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- PDB-5m8e: Crystal structure of a GH43 arabonofuranosidase from Weissella sp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m8e
タイトルCrystal structure of a GH43 arabonofuranosidase from Weissella sp. strain 142
要素Alpha-N-arabinofuranosidase
キーワードHYDROLASE / arabinofuranosidase / 5-bladed beta-propeller fold / family 43
機能・相同性
機能・相同性情報


non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase / alpha-L-arabinofuranosidase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-L-arabinofuranosidase / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Alpha-N-arabinofuranosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Weissella cibaria (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Linares-Pasten, J. / Logan, D.T. / Nordberg Karlsson, E.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Three-dimensional structures and functional studies of two GH43 arabinofuranosidases from Weissella sp. strain 142 and Lactobacillus brevis.
著者: Linares-Pasten, J.A. / Falck, P. / Albasri, K. / Kjellstrom, S. / Adlercreutz, P. / Logan, D.T. / Karlsson, E.N.
履歴
登録2016年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Database references
改定 1.22017年7月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-N-arabinofuranosidase
B: Alpha-N-arabinofuranosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1259
ポリマ－79,6302
非ポリマー4957
水11,458636
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.880, 71.930, 79.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.99809, -0.061679, 0.003525), (-0.061707, 0.998057, -0.008584), (-0.002989, -0.008785, -0.999957)74.05005, 2.65909, 78.10181

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要素

#1: タンパク質 Alpha-N-arabinofuranosidase / Extracellular exo-alpha-(1->5)-L-arabinofuranosidase


分子量: 39815.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Weissella cibaria (バクテリア) / 遺伝子: AO080_02990, QX99_00224 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0D1M7L2, non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 636 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 27 to 29 % PEG 1500, 60 to 140 mM malonate-imidazole-borate (MIB) buffer, pH 4.0 to 4.5
PH範囲: 4.0-4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.0384 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月5日 / 詳細: focusing mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0384 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→29.7 Å / Num. all: 139952 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 24.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 92.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AKH

3akh


解像度: 2→29.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU R Cruickshank DPI: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.205 / SU Rfree Blow DPI: 0.164 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.16
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 2232 5.09 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.175 43956 98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2908 Å20 Å2-1.0635 Å2
2---3.2596 Å20 Å2
3---1.9688 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5306 0 30 637 5973
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015547HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.037576HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1824SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes158HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes804HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5547HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.93
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.85
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion679SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6804SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 139 5.02 %
Rwork0.1997 2629 -
all0.2035 2768 -
obs--84.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4798-0.0863-0.20.3019-0.07571.15720.0277-0.11530.03910.0493-0.0045-0.0396-0.14640.2465-0.0232-0.0394-0.05010.0194-0.0489-0.0022-0.02839.423721.613957.2206
20.61320.2006-0.20330.5009-0.0120.93660.00540.10780.0553-0.04980.03070.0475-0.0292-0.0211-0.0361-0.03280.01610.0184-0.09140.0121-0.009233.298821.221220.5744
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|2 - 401 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|2 - 401 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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