539	1264	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7652-2.8639	0.2234	154	0.1481	1294	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8639-2.9786	0.2002	131	0.1603	1327	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9786-3.1141	0.1838	138	0.1455	1316	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1141-3.2782	0.1858	125	0.1438	1354	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2782-3.4834	0.1529	118	0.1457	1329	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4834-3.7522	0.1837	132	0.1355	1350	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7522-4.1294	0.15	142	0.1213	1329	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1294-4.7259	0.1406	123	0.1227	1375	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7259-5.9505	0.1629	156	0.1484	1352	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9505-38.0874	0.1666	175	0.1626	1429	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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