PDB-6cyz: Mycobacterial homoserine kinase ThrB in complex with AMPPNP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cyz

タイトル

Mycobacterial homoserine kinase ThrB in complex with AMPPNP

要素

Homoserine kinase

キーワード

TRANSFERASE / Threonine biosynthesis / ATP-binding / Mycobacterium abscessus / Rv1296

機能・相同性

機能・相同性情報

homoserine kinase / homoserine kinase activity / threonine biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Li, J. / Korotkov, K.V.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mycobacterial homoserine kinase ThrB
著者: Li, J. / Korotkov, K.V.

履歴

登録	2018年4月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cyz.cif.gz	319.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cyz.ent.gz	262.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cyz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6cyz_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cyz_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6cyz_validation.xml.gz	23.9 KB	表示
CIF形式データ	6cyz_validation.cif.gz	34.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/6cyz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/6cyz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5watS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3mky-d 5wat-3 3mkw-d 2qn6-d 7b01-d 1783 4qaw-3 6ec3-1 4qns-5 6ec3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Homoserine kinase

B: Homoserine kinase

ヘテロ分子

63.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.350, 62.700, 84.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.400, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 2 through 306 or resid 401))
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain A and (resid 2 through 306 or resid 401))	A	0
2	1	1	chain B	B	2 - 306

#1: タンパク質	Homoserine kinase / HSK / ThrB 分子量: 31068.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (strain ATCC 19977 / DSM 44196 / CIP 104536 / JCM 13569 / NCTC 13031 / TMC 1543) (バクテリア) 株: ATCC 19977 / DSM 44196 / CIP 104536 / JCM 13569 / NCTC 13031 / TMC 1543 遺伝子: thrB, MAB_1437 / プラスミド: pRSF-28T / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: B1MLU6, homoserine kinase
#2: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.14 % / 解説: rectangular prism
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.6 M sodium chloride, 0.1 M MES, pH 6.5, 20% PEG4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月5日
詳細: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror

放射

モノクロメーター: double crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.04→81.971 Å / Num. obs: 36994 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.707 % / B_iso Wilson estimate: 29.13 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.14 / R_rim(I) all: 0.164 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 137127 / Scaling rejects: 23

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.04-2.09	3.206	1.13	1.08	2617	0.409	1.355	95.8
2.09-2.15	3.712	0.978	1.47	2670	0.463	1.147	99.6
2.15-2.21	3.712	0.81	1.85	2570	0.597	0.95	99.5
2.21-2.28	3.69	0.724	2.23	2518	0.701	0.851	99.3
2.28-2.36	3.699	0.582	2.83	2416	0.75	0.683	99.1
2.36-2.44	3.765	0.497	3.39	2370	0.838	0.581	99.8
2.44-2.53	3.749	0.423	3.93	2265	0.893	0.494	99.5
2.53-2.63	3.777	0.367	4.49	2202	0.916	0.428	99.9
2.63-2.75	3.785	0.285	6.03	2124	0.943	0.333	99.7
2.75-2.89	3.783	0.218	7.71	1991	0.971	0.254	99.8
2.89-3.04	3.802	0.171	9.42	1943	0.976	0.2	99.7
3.04-3.23	3.808	0.119	12.49	1812	0.988	0.138	99.7
3.23-3.45	3.765	0.089	16.25	1695	0.993	0.104	98.9
3.45-3.72	3.759	0.071	19.51	1591	0.994	0.083	99.8
3.72-4.08	3.761	0.056	23.2	1471	0.996	0.065	98.9
4.08-4.56	3.782	0.041	28.68	1321	0.998	0.048	99.8
4.56-5.27	3.748	0.044	28.78	1187	0.997	0.051	99.6
5.27-6.45	3.724	0.047	25.22	1010	0.997	0.056	99.6
6.45-9.12	3.646	0.031	31.59	777	0.999	0.037	99.6
9.12-81.971	3.45	0.025	37.7	444	0.999	0.029	98.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.95 Å	41.58 Å
Translation	3.95 Å	41.58 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	VERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180319	データ削減
XSCALE	VERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180319	データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定
PHENIX	1.13rc2_2975	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5WAT

5wat

解像度: 2.04→81.971 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.91 / 位相誤差: 26.88

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2348	3428	4.98 %	RANDOM SELECTION
R_work	0.197	-	-	-
obs	0.1989	36986	94.62 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 176.4 Å² / B_iso mean: 38.8277 Å² / B_iso min: 15.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.04→81.971 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4188	0	96	236	4520
B_iso mean	-	-	97.97	34.65	-
残基数	-	-	-	-	590

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	0.034	4314
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.78	6.498	5912
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	0.049	0.149	740
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.004	0.037	790
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	13.485	179.918	2604

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2646	X-RAY DIFFRACTION	7.854	TORSIONAL
1	2	B	2646	X-RAY DIFFRACTION	7.854	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0399-2.0691	0.4424	119	0.3829	2202	2321	76
2.0691-2.1	0.3681	147	0.3359	2640	2787	93
2.1-2.1328	0.3076	146	0.3299	2712	2858	94
2.1328-2.1678	0.3322	141	0.3136	2681	2822	94
2.1678-2.2051	0.3361	146	0.2978	2723	2869	94
2.2051-2.2452	0.3273	143	0.2851	2698	2841	94
2.2452-2.2884	0.3542	143	0.2931	2693	2836	92
2.2884-2.3351	0.2763	145	0.2673	2625	2770	93
2.3351-2.3859	0.3284	138	0.2489	2736	2874	96
2.3859-2.4414	0.2998	132	0.2384	2800	2932	96
2.4414-2.5025	0.3037	140	0.2399	2766	2906	95
2.5025-2.5701	0.3151	140	0.2259	2737	2877	95
2.5701-2.6458	0.2227	140	0.2223	2790	2930	96
2.6458-2.7312	0.2234	141	0.2111	2796	2937	96
2.7312-2.8288	0.2655	146	0.2028	2728	2874	96
2.8288-2.9421	0.2676	139	0.207	2801	2940	97
2.9421-3.076	0.2118	150	0.2016	2766	2916	97
3.076-3.2381	0.258	158	0.1774	2782	2940	97
3.2381-3.441	0.1976	122	0.1741	2815	2937	96
3.441-3.7067	0.2521	139	0.163	2753	2892	96
3.7067-4.0797	0.1857	126	0.1471	2821	2947	96
4.0797-4.67	0.1548	163	0.1192	2766	2929	98
4.67-5.8835	0.1552	158	0.1438	2799	2957	97
5.8835-82.0374	0.1838	166	0.1726	2766	2932	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.907	-0.2491	-0.1797	1.0956	-0.576	2.2613	0.0161	0.1417	-0.0206	-0.2234	-0.025	-0.0188	-0.1956	-0.0267	-0.0298	0.3353	-0.023	-0.0054	0.2277	-0.019	0.2409	16.5007	12.4313	9.7729
2	1.2932	-0.2345	0.0558	0.8876	0.1325	1.6649	0.0374	0.1427	0.0598	-0.2579	-0.0221	0.0469	-0.1383	-0.1785	-0.009	0.353	-0.0138	-0.0016	0.2947	-0.0145	0.2382	16.787	8.7169	-0.3492
3	1.0614	0.2971	-0.1557	0.9967	-0.4772	2.3489	-0.0106	0.003	-0.0887	0.0296	0.0478	0.0204	-0.1473	-0.2147	-0.0496	0.2659	0.0395	-0.0132	0.2565	-0.0179	0.2562	8.876	10.2023	13.9379
4	1.4124	0.6763	-0.4149	1.8974	0.1072	1.4847	-0.0974	-0.0669	0.0582	-0.3085	0.0306	0.011	-0.0754	0.1787	0.0722	0.2251	0.0583	-0.0118	0.1991	0.0188	0.2313	23.6352	0.5599	23.5488
5	0.7658	-0.2279	-0.0951	0.6922	0.0118	1.5029	-0.0458	-0.1205	-0.0172	0.0119	0.0547	-0.1136	0.024	0.2386	-0.0089	0.1927	0.018	0.0068	0.2374	-0.0175	0.2383	27.7681	1.5923	27.4688
6	0.843	0.5847	0.253	0.7379	0.3084	2.9972	0.0798	0.0235	0.0464	0.0991	-0.0897	0.02	-0.2144	-0.0609	0.0027	0.254	0.0372	0.0083	0.1775	0.0148	0.2456	10.7401	5.4388	59.9312
7	3.1194	-1.1998	0.5754	1.7924	-1.0098	1.8266	0.1983	-0.3021	-0.2483	0.2279	-0.1137	0.1188	0.2308	-0.194	-0.0926	0.3219	-0.0394	0.0036	0.2406	0.0712	0.3174	6.6134	-3.1107	72.4965
8	1.0328	-0.1283	-0.0321	0.4222	0.0798	1.6242	0.083	0.0261	-0.0465	0.0558	-0.0028	-0.0288	0.0383	0.0797	-0.0924	0.2508	0.0254	0.0029	0.1825	0.0019	0.2441	15.5428	1.9836	58.8163
9	1.3556	0.2199	-0.7233	1.2861	0.0575	1.7474	0.0389	0.0585	0.0186	0.0653	0.0371	0.0655	-0.0763	-0.4225	-0.0652	0.2246	0.0445	-0.0323	0.3323	0.0217	0.2479	1.0665	0.1989	37.6475
10	1.0705	1.0841	0.0651	1.2958	0.1588	0.4767	0.1801	-0.103	0.234	-0.022	-0.1204	0.2889	-0.2244	-0.9034	0.0066	0.262	0.1669	0.0539	0.5854	0.0248	0.3614	-5.8378	7.0021	47.0289

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 43 )	A	2 - 43
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 44 through 101 )	A	44 - 101
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 102 through 172 )	A	102 - 172
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 173 through 203 )	A	173 - 203
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 204 through 306 )	A	204 - 306
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 2 through 43 )	B	2 - 43
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 44 through 66 )	B	44 - 66
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 67 through 172 )	B	67 - 172
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 173 through 257 )	B	173 - 257
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 258 through 306 )	B	258 - 306

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)