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- PDB-6nds: Structure of an HMG-CoA lyase from Acenitobacter baumannii in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nds
タイトルStructure of an HMG-CoA lyase from Acenitobacter baumannii in complex with coenzyme A and 3-methylmalate
要素3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyase
キーワードLYASE / SSGCID / Acinetobacter baumannii / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA / CoA / beta-methylmalate / HMG / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxymethylglutaryl-CoA lyase / hydroxymethylglutaryl-CoA lyase activity / ketone body biosynthetic process / L-leucine catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
HMG-CoA lyase / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CITRIC ACID / COENZYME A / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of an HMG-CoA lyase from Acenitobacter baumannii in complex with coenzyme A and 3-methylmalate
著者: Mayclin, S.J. / Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0838
ポリマ－34,8191
非ポリマー1,2647
水4,810267
1
A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyase
ヘテロ分子

A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,16616
ポリマ－69,6372
非ポリマー2,52914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area7540 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area21760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.460, 91.460, 78.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyase / Hydroxymethylglutaryl-CoA lyase / Hydroxymethylglutaryl-CoA lyase YngG


分子量: 34818.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: yngG_1, ABUW_2506, CBI29_01513, DV997_16665 / プラスミド: AcbaC.18886.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A0D5YK08, hydroxymethylglutaryl-CoA lyase

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非ポリマー , 6種, 274分子

#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.15 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Top96 D11 (298571d11): 2 0.1 M Sodium Acetate: HCl, pH 4.6, 8% (w/v) PEG4000, 4mM NAD (bsi1606), 4mM HMG-CoA (bsi108595); AcbaC.18179.a.B1.PW38191 conc 23.33mg/mL; 20eg; puck/pin ID tud0-16

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月2日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→45.73 Å / Num. obs: 40790 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.605 % / Biso Wilson estimate: 31.195 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 1.003 / Net I/σ(I): 20.85
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.65-1.696.240.5622.9129600.8520.61399.7
1.69-1.748.0180.4914.1528860.9190.525100
1.74-1.799.1840.3725.8528250.9680.395100
1.79-1.849.1450.2667.8827380.9820.281100
1.84-1.918.9710.19610.2326680.9880.208100
1.91-1.978.6160.15512.6425650.9920.165100
1.97-2.058.9430.11516.1924870.9950.122100
2.05-2.139.1690.10119.0324050.9960.107100
2.13-2.229.0940.08122.6723000.9970.086100
2.22-2.338.5220.07125.2921990.9970.07599.9
2.33-2.468.7390.06427.4721150.9980.068100
2.46-2.619.20.05831.0419910.9980.06299.9
2.61-2.799.0470.05433.6318680.9980.057100
2.79-3.018.5440.0535.5217690.9980.05499.9
3.01-3.38.6550.04738.8616340.9980.05100
3.3-3.698.9780.04442.2214800.9990.04799.9
3.69-4.268.4840.04243.0913150.9990.04599.9
4.26-5.228.3040.04343.311460.9980.046100
5.22-7.388.3230.04541.998970.9990.048100
7.38-507.4630.04142.075420.9980.04499.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
Cootモデル構築
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→45.73 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 15.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1677 2379 6.03 %
Rwork0.1532 37070 -
obs0.1541 39449 96.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 88.78 Å2 / Biso mean: 29.1193 Å2 / Biso min: 13.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→45.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2277 0 75 268 2620
Biso mean--44.23 38.78 -
残基数----305
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.6499-1.68360.30941210.2398192387
1.6836-1.72020.22161370.2106200991
1.7202-1.76020.21861410.1782202292
1.7602-1.80430.17761170.1618210694
1.8043-1.85310.18751550.1542208195
1.8531-1.90760.1471200.1503215196
1.9076-1.96920.18771460.1601215697
1.9692-2.03950.19951390.149217398
2.0395-2.12120.17161410.1526221598
2.1212-2.21770.1411360.1426222499
2.2177-2.33460.18351380.1397221798
2.3346-2.48090.18071500.1497222399
2.4809-2.67240.16421430.15212252100
2.6724-2.94130.18451350.15432279100
2.9413-3.36680.16471490.15442284100
3.3668-4.24140.15421490.13952306100
4.2414-500.14691620.15922449100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3207-1.64351.73253.1558-0.99992.62990.01180.0921-0.0416-0.09810.03570.0945-0.01610.048-0.04670.1201-0.02440.02630.1110.00130.1177-11.425931.69064.3439
21.04630.97480.15683.370.11651.7179-0.09430.24120.0935-0.36050.07040.04690.02110.0509-0.00850.1988-0.01430.01250.21670.00140.1478-10.552127.6572-6.3483
30.94190.35890.1941.424-0.36151.8767-0.05810.265-0.142-0.35850.0805-0.11770.29120.0037-0.00850.23930.01520.03220.203-0.05260.18-10.099312.8009-2.1001
41.9177-0.3522-0.39992.6005-0.05061.690.0147-0.05170.09190.1175-0.02240.1303-0.0654-0.12390.00160.11890.0016-0.00380.1452-0.00680.1432-11.360325.135817.2768
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 62 )A1 - 62
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 63 through 117 )A63 - 117
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 118 through 214 )A118 - 214
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 215 through 305 )A215 - 305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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