PDB-6d24: Trypanosoma cruzi Glucose-6-P Dehydrogenase in complex with G6P

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6d24

タイトル

Trypanosoma cruzi Glucose-6-P Dehydrogenase in complex with G6P

要素

(Glucose-6-phosphate 1- ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / DEHYDROGENASE / PENTOSE PHOSPHATE PATHWAY / ALPHA BETA / NAD(P) ROSSMANN-LIKE DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

glucose-6-phosphate dehydrogenase (NADP+) / glucose-6-phosphate dehydrogenase activity / pentose-phosphate shunt, oxidative branch / glucose metabolic process / NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 3.35 Å

データ登録者

Botti, H. / Ortiz, C. / Comini, M.A. / Larrieux, N. / Buschiazzo, A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Glucose-6-Phosphate Dehydrogenase from the Human Pathogen Trypanosoma cruzi Evolved Unique Structural Features to Support Efficient Product Formation.
著者: Ortiz, C. / Botti, H. / Buschiazzo, A. / Comini, M.A.

履歴

登録	2018年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2018年5月2日	ID: 4EM5
改定 1.0	2018年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月15日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
改定 1.2	2019年4月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2019年6月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6d24.cif.gz	796.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6d24.ent.gz	663.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6d24.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/6d24 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/6d24	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6d23C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6d23-d 5aq1-1 5aq1-2 2bhl-1 1e0k-d 5hgb-d 3bg3-2 0339 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

B: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

C: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

D: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

ヘテロ分子

249 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.790, 133.030, 107.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.270, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
Glucose-6-phosphate 1- ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase 分子量: 60952.293 Da / 分子数: 2 / 変異: A290E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 遺伝子: G6PDH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q1WBU6, glucose-6-phosphate dehydrogenase (NADP+)
#2: タンパク質	Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase 分子量: 60968.293 Da / 分子数: 2 / 変異: A290E / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cys528 oxidized to CSO 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 遺伝子: G6PDH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q1WBU6, glucose-6-phosphate dehydrogenase (NADP+)

-
糖 , 1種, 4分子

#3: 糖

ChemComp-BG6 / 6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₃O₉P

-
非ポリマー , 4種, 101分子

#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	... ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 4 microL 33 mg/mL protein (in 20 mM Tris pH 8.0, 50mM NaCl, 0.5mM MgCl2) plus 4 microL 4% PEG 400, 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES buffer, 5 mM G6P, pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月30日 / 詳細: Mirrors: Rh/Pt coated Si

放射

モノクロメーター: Liquid Nitrogen cooled Dual Crystal [Si(111)]
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.35→67.359 Å / Num. obs: 38508 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 50.72 Å² / R_pim(I) all: 0.129 / R_rim(I) all: 0.246 / R_sym value: 0.209 / Net I/av σ(I): 3.3 / Net I/σ(I): 5.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
3.35-3.53	3.6	0.45	1.6	5606	0.277	0.53	0.45	99.9
3.53-3.75	3.6	0.344	2.2	5330	0.212	0.405	0.344	99.9
3.75-4	3.5	0.243	3.1	5012	0.15	0.286	0.243	99.9
4-4.32	3.5	0.188	3.9	4651	0.116	0.222	0.188	99.8
4.32-4.74	3.5	0.16	4.5	4272	0.099	0.189	0.16	99.6
4.74-5.3	3.5	0.158	4.5	3899	0.099	0.187	0.158	99.8
5.3-6.12	3.4	0.184	4	3401	0.117	0.219	0.184	99.1
6.12-7.49	3.1	0.138	5.2	2791	0.093	0.167	0.138	95.8
7.49-10.59	3.7	0.089	6	2270	0.054	0.105	0.089	100
10.59-67.359	3.6	0.091	5.2	1276	0.055	0.107	0.091	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.15	データスケーリング
BUSTER	2.10.3	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
TRUNCATE		データ削減

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 3.35→34.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.873 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.822 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.526

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.254	796	2.07 %	RANDOM
R_work	0.205	-	-	-
obs	0.206	38456	99.4 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 138.31 Å² / B_iso mean: 36.56 Å² / B_iso min: 3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3543 Å²	0 Å²	5.1018 Å²
2-	-	-0.6376 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.2833 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.45 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.35→34.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15648	0	256	47	15951
B_iso mean	-	-	56.98	6.2	-
残基数	-	-	-	-	1992

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	5675	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	2758	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	16240	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	2096	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	18497	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	16240	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	22026	HARMONIC	2	1.19
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.82
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				21.27

LS精密化シェル

解像度: 3.35→3.44 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 19

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2401	54	1.82 %
R_work	0.2038	2920	-
all	0.2044	2974	-
obs	-	-	99.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6246	-0.7776	-0.6898	4.7263	0.5508	1.6821	0.0282	-0.2413	0.2967	0.246	0.1274	0.1984	-0.1213	-0.1446	-0.1556	-0.0567	-0.04	-0.0852	-0.1862	-0.0614	-0.0104	22.5091	15.2804	48.4179
2	1.345	0.4149	1.2066	1.3192	-0.1023	1.3033	-0.1185	0.2618	0.1901	-0.1023	0.1232	-0.0756	-0.157	0.2312	-0.0046	-0.0099	-0.0701	-0.1548	-0.191	-0.0284	-0.0345	18.4118	-8.7487	28.6833
3	2.594	1.1431	-1.0482	4.5345	-1.1362	2.5223	-0.0753	-0.0355	-0.1037	0.0048	0.1556	0.3443	0.1226	-0.2689	-0.0803	0.0078	-0.0385	-0.1833	-0.2532	-0.0709	-0.0411	-0.6201	-76.5016	16.8812
4	0.1842	-0.0667	0.255	1.3738	0.8041	1.6163	-0.0167	0.0426	-0.1452	0.003	0.2333	-0.2423	0.1823	0.2146	-0.2167	0.0476	0.0032	-0.1949	-0.1589	-0.0539	-0.0615	16.9026	-52.2361	26.899
5	3.2124	-1.3526	-0.0447	4.1115	0.7962	2.3385	0.0467	-0.2931	0.224	0.0436	-0.1153	-0.3279	0.0573	-0.0314	0.0686	-0.0368	0.0211	-0.3024	-0.1853	-0.0086	-0.1286	28.4203	-32.591	81.6425
6	1.2353	-0.0736	0.2482	1.4152	0.1623	0.5234	-0.0465	-0.2258	-0.1368	0.4202	0.0694	0.1024	0.3255	-0.0644	-0.0229	0.0399	0.0402	-0.2435	-0.1508	0.0004	-0.2828	4.6428	-38.1369	62.3688
7	2.3357	1.1567	0.0066	2.8342	-1.2705	2.2649	0.0119	0.089	-0.0065	-0.2447	-0.1204	-0.1006	0.182	-0.1513	0.1085	0.0623	0.0261	-0.2405	-0.1613	0.0284	-0.1509	-30.5794	-28.4573	1.2142
8	-0.2376	-0.2831	0.5079	1.1875	-0.3276	1.6294	-0.0498	-0.0378	0.4507	-0.0994	0.0787	0.5352	-0.1142	-0.1679	-0.0289	-0.1223	0.0202	-0.3181	-0.118	0.0362	-0.2292	-19.2371	-22.6366	29.648

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|52 - A\|246 }	A	52 - 246
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|247 - A\|553 A\|601 - A\|601 }	A	247 - 553
3	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|247 - A\|553 A\|601 - A\|601 }	A	601
4	X-RAY DIFFRACTION	3	{ B\|52 - B\|246 }	B	52 - 246
5	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|247 - B\|553 B\|601 - B\|601 }	B	247 - 553
6	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|247 - B\|553 B\|601 - B\|601 }	B	601
7	X-RAY DIFFRACTION	5	{ C\|52 - C\|246 }	C	52 - 246
8	X-RAY DIFFRACTION	6	{ C\|247 - C\|545 C\|601 - C\|601 }	C	247 - 545
9	X-RAY DIFFRACTION	6	{ C\|247 - C\|545 C\|601 - C\|601 }	C	601
10	X-RAY DIFFRACTION	7	{ D\|52 - D\|246 }	D	52 - 246
11	X-RAY DIFFRACTION	8	{ D\|247 - D\|545 D\|601 - D\|601 }	D	247 - 545
12	X-RAY DIFFRACTION	8	{ D\|247 - D\|545 D\|601 - D\|601 }	D	601

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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