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- PDB-6d91: Crystal structure of the Deinococcus radiodurans Nramp/MntH dival... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d91
タイトルCrystal structure of the Deinococcus radiodurans Nramp/MntH divalent transition metal transporter in the outward-open, apo conformation
要素Divalent metal cation transporter MntH
キーワードTRANSPORT PROTEIN / divalent transition metal transporter / LeuT-fold / manganese importer / proton-coupled secondary transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


manganese ion transport / cadmium ion transmembrane transporter activity / manganese ion transmembrane transporter activity / iron ion transmembrane transport / symporter activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NRAMP family / Natural resistance-associated macrophage protein-like
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Divalent metal cation transporter MntH
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans R1 = ATCC 13939 = DSM 20539 (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.356 Å
データ登録者Bozzi, A.T. / Zimanyi, C.M. / Nicoludis, J.M. / Gaudet, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM120996-01A1 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Structures in multiple conformations reveal distinct transition metal and proton pathways in an Nramp transporter.
著者: Bozzi, A.T. / Zimanyi, C.M. / Nicoludis, J.M. / Lee, B.K. / Zhang, C.H. / Gaudet, R.
履歴
登録2018年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年12月25日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_entry_details / Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Divalent metal cation transporter MntH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7517
ポリマ－44,6121
非ポリマー2,1396
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.919, 75.508, 53.151
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.07, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-602-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Divalent metal cation transporter MntH


分子量: 44611.875 Da / 分子数: 1 / 変異: G223W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans R1 = ATCC 13939 = DSM 20539 (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: mntH, DR_1709 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q9RTP8
#2: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: 50 mM succinic acid, 20 mM spermidine, 100 mM MES, 26% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.356→38.14 Å / Num. obs: 10998 / % possible obs: 63.94 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 37.61 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.1847 / Rpim(I) all: 0.07994 / Rrim(I) all: 0.2026 / Net I/σ(I): 8.83
反射 シェル解像度: 2.36→2.44 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.3829 / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique obs: 256 / CC1/2: 0.683 / Rpim(I) all: 0.3478 / Rrim(I) all: 0.5194 / % possible all: 15.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3211: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BU5

6bu5
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.356→38.136 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.54
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2989 1061 10.01 %Random Selection of 5%
Rwork0.2438 ---
obs0.2492 10604 63.99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.356→38.136 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3012 0 86 17 3115
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023160
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5244291
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5491841
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036517
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003526
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3562-2.46340.4374330.3068299X-RAY DIFFRACTION16
2.4634-2.59320.2926530.2923472X-RAY DIFFRACTION26
2.5932-2.75570.3262910.2876822X-RAY DIFFRACTION44
2.7557-2.96830.31161320.2761187X-RAY DIFFRACTION64
2.9683-3.26690.32541670.27871500X-RAY DIFFRACTION80
3.2669-3.73930.29681870.23741682X-RAY DIFFRACTION90
3.7393-4.70970.27611930.22631742X-RAY DIFFRACTION93
4.7097-38.14070.29982050.23051839X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.21760.73020.28340.21430.13070.8105-0.0773-0.11260.08340.15920.0417-0.0087-0.007-0.1614-0.02810.1888-0.00640.06510.30420.02080.171227.0285-10.409415.9548
24.2626-0.4158-3.35832.71591.9564.63130.3546-0.0577-0.13690.7461-0.1246-0.07210.00110.1798-0.30840.5219-0.09780.01130.47890.04810.304922.7405-19.82932.9339
32.49410.54131.45151.1509-0.02492.42810.0036-0.1198-0.1957-0.0064-0.05260.10220.0102-0.00210.08030.2324-0.01670.07960.2731-0.00160.099224.58-17.95469.3397
44.8241-1.92654.04343.6616-3.12598.0739-0.022-1.08330.72160.40530.25060.23680.2565-1.4287-0.46040.39860.084-0.03450.5825-0.01730.57960.5003-17.126515.1706
52.29161.5964-1.38242.1327-1.83151.57110.13280.1748-0.27260.21530.1214-0.01330.0165-0.0143-0.18180.16780.02580.07280.2976-0.06180.181823.575-16.328723.4546
64.33831.9735-2.04516.1531-0.63334.92520.43010.641-0.02010.36980.13821.12-0.1377-0.9766-0.19690.2157-0.00620.08490.6016-0.08650.342520.6727-6.648730.5976
73.1714-0.68961.19142.6602-0.89691.73670.49070.0513-0.428-0.5553-0.19790.2249-0.35540.0616-0.21340.2891-0.02610.04080.29640.06120.149732.5149-1.36967.7817
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 40 through 146 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 147 through 172 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 173 through 286 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 287 through 309 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 310 through 343 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 344 through 379 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 380 through 436 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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