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- PDB-6d8w: Crystal structure of InvbI.18715.a.KN11: Influenza hemagglutinin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d8w
タイトルCrystal structure of InvbI.18715.a.KN11: Influenza hemagglutinin from strain A/Jiangsu/ALSI/2011
要素Hemagglutinin
キーワードVIRAL PROTEIN / Inflenza hemagglutinin / Structural Genomics / STRIVE / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / OXAMIC ACID / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Structural characterisation of hemagglutinin from seven Influenza A H1N1 strains reveal diversity in the C05 antibody recognition site.
著者: Ghafoori, S.M. / Petersen, G.F. / Conrady, D.G. / Calhoun, B.M. / Stigliano, M.Z.Z. / Baydo, R.O. / Grice, R. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Forwood, J.K.
履歴
登録2018年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年5月24日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)338,10920
ポリマ－336,2446
非ポリマー1,86414
水16,376909
1
A: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,23111
ポリマ－168,1223
非ポリマー1,1098
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10730 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area57150 Å2
手法PISA
2
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,8789
ポリマ－168,1223
非ポリマー7566
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10940 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area57900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.300, 113.330, 130.120
Angle α, β, γ (deg.)110.160, 90.850, 90.280
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 7 and (name N or name...
21(chain B and ((resid 7 and (name N or name...
31(chain C and ((resid 7 and (name N or name...
41(chain D and (resid 7 through 12 or (resid 13...
51(chain E and ((resid 7 and (name N or name...
61(chain F and ((resid 7 and (name N or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and ((resid 7 and (name N or name...A7
121(chain A and ((resid 7 and (name N or name...A4 - 600
131(chain A and ((resid 7 and (name N or name...A4 - 600
141(chain A and ((resid 7 and (name N or name...A4 - 600
151(chain A and ((resid 7 and (name N or name...A4 - 600
211(chain B and ((resid 7 and (name N or name...B7
221(chain B and ((resid 7 and (name N or name...B1 - 600
231(chain B and ((resid 7 and (name N or name...B1 - 600
241(chain B and ((resid 7 and (name N or name...B1 - 600
251(chain B and ((resid 7 and (name N or name...B1 - 600
311(chain C and ((resid 7 and (name N or name...C7
321(chain C and ((resid 7 and (name N or name...C2 - 486
331(chain C and ((resid 7 and (name N or name...C2 - 486
341(chain C and ((resid 7 and (name N or name...C2 - 486
351(chain C and ((resid 7 and (name N or name...C2 - 486
411(chain D and (resid 7 through 12 or (resid 13...D7 - 12
421(chain D and (resid 7 through 12 or (resid 13...D13 - 15
431(chain D and (resid 7 through 12 or (resid 13...D7 - 486
441(chain D and (resid 7 through 12 or (resid 13...D7 - 486
451(chain D and (resid 7 through 12 or (resid 13...D7 - 486
461(chain D and (resid 7 through 12 or (resid 13...D7 - 486
511(chain E and ((resid 7 and (name N or name...E7
521(chain E and ((resid 7 and (name N or name...E3 - 491
531(chain E and ((resid 7 and (name N or name...E3 - 491
541(chain E and ((resid 7 and (name N or name...E3 - 491
551(chain E and ((resid 7 and (name N or name...E3 - 491
611(chain F and ((resid 7 and (name N or name...F7
621(chain F and ((resid 7 and (name N or name...F3 - 601
631(chain F and ((resid 7 and (name N or name...F3 - 601
641(chain F and ((resid 7 and (name N or name...F3 - 601
651(chain F and ((resid 7 and (name N or name...F3 - 601

-
要素

#1: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 56040.707 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: G0Z9B7
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-OXM / OXAMIC ACID / オキサミド酸


分子量: 89.050 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3NO3
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 909 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.2 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: SEC purified InvbI.18715.a.KN11.PD38282 at 10.18mg/ml (in 25mM MES pH 6.5, 150mM NaCl) was crystallized by sitting drop vapor diffusion at 14C with an equal volume (0.2:0.2uL) of protein: ...詳細: SEC purified InvbI.18715.a.KN11.PD38282 at 10.18mg/ml (in 25mM MES pH 6.5, 150mM NaCl) was crystallized by sitting drop vapor diffusion at 14C with an equal volume (0.2:0.2uL) of protein:mother liquor (20mM each sodium formate, ammonium acetate, sodium citrate, sodium potassium tartrate, and sodium oxamate, 0.1M HEPES pH6.8, 17.2% PEG 500 MME, 8.6% PEG20k), then directly frozen for data collection. Crystal ID 297353a3 data set sht6-6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→43.292 Å / Num. obs: 146567 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.641 % / Biso Wilson estimate: 40.16 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 1.024 / Net I/σ(I): 11.91 / Num. measured all: 387137 / Scaling rejects: 11
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.35-2.412.6610.5492.13108580.7410.69196.9
2.41-2.482.6640.4582.6104510.8170.57597
2.48-2.552.660.42.96102570.8570.50297.1
2.55-2.632.6650.3413.4999280.8930.42897
2.63-2.712.660.2674.3596630.9360.33697.2
2.71-2.812.6620.2035.6394190.9620.25497.4
2.81-2.912.6580.1597.0589850.9720.297.2
2.91-3.032.6540.1258.6386350.980.15797.3
3.03-3.172.6410.09111.2183240.9890.11497.5
3.17-3.322.6410.07413.5780130.9920.09397.5
3.32-3.52.630.05616.4275920.9940.07197.6
3.5-3.722.620.04719.0771760.9950.0697.8
3.72-3.972.6190.0421.1767580.9960.05197.9
3.97-4.292.6150.03523.6663080.9970.04598.1
4.29-4.72.6080.03225.6858120.9970.0498.1
4.7-5.252.610.03225.8352630.9980.0498.2
5.25-6.072.6110.03325.3346320.9970.04298.2
6.07-7.432.60.03225.7539090.9970.04198.2
7.43-10.512.5940.02629.5530010.9980.03397.7
10.51-43.2922.5630.02631.115830.9970.03393.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5vli,2wr0

5vli

2wr0


解像度: 2.35→43.292 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 25.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2247 2041 1.39 %
Rwork0.1792 144475 -
obs0.1798 146516 97.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 164.11 Å2 / Biso mean: 60.4921 Å2 / Biso min: 16.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→43.292 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21388 0 121 916 22425
Biso mean--86.5 48.47 -
残基数----2829
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A10879X-RAY DIFFRACTION10.89TORSIONAL
12B10879X-RAY DIFFRACTION10.89TORSIONAL
13C10879X-RAY DIFFRACTION10.89TORSIONAL
14D10879X-RAY DIFFRACTION10.89TORSIONAL
15E10879X-RAY DIFFRACTION10.89TORSIONAL
16F10879X-RAY DIFFRACTION10.89TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.40460.30991370.25589613975097
2.4046-2.46480.32831300.23189527965797
2.4648-2.53140.28371170.23129610972797
2.5314-2.60590.29431410.22329608974997
2.6059-2.690.28991330.22419677981097
2.69-2.78610.29491250.21079586971197
2.7861-2.89760.23841450.219579972497
2.8976-3.02950.30061320.20869622975497
3.0295-3.18910.24141380.1989639977798
3.1891-3.38890.22131660.19079632979898
3.3889-3.65040.221440.17379636978098
3.6504-4.01750.19981220.15599701982398
4.0175-4.59830.17441420.1389676981898
4.5983-5.79120.18611340.14489709984398
5.7912-43.29950.19941350.17429660979597
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6381-0.0352-0.18750.03030.06644.86210.00480.3391-0.0039-0.3967-0.15230.2535-0.3746-0.53020.12520.57140.0542-0.11460.46460.04610.3940.9244-51.2472-59.3394
21.70090.1781-0.27283.13440.78892.312-0.0061-0.0977-0.12360.28050.09490.14440.2589-0.2074-0.09590.2134-0.03940.01290.22120.0550.29746.9327-59.3923-24.6597
30.47820.3565-0.00230.2660.59041.07030.06830.3824-0.0108-0.36870.03320.1782-0.1341-0.4859-0.14530.80590.0397-0.14680.72090.04310.37723.1741-54.5736-78.1657
40.66630.48870.92450.61450.08362.0143-0.03650.4277-0.1246-0.65180.2920.1535-0.2548-0.2547-0.13070.91070.0331-0.18170.8621-0.05150.35498.6884-57.0726-94.9511
51.06910.21170.51880.27960.04573.1149-0.17010.32710.2672-0.1276-0.0640.2263-0.4038-0.32760.20410.33140.0656-0.03370.36680.05840.4035-34.51854.4223-57.6972
62.72090.15981.17581.3997-0.29032.29820.0857-0.48530.14650.1795-0.0483-0.0171-0.0884-0.2815-0.04750.17380.00080.06210.2662-0.03920.2798-26.4254-4.2895-27.0352
71.81280.24761.13690.49230.30612.7146-0.1490.89860.1044-0.44020.11060.2436-0.2065-0.04890.05590.6067-0.0781-0.13620.88590.12660.3747-29.71122.5003-85.8289
81.187-0.23390.89490.9852-0.59622.87340.09440.339-0.2567-0.26120.0404-0.02320.3180.1698-0.14620.24240.01040.03850.3008-0.0610.3620.7872-19.6802-54.1559
92.54410.8676-0.73733.0245-0.68962.5760.1259-0.1829-0.00630.3812-0.0159-0.0211-0.15250.0908-0.08540.18780.02710.0030.15880.00280.28927.5396-12.7849-28.0645
101.55120.11610.35090.12350.28331.8153-0.06121.0333-0.2081-0.44090.14350.026-0.04930.2936-0.06890.7534-0.1103-0.02630.9587-0.09570.2778-9.918-12.5909-84.6671
110.6213-0.38731.83760.13950.21544.97820.43360.3076-0.3075-0.40320.04720.06751.440.2342-0.39450.9633-0.0477-0.16520.4916-0.04920.557728.5144-79.2365-62.2069
122.44510.25720.26772.253-0.07143.09910.2101-0.005-0.2160.02850.0623-0.28030.61720.3551-0.19390.32840.0931-0.0680.1801-0.02230.462638.5767-72.3759-30.7465
130.8628-0.00990.5613-0.10860.57462.89430.23810.5289-0.1984-0.24940.1223-0.0570.51930.5596-0.30661.04110.0531-0.1080.7106-0.1030.398323.1262-70.7356-91.0634
140.09630.60320.48220.98850.63062.9215-0.06550.41140.0609-0.51170.0996-0.1987-0.20970.2755-0.02380.44930.10330.08630.5523-0.0060.405438.4699-40.6628-64.1968
152.560.24660.0732.7915-0.47212.53060.117-0.1841-0.08070.2852-0.1292-0.2409-0.0580.07510.01710.1949-0.0086-0.01770.1526-0.00320.347833.7323-37.1394-31.3132
160.19320.22130.191.4045-0.35911.926-0.2130.39110.0949-0.79530.1061-0.1351-0.12690.04340.04620.8515-0.01990.03270.70210.00440.323629.786-48.9167-84.1393
170.3148-0.1092-0.28690.22191.05755.1315-0.12280.79690.3969-2.26730.31330.33770.1403-0.0877-0.02271.896-0.3115-0.09851.19660.20440.702226.0668-42.6892-120.7548
180.81351.09130.96421.10961.10065.0223-0.52430.71120.3238-0.73740.3061-0.1826-0.87820.51780.13560.7149-0.17480.02230.62840.11340.3842.655119.2386-61.2872
192.96150.76430.41093.7376-0.16152.68260.005-0.32830.22070.391-0.1484-0.0074-0.32720.10930.12310.2975-0.036-0.02550.1877-0.00120.3939-1.010719.8445-27.9011
200.1720.69710.48161.9906-0.10620.824-0.57210.58960.1687-0.95080.47720.1103-0.8570.49690.16521.0308-0.2871-0.07510.9520.1650.3149-7.441112.6035-82.6624
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'E' and (resid 3 through 99 )E3 - 99
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'E' and (resid 100 through 269 )E100 - 269
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'E' and (resid 270 through 403 )E270 - 403
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'E' and (resid 404 through 491 )E404 - 491
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'F' and (resid 3 through 99 )F3 - 99
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 100 through 288 )F100 - 288
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'F' and (resid 289 through 486 )F289 - 486
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 4 through 138 )A4 - 138
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 139 through 266 )A139 - 266
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 267 through 484 )A267 - 484
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1 through 99 )B1 - 99
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 100 through 288 )B100 - 288
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 289 through 496 )B289 - 496
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 2 through 99 )C2 - 99
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 100 through 288 )C100 - 288
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 289 through 452 )C289 - 452
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 453 through 486 )C453 - 486
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 7 through 99 )D7 - 99
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 100 through 269 )D100 - 269
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 270 through 486 )D270 - 486

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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