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- PDB-6d54: Low Temperature joint X-ray/neutron structure of DNA oligonucleot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d54
タイトルLow Temperature joint X-ray/neutron structure of DNA oligonucleotide d(GTGGCCAC)2 with 2'-SeCH3 modification on Cyt5
要素DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*(CSL)P*CP*AP*C)-3')
キーワードDNA (デオキシリボ核酸) / oligonucleotide (オリゴヌクレオチド) / selenium modification
機能・相同性DEUTERATED WATER / デオキシリボ核酸
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Kovalevsky, A. / Huang, Z. / Vandavasi, V.G.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Temperature-Induced Replacement of Phosphate Proton with Metal Ion Captured in Neutron Structures of A-DNA.
著者: Vandavasi, V.G. / Blakeley, M.P. / Keen, D.A. / Hu, L.R. / Huang, Z. / Kovalevsky, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2009
タイトル: Generalized X-ray and neutron crystallographic analysis: more accurate and complete structures for biological macromolecules.
著者: Adams, P.D. / Mustyakimov, M. / Afonine, P.V. / Langan, P.
履歴
登録2018年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 2.02022年3月2日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: database_2 / diffrn_radiation_wavelength ...database_2 / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / entity / entity_poly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _entity_poly.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*(CSL)P*CP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,5693
ポリマ－2,5211
非ポリマー492
水70339
1
A: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*(CSL)P*CP*AP*C)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*(CSL)P*CP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1386
ポリマ－5,0412
非ポリマー974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area9340 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area4680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.884, 41.884, 24.307
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*(CSL)P*CP*AP*C)-3')


分子量: 2520.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水 / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.38 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.1 M magnesium acetate, 30% MPD, 0.1 M MES

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU MICROMAX-007 HF11.54
NUCLEAR REACTORILL LADI III22.8-4.0
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU RAXIS IV++1IMAGE PLATE2017年12月12日osmic varimax
LADI III2IMAGE PLATE2017年11月20日collimators
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2LAUELneutron2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541
22.81
341
反射

Entry-ID: 6D54

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.65-40286610010.40.056116.6
1.9-21.3162984.670.17929.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I) obs% possible all
1.65-1.7110.20.149116.6100
1.9-23.40.22625.366

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
nCNS1.0.0精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
LAUEGENデータ削減
LSCALEデータスケーリング
CNS位相決定
精密化

Biso max: 61.45 Å2 / Biso mean: 24.54 Å2 / Biso min: 5.01 Å2 / % reflection Rfree: 5 % / R Free selection details: random / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.5 / 構造決定の手法: 分子置換 / 立体化学のターゲット値: joint X-ray/neutron ML / Bsol: 92.2058 Å2 / ksol: 0.546925 e/Å3

開始モデル解像度 (Å)Refine-IDRfactor RfreeRfactor RworkNum. reflection RfreeNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
PDB entry 4FP6

4fp6

1.65-40X-RAY DIFFRACTION0.2460.231362843280098.2
1.9-21.3NEUTRON DIFFRACTION0.260.234651909157282.3
Refine analyze
Refine-ID#notag 0Luzzati coordinate error obs (Å)Luzzati d res low obs (Å)Luzzati sigma a obs (Å)Luzzati d res high obs
X-RAY DIFFRACTION
FreeObs
Luzzati coordinate error0.210.19
Luzzati d res low-5
Luzzati sigma a0.180.07
Luzzati d res high-1.65
NEUTRON DIFFRACTION0.2350.191.9
Refine funct minimized
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONJoint X-ray/neutron ML
NEUTRON DIFFRACTIONJoint X-ray/neutron ML
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数163 0 2 39 204
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg0.7
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.95
NEUTRON DIFFRACTIONx_bond_d0.006
NEUTRON DIFFRACTIONx_angle_deg0.9
NEUTRON DIFFRACTIONx_torsion_deg0.7
NEUTRON DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.95
LS精密化 シェル

Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRefine-IDRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.65-1.730.511850.235317X-RAY DIFFRACTION0.1235533594.1
1.73-1.820.31185.60.219306X-RAY DIFFRACTION0.07333932495.6
1.82-1.930.268164.80.225315X-RAY DIFFRACTION0.06733833197.6
1.93-2.080.231113.30.228327X-RAY DIFFRACTION0.0734733897.4
2.08-2.290.211267.40.204326X-RAY DIFFRACTION0.04135735298.6
2.29-2.620.272113.20.222336X-RAY DIFFRACTION0.08234834799.4
2.62-3.30.174154.20.233345X-RAY DIFFRACTION0.04536136099.7
3.3-21.020.197215.30.244377X-RAY DIFFRACTION0.04340139899.3
1.9-1.990.27650.25149NEUTRON DIFFRACTION0.1123615565.7
1.99-2.090.24974.20.266161NEUTRON DIFFRACTION0.09422416874.7
2.09-2.220.201147.80.252166NEUTRON DIFFRACTION0.05423418076.6
2.22-2.390.25663.20.229179NEUTRON DIFFRACTION0.10422918580.8
2.39-2.630.24373.60.214186NEUTRON DIFFRACTION0.09223519382.1
2.63-3.010.18183.80.233204NEUTRON DIFFRACTION0.06424221287.6
3.01-3.790.2181880.207208NEUTRON DIFFRACTION0.05124322693
3.79-21.020.52683.20.252245NEUTRON DIFFRACTION0.18626925394.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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