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- PDB-6d0l: Structure of human TIRR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d0l
タイトルStructure of human TIRR
要素Tudor-interacting repair regulator protein
キーワードPROTEIN BINDING / RNA binding / NUDT16L1 / 53BP1 / DNA damage response / DNA double-strand break repair
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / snoRNA binding / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tudor-interacting repair regulator protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Cui, G. / Botuyan, M.V. / Mer, G.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA132878 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM116829 米国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-16-1-0391 米国
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Mechanism of 53BP1 activity regulation by RNA-binding TIRR and a designer protein.
著者: Botuyan, M.V. / Cui, G. / Drane, P. / Oliveira, C. / Detappe, A. / Brault, M.E. / Parnandi, N. / Chaubey, S. / Thompson, J.R. / Bragantini, B. / Zhao, D. / Chapman, J.R. / Chowdhury, D. / Mer, G.
履歴
登録2018年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tudor-interacting repair regulator protein
B: Tudor-interacting repair regulator protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0782
ポリマ－46,0782
非ポリマー00
水6,323351
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.890, 46.360, 48.800
Angle α, β, γ (deg.)92.31, 108.07, 105.75
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Tudor-interacting repair regulator protein / NUDT16-like protein 1 / Protein syndesmos


分子量: 23038.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT16L1, SDOS, TIRR / プラスミド: pBB75 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BRJ7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.03 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.06 M citric acid, 0.04 M Bis-Tris-Propane, pH 4.1, 16% PEG 3,350; Cryoprotection in 25% PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→38 Å / Num. obs: 22070 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 15.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0837 / Rrim(I) all: 0.09815 / Net I/σ(I): 15.12
反射 シェル解像度: 1.97→2.041 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.3381 / Mean I/σ(I) obs: 5.15 / Num. unique obs: 1980 / Rrim(I) all: 0.3956 / % possible all: 84.07

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KVH

3kvh


解像度: 1.97→38 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2091 1104 5.01 %
Rwork0.1742 --
obs0.176 22048 93.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3048 0 0 351 3399
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063257
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.714431
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3521217
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044505
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005566
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9702-2.05990.2641270.21272409X-RAY DIFFRACTION86
2.0599-2.16850.27141340.20992530X-RAY DIFFRACTION92
2.1685-2.30430.27451370.20152604X-RAY DIFFRACTION92
2.3043-2.48220.22281390.18322633X-RAY DIFFRACTION95
2.4822-2.7320.23151400.18142673X-RAY DIFFRACTION95
2.732-3.12710.20011410.17262674X-RAY DIFFRACTION96
3.1271-3.93920.18011410.14922679X-RAY DIFFRACTION96
3.9392-380.1671450.15752742X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5243-0.5570.5243.15961.23021.8259-0.0331-0.137-0.09170.29710.2547-0.43460.24240.1169-0.25290.28630.036-0.09160.3735-0.12080.244918.204-14.972346.1584
21.7641-0.41640.1731.12860.55340.87580.0094-0.04910.058-0.03180.0226-0.0473-0.01040.0549-0.01130.0402-0.01880.01910.1086-0.01520.10656.9159-15.567129.7571
35.60630.28441.44254.3752-0.1924.33630.0356-0.4115-0.48860.1957-0.1259-0.41280.520.37530.00930.18680.03110.07970.27-0.00410.18213.4956-17.153241.5303
41.0235-0.1809-0.15581.68710.37930.7858-0.0152-0.0317-0.02270.06670.01050.09650.077-0.00950.00740.0536-0.02040.01130.0944-0.01430.0680.3096-24.841331.7452
51.22490.0925-1.4080.59330.39612.0682-0.40950.1638-0.2765-0.59460.01360.1742-0.0533-0.07110.06890.4768-0.0503-0.00470.6326-0.40470.6411-12.9197-48.71656.4609
62.6723-0.28630.83622.25680.26852.43250.11070.02950.00110.0631-0.128-0.22630.03950.199-0.00460.1267-0.0014-0.00320.1675-0.0190.07928.9284-32.532811.711
70.6735-0.1106-0.03850.53710.01710.50810.26310.4207-0.2262-0.2303-0.13590.31370.2239-0.3750.0413-0.291-0.0480.02440.3442-0.06840.1789-6.709-32.809313.5095
83.87690.81122.05764.86630.1712.8482-0.07850.496-0.25190.0554-0.09070.3578-0.1363-0.54750.16950.1379-0.0579-0.02190.3955-0.12950.2894-8.4049-36.54186.1407
91.2939-0.09940.40371.37820.26571.8574-0.03810.1568-0.0667-0.0784-0.05690.064-0.0768-0.10630.04340.0785-0.02310.01360.1188-0.03520.09124.1562-33.021414.6941
105.243-0.1862-0.49234.8160.46957.10910.0633-0.6104-0.09340.54720.1405-0.12440.08370.4442-0.11440.125-0.02240.00160.12980.01660.18689.8994-43.266930.1274
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 24 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 92 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 93 through 107 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 108 through 210 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 9 through 24 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 25 through 46 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 47 through 73 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 74 through 107 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 108 through 184 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 185 through 208 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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