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- PDB-6d6z: Structure of the malate racemase apoprotein from Thermoanaerobact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d6z
タイトルStructure of the malate racemase apoprotein from Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum
要素Malate racemase Mar2
キーワードISOMERASE / Lar / lactate racemase
機能・相同性LarA, N-terminal domain / lactate racemase activity / LarA-like, N-terminal / LarA-like, C-terminal domain / Lactate racemase N-terminal domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Lar_N domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Fellner, M. / Hausinger, R.P. / Hu, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1516126 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Uncovering a superfamily of nickel-dependent hydroxyacid racemases and epimerases.
著者: Desguin, B. / Urdiain-Arraiza, J. / Da Costa, M. / Fellner, M. / Hu, J. / Hausinger, R.P. / Desmet, T. / Hols, P. / Soumillion, P.
履歴
登録2018年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年11月4日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_description / _struct.title
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malate racemase Mar2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5591
ポリマ－47,5591
非ポリマー00
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.764, 102.453, 133.953
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-582-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Malate racemase Mar2


分子量: 47559.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum (strain ATCC 7956 / DSM 571 / NCIB 9385 / NCA 3814) (バクテリア)
株: ATCC 7956 / DSM 571 / NCIB 9385 / NCA 3814 / 遺伝子: Tthe_2432 / 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株 (発現宿主): NZ3900 / 参照: UniProt: D9TSN9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.14 % / Mosaicity: 0.16 °
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 2 ul ~12 mg/ml LarA (100 mM Tris-HCl pH 7.5, 300 mM NaCl) mixed with 1 ul of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 100 ul of (NH4)2SO4 0.2M, Bis-Tris pH 5.5 0.1M, 25% w/v ...詳細: 2 ul ~12 mg/ml LarA (100 mM Tris-HCl pH 7.5, 300 mM NaCl) mixed with 1 ul of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 100 ul of (NH4)2SO4 0.2M, Bis-Tris pH 5.5 0.1M, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350. The crystal was soaked for about two minutes in (NH4)2SO4 0.15M, Bis-Tris pH 5.5 0.075M, 32% w/v Polyethylene glycol 3,350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.078 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→44.41 Å / Num. obs: 20224 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 42.16 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 199614 / Scaling rejects: 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.38-2.469.40.99919100.8440.3371.05689.7
8.89-44.418.80.0454470.9990.0150.04799.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.26 Å40.93 Å
Translation5.26 Å40.93 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.6.2データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PHENIXdev-3092精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HUQ

5huq


解像度: 2.38→40.933 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 26.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2386 1951 5.1 %
Rwork0.183 --
obs0.1857 19130 97.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 101.17 Å2 / Biso mean: 50.0573 Å2 / Biso min: 23.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.38→40.933 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2975 0 0 93 3068
Biso mean---44.72 -
残基数----393
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3752-2.43460.332960.27562199229582
2.4346-2.50040.341560.276326362792100
2.5004-2.5740.36671300.272726162746100
2.574-2.6570.36931570.24726172774100
2.657-2.7520.26391410.23282596273798
2.752-2.86210.31291540.23232608276298
2.8621-2.99240.28651570.218725962753100
2.9924-3.15010.29921310.21526712802100
3.1501-3.34730.27041290.190626312760100
3.3473-3.60560.26571260.181326432769100
3.6056-3.96820.1851550.154626422797100
3.9682-4.54180.17841300.132326622792100
4.5418-5.71970.18381540.14622570272497
5.7197-40.93860.20811350.16832622275799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2051-1.95882.05063.6453-3.0593.79430.21340.2495-0.2534-0.6514-0.03860.32060.6429-0.1017-0.18310.3427-0.035-0.01170.3986-0.0180.3177-17.717-34.1021-49.0015
26.42130.39960.56489.08333.03194.1945-0.13920.05390.3064-0.30880.26560.7678-0.208-0.6103-0.120.23880.002-0.00010.49780.11620.2926-16.4218-37.3033-27.4456
34.7175-4.9593-0.40359.76553.77632.4820.0373-0.21930.05630.6319-0.22910.2437-0.24070.0140.19560.2039-0.002-0.02630.4210.08250.2822-13.2369-31.0448-20.3451
48.77893.8722-4.50544.1955-2.36637.05040.1311-0.44980.15020.3334-0.03530.3055-0.0976-0.181-0.09210.28450.0918-0.0030.24220.01740.252-10.4854-28.6946-21.4514
51.71680.54531.56851.19630.01665.0692-0.0080.19790.1177-0.195-0.0347-0.0916-0.03540.24080.05240.2580.07190.03910.36820.07360.3079-5.4761-30.573-36.5009
62.5867-2.0568-1.48097.28671.21713.46450.2133-0.09660.3757-0.48910.0011-0.8379-0.21710.4493-0.20650.3103-0.02440.04360.41230.00110.3233-14.5835-11.9721-56.4513
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 64 )A2 - 64
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 65 through 91 )A65 - 91
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 92 through 112 )A92 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 113 through 148 )A113 - 148
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 149 through 268 )A149 - 268
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 269 through 415 )A269 - 415

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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