PDB-6d9q: The sulfate-bound crystal structure of HPRT (hypoxanthine phospho...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6d9q

タイトル

The sulfate-bound crystal structure of HPRT (hypoxanthine phosphoribosyltransferase)

要素

Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / HPRT / hypoxanthine phosphoribosyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / magnesium ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.056 Å

データ登録者

Satyshur, K.A. / Dubiel, K. / Anderson, B. / Wolak, C. / Keck, J.L.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM084003	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM07215	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	DGE-1256259	米国

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Evolution of (p)ppGpp-HPRT regulation through diversification of an allosteric oligomeric interaction.
著者: Anderson, B.W. / Liu, K. / Wolak, C. / Dubiel, K. / She, F. / Satyshur, K.A. / Keck, J.L. / Wang, J.D.

履歴

登録	2018年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6d9q.ent.gz	363.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6d9q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6d9q_validation.pdf.gz	471.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6d9q_full_validation.pdf.gz	475.9 KB	表示
XML形式データ	6d9q_validation.xml.gz	31.2 KB	表示
CIF形式データ	6d9q_validation.cif.gz	44.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/6d9q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/6d9q	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6d9rC 6d9sC 3h83S 3kb8 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4rqa-2 4rqb-3 4lao-d 4z1o-1 1r3u-1 3mz4-d 6omp-d 4zfn-1 4lan-d 3ohp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

B: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

C: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

D: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

82.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, By Gel filtration, apo and inhibitor bound are sequestered as tetramers, but the substrate is native dimer.

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.597, 82.597, 242.416
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Hypoxanthine phosphoribosyltransferase / HPRT 分子量: 20503.646 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) 遺伝子: hpt, hprT, hpt1, tilS, BA_0063, A9486_05730, ABW01_27435, BASH2_00187, BVG01_28865, CN272_24955, CN488_12230, CN504_22375, COE56_22980, COJ30_24475, COK92_19380, COL95_25280, MCCC1A01412_27610 プラスミド: pLIC-trPC-HA / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1S0QLD4, UniProt: B9ZW32*PLUS, hypoxanthine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.74 % / 解説: Long rhomboidal crystals
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.01 M cobalt [II] chloride hexahydrate, 0.1 M MES monohydrate, pH 6.5, 1.8 M ammonium sulfate

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月10日
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.056→50 Å / Num. obs: 60325 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 10.8 % / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 24.8
反射シェル	解像度: 2.056→2.13 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.74 / Num. unique obs: 5683 / CC_1/2: 0.804 / R_rim(I) all: 0.888 / Χ²: 0.848 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
ADSC		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3H83

3h83

解像度: 2.056→41.299 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.29

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2166	1983	3.29 %
R_work	0.1827	-	-
obs	0.1838	60189	99.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.056→41.299 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5686	0	46	440	6172

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5883
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.569	7970
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.886	3574
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	938
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	992

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0558-2.1072	0.3756	129	0.2937	3850	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1072-2.1642	0.3197	137	0.2692	4118	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1642-2.2279	0.3207	142	0.2694	4126	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2279-2.2998	0.3648	141	0.3184	4114	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2998-2.382	0.2423	141	0.2363	4143	X-RAY DIFFRACTION	100
2.382-2.4773	0.2829	138	0.2268	4129	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4773-2.5901	0.2572	146	0.2141	4170	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5901-2.7266	0.266	144	0.2198	4137	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7266-2.8974	0.2659	144	0.2338	4148	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8974-3.121	0.2836	146	0.2082	4212	X-RAY DIFFRACTION	100
3.121-3.435	0.2401	145	0.1867	4192	X-RAY DIFFRACTION	99
3.435-3.9317	0.2089	140	0.1551	4147	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9317-4.9522	0.153	141	0.1244	4254	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9522-41.3068	0.1577	149	0.1593	4466	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.1461	-4.0423	-0.8864	2.8675	1.8772	5.1397	-0.1369	-0.0752	-1.1542	0.0407	0.1999	-0.5903	0.6823	0.5344	0.1794	0.9207	0.0778	0.0569	0.5894	0.0094	0.7221	32.9789	-21.078	18.8944
2	8.1175	3.0397	1.0925	2.6301	1.2087	2.3221	0.1373	-0.4676	0.4176	0.5825	-0.1578	0.5497	0.1138	-0.1528	-0.0395	0.659	0.0258	0.1163	0.37	-0.029	0.4417	15.5574	-24.5419	21.0605
3	0.8981	-0.1661	-0.2041	1.3187	0.2476	1.6134	0.0484	0.0662	0.0423	0.1287	-0.0004	0.1444	-0.0949	-0.0947	-0.0429	0.448	0.0269	0.0302	0.3962	0.0109	0.4294	9.6617	-32.5293	1.9298
4	9.0736	6.2144	6.8099	8.3307	6.6799	6.0799	-0.0125	0.1577	0.1964	0.1592	-0.1788	0.5667	-0.1393	-0.3474	0.2259	0.37	0.0427	0.0984	0.397	0.029	0.4496	3.6266	-30.6575	4.0801
5	1.5321	0.6008	0.4405	4.6013	-0.8292	3.1062	0.1971	0.3486	0.403	0.2814	-0.0158	0.2987	-0.413	-0.326	-0.213	0.5263	0.0929	0.1516	0.4335	0.0152	0.5843	6.3276	-18.7254	8.1977
6	2.0848	0.6393	-0.3226	2.5087	1.0453	2.2754	0.075	0.1009	0.4139	0.0157	0.0256	0.1098	-0.4548	0.1636	-0.0647	0.591	-0.0028	0.0278	0.3956	-0.0071	0.4928	25.7015	-18.7937	10.9896
7	4.3515	-0.9105	2.9906	1.0243	-0.6355	2.0846	0.3912	0.5815	-0.6848	-0.6202	0.2755	-0.3942	0.5123	1.2319	-0.5166	0.7149	-0.026	0.0161	0.7656	-0.1603	0.6367	20.0078	-58.1224	-39.2111
8	1.7207	-0.4768	0.2481	8.7868	1.5264	2.5933	-0.2513	0.4219	-0.0388	-0.5771	0.2776	0.2177	-0.2718	0.2664	-0.0384	0.4325	-0.0399	-0.032	0.7192	0.0443	0.4057	10.8281	-37.2954	-42.8668
9	1.2291	-0.05	0.4135	0.7829	-0.1115	2.9929	-0.0985	0.1227	0.0384	-0.0114	0.0761	0.0402	-0.2435	-0.1385	0.0287	0.3874	0.0023	-0.0146	0.4713	0.0133	0.4192	11.5913	-32.2821	-23.8292
10	1.9361	-0.6656	-0.4612	4.0888	5.3774	7.157	-0.2114	0.2199	0.1398	0.3015	0.1495	0.1684	-0.1473	-0.2284	0.0912	0.4337	0.0447	-0.0112	0.5206	0.0496	0.4329	6.0153	-28.8069	-27.7914
11	1.974	1.4016	-0.9869	0.9815	-0.8816	2.9909	-0.1455	0.155	0.0162	0.0403	0.0936	0.3094	0.0377	-0.5939	0.0023	0.3347	-0.0081	0.022	0.6506	0.0143	0.4408	-0.1127	-39.1773	-32.0225
12	2.1932	-0.2491	0.9235	2.6113	0.5365	2.611	0.0669	0.099	-0.3214	0.2841	0.051	0.2023	0.6667	-0.6257	-0.1035	0.4936	-0.0713	0.0397	0.589	-0.0248	0.5018	13.3131	-52.6141	-33.2996
13	8.9597	-0.1928	1.3572	9.5993	0.2425	2.0397	0.1618	0.1604	0.2102	0.1005	-0.3659	0.2402	-0.0963	-0.3598	0.0696	0.8503	0.0096	0.0835	0.4444	0.0549	0.6547	9.1882	-52.7615	19.082
14	6.6083	4.3841	-1.2163	5.9361	-1.5383	2.3618	0.076	-0.5795	-0.0932	0.4431	-0.092	-0.0296	0.048	-0.0779	0.045	0.7567	0.0024	-0.0613	0.4198	0.013	0.411	24.1986	-45.2408	22.5455
15	1.2526	0.2773	0.0396	1.4447	-0.1075	1.9061	0.0679	0.0102	-0.0909	0.2301	-0.0414	-0.0883	0.0681	0.1429	-0.0224	0.447	0.0327	-0.0309	0.3594	-0.0117	0.408	31.0904	-39.7014	3.2733
16	2.2661	2.2338	-1.529	4.6101	-1.6683	2.5978	0.1257	-0.0342	-0.3115	0.1977	-0.0355	-0.2168	0.334	0.3804	-0.1158	0.472	0.105	-0.1056	0.4375	-0.0242	0.4601	35.7325	-48.9841	6.0274
17	2.496	-0.1855	0.5963	0.0791	-0.3088	0.8523	0.2585	-0.0143	-0.5166	0.1411	-0.0215	-0.1721	0.4042	0.0107	-0.2581	0.6133	0.0422	-0.0396	0.3508	-0.0079	0.4965	23.9537	-51.4751	11.8516
18	1.0236	-0.07	-0.536	2.3048	-0.9556	0.8533	-0.1207	0.3969	-0.3664	-0.177	0.171	0.3607	0.1724	-0.4891	-0.0378	0.6391	-0.0384	0.0339	0.3986	-0.0016	0.5063	11.9889	-53.0898	12.2898
19	4.4135	-0.8219	-0.7887	0.2128	0.1461	0.1404	0.2711	1.5878	0.8239	-0.4669	0.0267	0.7679	-0.1495	-0.2216	-0.2908	0.7991	-0.053	-0.1451	0.8398	0.1719	0.7948	22.2985	-16.1187	-40.6289
20	1.512	-1.1504	-0.0302	5.0222	0.1401	1.9773	0.0189	0.3499	0.0363	-0.2025	-0.2713	-0.0489	-0.0906	0.1196	0.2475	0.4055	-0.0363	0.0051	0.6146	-0.0545	0.421	32.8319	-35.6284	-41.7838
21	2.4007	-0.1715	0.1338	3.7535	-0.529	1.5327	-0.273	0.2108	-0.4426	-0.0154	0.0351	-0.2531	0.5163	0.3094	0.2298	0.5612	-0.0126	0.0814	0.524	-0.0325	0.5013	30.6725	-50.5942	-28.4026
22	0.9686	0.2259	-0.4734	0.6243	0.4896	2.6917	-0.071	0.1561	-0.0414	0.0919	0.1092	-0.0418	0.2113	0.1815	-0.0224	0.3873	0.0332	0.0047	0.4839	-0.0246	0.4345	31.8544	-40.4405	-22.6551
23	3.5518	1.5121	1.2225	2.385	0.779	5.8499	-0.069	0.1574	-0.1164	0.185	0.3094	-0.6682	-0.208	1.0139	-0.1761	0.363	0.0045	0.0137	0.63	-0.0555	0.4547	43.2938	-33.5201	-30.6152
24	1.8004	0.3215	-0.8949	1.8971	-0.7062	1.869	0.0923	0.3168	0.3096	0.356	0.0266	-0.0438	-0.6323	0.2751	-0.1488	0.5977	-0.1355	-0.0321	0.6183	0.0459	0.4884	29.6817	-21.2892	-33.4884

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 0:5)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 6:23)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 24:118)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 119:129)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 130:149)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 150:180)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 0:6)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 7:30)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 31:118)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 119:129)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 130:149)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 150:179)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 0:8)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 9:21)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 22:118)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain C and resid 119:140)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain C and resid 141:161)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain C and resid 162:180)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain D and resid 0:4)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain D and resid 5:30)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain D and resid 31:41)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain D and resid 42:129)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain D and resid 130:150)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain D and resid 151:179)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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