PDB-6d23: GLUCOSE-6-P DEHYDROGENASE (APO FORM) FROM TRYPANOSOMA CRUZI

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6d23

タイトル

GLUCOSE-6-P DEHYDROGENASE (APO FORM) FROM TRYPANOSOMA CRUZI

要素

Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / DEHYDROGENASE / PENTOSE PHOSPHATE PATHWAY / ALPHA BETA / NAD(P) ROSSMANN-LIKE DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

glucose-6-phosphate dehydrogenase (NADP+) / glucose-6-phosphate dehydrogenase activity / pentose-phosphate shunt / glucose metabolic process / NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Botti, H. / Ortiz, C. / Comini, M.A. / Larrieux, N. / Buschiazzo, A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Glucose-6-Phosphate Dehydrogenase from the Human Pathogen Trypanosoma cruzi Evolved Unique Structural Features to Support Efficient Product Formation.
著者: Ortiz, C. / Botti, H. / Buschiazzo, A. / Comini, M.A.

履歴

登録	2018年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2018年5月2日	ID: 4E9I
改定 1.0	2018年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月15日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.2	2019年4月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2019年6月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6d23.ent.gz	657.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6d23.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6d23_validation.pdf.gz	513.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6d23_full_validation.pdf.gz	539.8 KB	表示
XML形式データ	6d23_validation.xml.gz	69.1 KB	表示
CIF形式データ	6d23_validation.cif.gz	93.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/6d23 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/6d23	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6d24C 1qkiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6d24-d 5aq1-1 5aq1-2 2bhl-1 3bg3-2 1e0k-d 3hl2-2 5hgb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

B: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

C: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

D: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

ヘテロ分子

249 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.610, 132.960, 107.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.110, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase 分子量: 60952.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q1WBU6, glucose-6-phosphate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	... ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 4 microL 20 mg/mL protein (in 20 mM Tris pH8.0, 50mM NaCl, 0.5mM MgCl2), plus 4 microL 6% PEG 400, 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月30日 / 詳細: Mirrors: Rh/Pt coated Si

放射

モノクロメーター: Liquid Nitrogen cooled Dual Crystal [Si(111)]
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.85→29.629 Å / Num. obs: 62028 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 61.17 Å² / R_pim(I) all: 0.086 / R_rim(I) all: 0.163 / R_sym value: 0.138 / Net I/av σ(I): 4.8 / Net I/σ(I): 7.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
2.85-3	3.4	0.501	1.5	9028	0.316	0.594	0.501	99.2
3-3.19	3.4	0.356	2.2	8541	0.224	0.421	0.356	99.2
3.19-3.41	3.5	0.221	3.4	8078	0.138	0.262	0.221	99.4
3.41-3.68	3.5	0.156	4.3	7504	0.097	0.184	0.156	99.3
3.68-4.03	3.6	0.118	6	6897	0.073	0.139	0.118	99.2
4.03-4.51	3.5	0.087	7.9	6231	0.054	0.102	0.087	99.2
4.51-5.2	3.5	0.087	7.6	5525	0.054	0.103	0.087	99.4
5.2-6.37	3.4	0.101	6.5	4667	0.064	0.119	0.101	99
6.37-9.01	3.3	0.071	7.7	3568	0.045	0.084	0.071	97.2
9.01-29.629	3.7	0.083	5.9	1989	0.05	0.097	0.083	97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
SCALA	3.3.15	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
TRUNCATE		データ削減
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1QKI

1qki

解像度: 2.85→29.629 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.892 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.852 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.774 / SU R_free Blow DPI: 0.344

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.249	1257	2.03 %	RANDOM
R_work	0.204	-	-	-
obs	0.205	62009	99 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 133.56 Å² / B_iso mean: 44.35 Å² / B_iso min: 3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.1148 Å²	0 Å²	7.9382 Å²
2-	-	6.2455 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.8694 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.39 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.85→29.629 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15441	0	263	75	15779
B_iso mean	-	-	67	25.43	-
残基数	-	-	-	-	1965

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	5592	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	2722	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	16036	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	2053	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	17828	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	16036	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	21733	HARMONIC	2	1.19
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.07
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				20.35

LS精密化シェル

解像度: 2.85→2.92 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	102	2.23 %
R_work	0.2221	4471	-
all	0.2227	4573	-
obs	-	-	99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5202	0.099	-0.25	3.298	0.0476	1.8366	0.0029	-0.4827	0.5168	0.5221	0.2182	0.2392	-0.4245	-0.0022	-0.221	-0.13	-0.068	0.059	-0.257	-0.136	-0.0673	23.2406	14.9186	48.6348
2	1.4233	0.5524	0.5725	1.1949	0.1942	1.0179	-0.1916	0.2878	0.2585	-0.1761	0.2242	-0.1207	-0.2352	0.2973	-0.0327	-0.1457	-0.0749	-0.0487	-0.1156	-0.0054	-0.0494	18.479	-9.1913	29.0565
3	2.0272	1.3242	-0.9902	3.9337	-0.9473	2.6929	-0.1288	0.1227	-0.1638	-0.1776	0.3173	0.6627	0.2292	-0.3431	-0.1886	-0.1152	-0.0435	-0.0218	-0.2038	-0.0648	-0.1166	-0.5672	-76.4919	16.2156
4	0.8977	0.0003	0.4004	1.4008	0.7547	1.6832	-0.0489	0.1658	-0.1711	-0.0376	0.2526	-0.2713	0.2695	0.304	-0.2037	-0.0666	0.0276	-0.0169	-0.133	-0.0715	-0.1258	16.7384	-52.3407	26.7954
5	4.4789	-1.1215	0.2244	2.4809	0.0707	1.906	-0.0639	-0.6074	0.3344	0.1778	-0.0797	-0.5496	0.0828	-0.0258	0.1436	-0.1683	0.1063	-0.2022	-0.0885	-0.0645	-0.2339	28.6453	-32.8398	81.5748
6	0.86	0.0705	0.2692	1.4587	0.3829	1.5155	-0.102	-0.1838	-0.0944	0.3988	0.1125	0.0348	0.33	-0.0108	-0.0105	-0.01	0.1304	-0.0536	-0.1328	0.0046	-0.1787	4.6424	-38.3171	62.3134
7	1.9341	0.5472	-0.7207	2.5822	-0.766	3.942	-0.0622	0.1616	0.001	-0.61	-0.0344	-0.0158	0.3429	-0.5416	0.0966	-0.1523	-0.0894	-0.1694	-0.0752	0.0823	-0.2595	-30.2164	-28.82	1.2619
8	1.099	0.3318	0.4945	1.3905	0.1028	1.1252	-0.1152	0.0242	0.3311	-0.1182	0.0851	0.3957	-0.1318	-0.2429	0.0302	-0.136	-0.0085	-0.0933	-0.1196	0.0996	-0.0334	-19.2011	-22.9279	29.7639

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|59 - A\|246 }	A	59 - 246
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|247 - A\|545 }	A	247 - 545
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ B\|56 - B\|246 }	B	56 - 246
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|247 - B\|545 }	B	247 - 545
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ C\|52 - C\|246 }	C	52 - 246
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ C\|247 - C\|545 }	C	247 - 545
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ D\|52 - D\|246 }	D	52 - 246
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ D\|247 - D\|545 }	D	247 - 545

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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