[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6d54: Low Temperature joint X-ray/neutron structure of DNA oligonucleot... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6d54 | |||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Low Temperature joint X-ray/neutron structure of DNA oligonucleotide d(GTGGCCAC)2 with 2'-SeCH3 modification on Cyt5 | |||||||||||||||||||||||
Components | DNA (5'-D(*Keywords | DNA / oligonucleotide / selenium modification | Function / homology | DEUTERATED WATER / DNA | Function and homology information Biological species | synthetic construct (others) | Method | X-RAY DIFFRACTION / NEUTRON DIFFRACTION / NUCLEAR REACTOR / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.65 Å | Authors | Kovalevsky, A. / Huang, Z. / Vandavasi, V.G. | Citation | Journal: Structure / Year: 2018 Title: Temperature-Induced Replacement of Phosphate Proton with Metal Ion Captured in Neutron Structures of A-DNA. Authors: Vandavasi, V.G. / Blakeley, M.P. / Keen, D.A. / Hu, L.R. / Huang, Z. / Kovalevsky, A. #1: Journal: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / Year: 2009 Title: Generalized X-ray and neutron crystallographic analysis: more accurate and complete structures for biological macromolecules. Authors: Adams, P.D. / Mustyakimov, M. / Afonine, P.V. / Langan, P. History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6d54.cif.gz | 21.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6d54.ent.gz | 13.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6d54.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/6d54 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/6d54 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 6d4lC 4fp6S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: DNA chain | Mass: 2520.592 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) | ||
---|---|---|---|
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-DOD / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment |
|
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.38 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 303 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 / Details: 0.1 M magnesium acetate, 30% MPD, 0.1 M MES |
-Data collection
Diffraction |
| |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source |
| |||||||||||||||||||||
Detector |
| |||||||||||||||||||||
Radiation |
| |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
| |||||||||||||||||||||
Reflection | Entry-ID: 6D54
| |||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Biso max: 61.45 Å2 / Biso mean: 24.54 Å2 / Biso min: 5.01 Å2 / % reflection Rfree: 5 % / R Free selection details: random / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2.5 / Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Stereochemistry target values: joint X-ray/neutron ML / Bsol: 92.2058 Å2 / ksol: 0.546925 e/Å3
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine funct minimized |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→40 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Total num. of bins used: 8
|