PDB-6d0s: RabGAP domain of human TBC1D22B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6d0s

タイトル

RabGAP domain of human TBC1D22B

要素

TBC1 domain family member 22B

キーワード

PROTEIN BINDING / Rab-GAP / GTPase activator / TBC1 / structural genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

14-3-3 protein binding / GTPase activator activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Tong, Y. / Tempel, W. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: RabGAP domain of human TBC1D22B
著者: Tong, Y. / Tempel, W. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Park, H.

履歴

登録	2018年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2018年6月6日	ID: 3DZX
改定 1.0	2018年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6d0s.cif.gz	130.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6d0s.ent.gz	100.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6d0s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6d0s_validation.pdf.gz	433.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6d0s_full_validation.pdf.gz	433.7 KB	表示
XML形式データ	6d0s_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	6d0s_validation.cif.gz	14.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/6d0s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/6d0s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qfzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5b2l-d 6yg1-2 5yib-d 4y6m-3 3caw-2 3rvg-d 4ylr-d 5z1d-d 3zh8-2 4bbe-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TBC1 domain family member 22B

ヘテロ分子

41.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.015, 78.015, 217.699
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	TBC1 domain family member 22B / TBC1D22B 分子量: 41772.457 Da / 分子数: 1 / 断片: RabGAP domain (UNP residues 178-505) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TBC1D22B, C6orf197 / プラスミド: pET28-mhl (GI:134105571) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9NU19
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.27 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.3 詳細: 1.4 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, 0.001 M DTT, 1:100 chymotrypsin

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.96749 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月20日

放射

モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.96749 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→42.38 Å / Num. obs: 18331 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 20.679 % / B_iso Wilson estimate: 60.91 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_rim(I) all: 0.065 / Χ²: 1.085 / Net I/σ(I): 32.7 / Num. measured all: 379060 / Scaling rejects: 2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.3-2.36	21.482	1.192	3.47	27798	1307	1294	0.848	1.22	99
2.36-2.42	21.603	0.923	4.68	27630	1279	1279	0.916	0.945	100
2.42-2.49	21.707	0.838	5.35	27025	1245	1245	0.924	0.858	100
2.49-2.57	21.525	0.66	7.01	26175	1216	1216	0.964	0.675	100
2.57-2.66	21.507	0.543	8.19	25550	1188	1188	0.971	0.556	100
2.66-2.75	21.291	0.427	11.26	24187	1136	1136	0.981	0.438	100
2.75-2.85	21.458	0.318	13.97	23818	1110	1110	0.992	0.326	100
2.85-2.97	21.518	0.23	18.74	23067	1072	1072	0.995	0.235	100
2.97-3.1	21.391	0.166	25.22	22033	1030	1030	0.998	0.17	100
3.1-3.25	21.173	0.116	33.21	21215	1002	1002	0.999	0.119	100
3.25-3.43	21.121	0.09	41.74	19664	931	931	0.999	0.092	100
3.43-3.64	20.275	0.065	54.25	18187	898	897	1	0.066	99.9
3.64-3.89	19.258	0.053	61.7	16600	862	862	1	0.054	100
3.89-4.2	19.601	0.042	71.97	15563	794	794	1	0.043	100
4.2-4.6	19.593	0.038	77.53	14597	745	745	1	0.039	100
4.6-5.14	19.344	0.034	79.69	13038	674	674	1	0.035	100
5.14-5.94	19.143	0.035	77.18	11792	616	616	1	0.036	100
5.94-7.27	18.208	0.033	77.99	9614	528	528	1	0.034	100
7.27-10.29	17.442	0.027	85.54	7622	437	437	1	0.028	100
10.29-42.38	14.127	0.03	76.08	3885	286	275	0.998	0.031	96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDSCONV	0.6.3	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2QFZ

2qfz

解像度: 2.3→42.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / R_factor R_free error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.225 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.227 / SU R_free Blow DPI: 0.193 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.193

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.239	930	5.09 %
R_work	0.197	-	-
obs	0.199	18259	99.9 %

原子変位パラメータ

B_iso max: 155.14 Å² / B_iso mean: 67.89 Å² / B_iso min: 40.07 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.2751 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.2751 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.5502 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.31 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→42.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2252	0	15	0	2267
B_iso mean	-	-	71.47	-	-
残基数	-	-	-	-	286

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	759	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	47	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	338	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	2314	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	295	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	2668	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	2314	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	3145	HARMONIC	2	0.96
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.63
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				17.89

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.44 Å / Total num. of bins used: 9

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2	162	5.66 %
R_work	0.2	2698	-
all	-	2860	-
obs	-	-	99.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4555	0.599	1.6453	3.832	-0.3066	1.7898	0.0414	0.0579	-0.3878	-0.0287	-0.1483	-0.0632	0.0824	-0.1284	0.1069	-0.0128	-0.0057	-0.0128	-0.2275	-0.0342	-0.1485	56.7818	13.3856	-8.1472
2	3.2876	1.7254	0.3762	3.4135	-0.2189	2.4996	-0.1524	0.0594	0.2727	0.028	-0.0357	-0.0254	-0.2625	0.0674	0.1881	-0.0249	-0.0335	-0.13	-0.1535	0.0082	-0.1074	67.3233	36.1229	-3.0119

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|183 - A\|363 }	A	183 - 363
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|364 - A\|500 }	A	364 - 500

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)