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- PDB-6dan: PhdJ WT 2 Angstroms resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dan
タイトルPhdJ WT 2 Angstroms resolution
要素PhdJ
キーワードLYASE / aldolase / PhdJ
機能・相同性: / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase-type TIM barrel / PhdJ
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium vanbaalenii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.047 Å
データ登録者Medellin, B.P. / LeVieux, J.A. / Zhang, Y.J. / Whitman, C.P.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-41239 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-104896 米国
Robert A. Welch FoundationF-1334 米国
Robert A. Welch FoundationF-1778 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structural Characterization of the Hydratase-Aldolases, NahE and PhdJ: Implications for the Specificity, Catalysis, and N-Acetylneuraminate Lyase Subgroup of the Aldolase Superfamily.
著者: LeVieux, J.A. / Medellin, B. / Johnson Jr., W.H. / Erwin, K. / Li, W. / Johnson, I.A. / Zhang, Y.J. / Whitman, C.P.
履歴
登録2018年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PhdJ
B: PhdJ
C: PhdJ
D: PhdJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,1946
ポリマ－144,1234
非ポリマー712
水13,097727
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10800 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area42860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.406, 136.946, 88.264
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.05, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
PhdJ


分子量: 36030.707 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium vanbaalenii (バクテリア)
遺伝子: phdJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ArcticExpress / 参照: UniProt: Q6H2K0
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 727 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.34 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M MES at pH 7-7.5 and 22-25% in PEG 3350 / PH範囲: 7-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 72626 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.38 % / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11_2567: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.047→39.9 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 7157 9.85 %
Rwork0.176 --
obs0.18 72626 94.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.047→39.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9871 0 2 727 10600
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710122
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79813824
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.4927046
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051564
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051819
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.047-2.07080.28192000.23651780X-RAY DIFFRACTION77
2.0708-2.09520.29732040.23761906X-RAY DIFFRACTION82
2.0952-2.12080.30382250.22522004X-RAY DIFFRACTION87
2.1208-2.14760.27922060.21992052X-RAY DIFFRACTION89
2.1476-2.17590.30052160.21632085X-RAY DIFFRACTION89
2.1759-2.20570.2882200.21132099X-RAY DIFFRACTION91
2.2057-2.23720.29342520.20552132X-RAY DIFFRACTION93
2.2372-2.27060.26792080.20842187X-RAY DIFFRACTION92
2.2706-2.3060.26422550.19682170X-RAY DIFFRACTION96
2.306-2.34380.25132550.19832195X-RAY DIFFRACTION96
2.3438-2.38420.26392490.20422281X-RAY DIFFRACTION95
2.3842-2.42760.24862520.20022202X-RAY DIFFRACTION98
2.4276-2.47430.26682480.19672234X-RAY DIFFRACTION97
2.4743-2.52480.24542470.18172256X-RAY DIFFRACTION97
2.5248-2.57970.25242640.19452258X-RAY DIFFRACTION98
2.5797-2.63970.23672440.17742214X-RAY DIFFRACTION96
2.6397-2.70570.21992690.18182233X-RAY DIFFRACTION98
2.7057-2.77880.23992430.18232229X-RAY DIFFRACTION96
2.7788-2.86050.22052190.18452256X-RAY DIFFRACTION97
2.8605-2.95290.2312490.18032218X-RAY DIFFRACTION96
2.9529-3.05840.25352490.19152229X-RAY DIFFRACTION96
3.0584-3.18080.21942410.17662211X-RAY DIFFRACTION96
3.1808-3.32540.23812230.17592247X-RAY DIFFRACTION95
3.3254-3.50070.21392460.17972178X-RAY DIFFRACTION94
3.5007-3.71990.17912310.1632220X-RAY DIFFRACTION95
3.7199-4.00680.18292400.15382225X-RAY DIFFRACTION95
4.0068-4.40960.18462420.14272256X-RAY DIFFRACTION97
4.4096-5.04660.17812440.13962277X-RAY DIFFRACTION98
5.0466-6.3540.18252650.16312323X-RAY DIFFRACTION100
6.354-39.9110.19392510.16292312X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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