+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6d23 | |||||||||
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Title | GLUCOSE-6-P DEHYDROGENASE (APO FORM) FROM TRYPANOSOMA CRUZI | |||||||||
Components | Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / DEHYDROGENASE / PENTOSE PHOSPHATE PATHWAY / ALPHA BETA / NAD(P) ROSSMANN-LIKE DOMAIN | |||||||||
Function / homology | Function and homology information glucose-6-phosphate dehydrogenase (NADP+) / glucose-6-phosphate dehydrogenase activity / pentose-phosphate shunt / glucose metabolic process / NADP binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Trypanosoma cruzi (eukaryote) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.85 Å | |||||||||
Authors | Botti, H. / Ortiz, C. / Comini, M.A. / Larrieux, N. / Buschiazzo, A. | |||||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2019 Title: Glucose-6-Phosphate Dehydrogenase from the Human Pathogen Trypanosoma cruzi Evolved Unique Structural Features to Support Efficient Product Formation. Authors: Ortiz, C. / Botti, H. / Buschiazzo, A. / Comini, M.A. #1: Journal: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun. Year: 2011 Title: Expression, crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of glucose-6-phosphate dehydrogenase from the human pathogen Trypanosoma cruzi in complex with substrate. Authors: Ortiz, C. / Larrieux, N. / Medeiros, A. / Botti, H. / Comini, M. / Buschiazzo, A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6d23.cif.gz | 789.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6d23.ent.gz | 657.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6d23.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6d23_validation.pdf.gz | 513.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6d23_full_validation.pdf.gz | 539.8 KB | Display | |
Data in XML | 6d23_validation.xml.gz | 69.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6d23_validation.cif.gz | 93.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/6d23 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/6d23 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6d24C 1qkiS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 60952.293 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trypanosoma cruzi (eukaryote) / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q1WBU6, glucose-6-phosphate dehydrogenase (NADP+) #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.8 Å3/Da / Density % sol: 56.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 4 microL 20 mg/mL protein (in 20 mM Tris pH8.0, 50mM NaCl, 0.5mM MgCl2), plus 4 microL 6% PEG 400, 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 30, 2010 / Details: Mirrors: Rh/Pt coated Si | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Liquid Nitrogen cooled Dual Crystal [Si(111)] Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.85→29.629 Å / Num. obs: 62028 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 61.17 Å2 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.163 / Rsym value: 0.138 / Net I/av σ(I): 4.8 / Net I/σ(I): 7.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1QKI Resolution: 2.85→29.629 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.892 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.852 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.774 / SU Rfree Blow DPI: 0.344
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Displacement parameters | Biso max: 133.56 Å2 / Biso mean: 44.35 Å2 / Biso min: 3 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.39 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.85→29.629 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.85→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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