PDB-6cyn: CTX-M-14 N106S/D240G mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cyn

タイトル

CTX-M-14 N106S/D240G mutant

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Beta-lactamase CTX-M-14

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Patel, M.P. / Hu, L. / Sankaran, B. / Brown, C. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Synergistic effects of functionally distinct substitutions in beta-lactamase variants shed light on the evolution of bacterial drug resistance.
著者: Patel, M.P. / Hu, L. / Brown, C.A. / Sun, Z. / Adamski, C.J. / Stojanoski, V. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.

履歴

登録	2018年4月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月17日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / entity Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity.formula_weight
改定 1.2	2018年11月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2021年6月30日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cyn.cif.gz	830.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cyn.ent.gz	693.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cyn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6cyn_validation.pdf.gz	447.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cyn_full_validation.pdf.gz	451.8 KB	表示
XML形式データ	6cyn_validation.xml.gz	103.5 KB	表示
CIF形式データ	6cyn_validation.cif.gz	161.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/6cyn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/6cyn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6cykC 6cyqC 6cyuC 1yltS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4qb8-d 3g30-d 5kmt-2 6cyq-7 6b5x-4 6md8-1 5emw-3 3g2z-2 6cyq-2 4n4t-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

C: Beta-lactamase

D: Beta-lactamase

E: Beta-lactamase

F: Beta-lactamase

G: Beta-lactamase

H: Beta-lactamase

223 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Beta-lactamase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
27.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-lactamase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Beta-lactamase

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27.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Beta-lactamase

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5

E: Beta-lactamase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.9 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Beta-lactamase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.9 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Beta-lactamase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.9 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Beta-lactamase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.238, 83.238, 231.982
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 27915.482 Da / 分子数: 8 / 変異: N106S, D240G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: blaCTX-M-14, beta-lactamase CTX-M-14, bla-CTX-M-14a, blaCTX-M-14a, blaCTX-M-14b, blaCTX-M-14c, blaCTX-M-27b, blatoho-3, blaUOE-2, CTX-M-14, AM333_26030, APT94_14605, BET08_34355, BJJ90_ ...遺伝子: blaCTX-M-14, beta-lactamase CTX-M-14, bla-CTX-M-14a, blaCTX-M-14a, blaCTX-M-14b, blaCTX-M-14c, blaCTX-M-27b, blatoho-3, blaUOE-2, CTX-M-14, AM333_26030, APT94_14605, BET08_34355, BJJ90_27545, BK334_27290, BMR21_24310, BMR35_25520, BMR49_25760, BXT93_06855, CA268_29135, CDL37_21060, CR538_26855, ETN48_p0088, pCT_085, pHK01_011 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9L5C7, UniProt: Q9L5C8*PLUS, beta-lactamase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Beta-lactamase

分子量: 27915.482 Da / 分子数: 8 / 変異: N106S, D240G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: blaCTX-M-14, beta-lactamase CTX-M-14, bla-CTX-M-14a, blaCTX-M-14a, blaCTX-M-14b, blaCTX-M-14c, blaCTX-M-27b, blatoho-3, blaUOE-2, CTX-M-14, AM333_26030, APT94_14605, BET08_34355, BJJ90_ ...
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9L5C7, UniProt: Q9L5C8*PLUS, beta-lactamase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 3405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.8 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 25% PEG 1500 (w/v), 0.1 M PCB buffer, pH 6.0

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.999989 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999989 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 235349 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / R_merge(I) obs: 0.662

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(DEV_3071: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YLT

1ylt

解像度: 1.6→34.42 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 24.21

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.204	11682	4.96 %
R_work	0.168	-	-
obs	0.169	235349	99.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→34.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15500	0	0	3405	18905

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	15882
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.81	21644
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.784	9674
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	2575
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2851

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6008-1.619	0.2805	371	0.1977	7318	X-RAY DIFFRACTION	99
1.619-1.6381	0.2549	364	0.1899	7487	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6381-1.6581	0.2173	420	0.1891	7551	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6581-1.679	0.2383	404	0.194	7412	X-RAY DIFFRACTION	100
1.679-1.7011	0.2376	392	0.1947	7501	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7011-1.7244	0.2255	378	0.1829	7461	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7244-1.7491	0.2226	400	0.1813	7497	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7491-1.7752	0.2155	430	0.1862	7498	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7752-1.8029	0.2212	386	0.1782	7473	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8029-1.8325	0.2031	386	0.1776	7472	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8325-1.8641	0.1914	387	0.1743	7444	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8641-1.898	0.2171	426	0.1734	7520	X-RAY DIFFRACTION	100
1.898-1.9345	0.2161	472	0.1812	7389	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9345-1.974	0.2182	407	0.1763	7456	X-RAY DIFFRACTION	100
1.974-2.0169	0.1915	324	0.158	7558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0169-2.0638	0.1961	395	0.1511	7454	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0638-2.1154	0.1732	421	0.1571	7479	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1154-2.1726	0.1869	346	0.1537	7457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1726-2.2365	0.2012	336	0.1589	7552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2365-2.3087	0.2082	351	0.16	7541	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3087-2.3912	0.2146	453	0.165	7437	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3912-2.4869	0.1882	460	0.1606	7376	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4869-2.6	0.201	418	0.1589	7504	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6-2.737	0.1809	363	0.1616	7420	X-RAY DIFFRACTION	100
2.737-2.9084	0.2121	348	0.1705	7518	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9084-3.1329	0.182	385	0.1645	7461	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1329-3.4479	0.1889	356	0.1564	7511	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4479-3.9462	0.1795	415	0.1494	7423	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9462-4.9694	0.2091	371	0.1568	7377	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9694-34.4276	0.249	317	0.2119	7120	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5081	0.3503	1.2808	1.1118	0.0001	1.7148	0.072	-0.3026	0.2578	0.3258	-0.024	0.0656	-0.7223	-0.1571	-0.046	0.3106	0.0064	0.0671	0.2066	-0.0341	0.1198	24.8007	28.9072	-7.5164
2	1.8204	0.8835	0.436	1.0034	0.6323	1.1801	-0.0164	-0.0499	0.1348	-0.0519	-0.0141	0.0933	-0.2839	-0.2418	0.0163	0.1229	0.0368	0.0164	0.1285	0.0178	0.0967	15.9792	22.8876	-22.3135
3	8.2684	-4.3758	2.4674	5.3197	-1.8062	2.0536	0.306	0.4724	-0.3568	-0.3974	-0.1801	0.4182	0.3242	-0.2897	-0.1421	0.2026	-0.0849	-0.0195	0.2425	0.0136	0.1057	8.5271	1.9889	-33.6658
4	1.2752	0.4116	0.3771	0.6867	0.3973	1.9061	0.0408	-0.1404	0.0241	0.0459	-0.0287	0.0484	-0.0297	-0.3037	-0.0221	0.0555	0.008	0.016	0.1391	0.0129	0.0854	15.0706	14.1905	-22.249
5	3.6685	-0.9461	0.3668	2.2951	-0.3995	0.1252	-0.0173	-0.0831	0.253	0.2639	-0.0707	0.2682	-0.1124	-0.45	0.0865	0.1745	0.0479	0.0409	0.3347	-0.056	0.1385	13.1418	24.7743	-11.0828
6	6.9211	-1.8573	-3.5389	3.7356	1.6826	5.2407	-0.0436	-0.7245	-0.2079	0.2291	0.0672	0.0356	-0.1897	0.0326	-0.0294	0.1144	-0.0129	-0.0257	0.2248	0.0113	0.0573	25.9595	18.195	-7.0247
7	4.3824	-0.4781	1.3579	1.0029	-0.5051	2.0944	0.0187	-0.2018	0.2867	0.1761	-0.02	0.0293	-0.3828	-0.0816	0.0118	0.1239	0.0016	0.0287	0.098	-0.0138	0.088	4.1633	64.9776	-7.2691
8	1.5113	0.8073	0.6603	0.7662	0.4544	1.4411	-0.0323	0.0002	0.0425	-0.0309	0.0283	0.0336	-0.124	-0.1366	-0.0081	0.0686	0.0163	0.0098	0.087	0.0193	0.0816	-4.7718	58.8988	-22.2934
9	6.2977	-4.4677	3.2447	6.6768	-2.5166	2.7649	0.2775	0.5176	-0.4236	-0.4192	-0.159	0.5379	0.3532	-0.276	-0.1407	0.1558	-0.0736	-0.0182	0.2133	0.0153	0.1288	-12.6427	38.1516	-33.715
10	0.6314	0.217	0.1121	0.3525	0.081	1.1861	0.0348	-0.0238	-0.0059	0.0298	0.0026	0.03	0.0353	-0.1703	-0.0405	0.0454	-0.0011	0.0066	0.0951	0.0121	0.0841	-5.5244	50.1292	-22.222
11	1.9678	0.375	0.4834	1.6509	-0.2499	0.2512	-0.1143	-0.1029	0.039	0.2442	0.0482	0.2532	-0.0728	-0.3185	0.0615	0.1146	0.0464	0.0326	0.2328	-0.0143	0.1064	-7.3218	60.5977	-11.2515
12	6.9176	-1.9652	-2.9566	2.3337	0.9814	4.7288	-0.1178	-0.6623	-0.1695	0.1995	0.1221	0.0077	0.1103	0.1233	-0.0076	0.0568	-0.0223	-0.0254	0.1305	0.0044	0.0745	4.5884	54.3802	-6.7574
13	1.479	0.6064	0.6749	0.7039	0.4288	2.313	0.0286	-0.0373	0.1416	-0.0041	-0.0142	0.0508	-0.4286	-0.0377	-0.021	0.15	0.0127	0.0472	0.0788	0.0034	0.1031	39.932	61.0355	-16.4437
14	4.8141	-3.1639	2.4485	4.9242	-1.9549	2.6913	0.2872	0.4807	-0.1403	-0.5252	-0.1817	0.2094	0.3605	-0.328	-0.1005	0.1716	-0.0421	0.0178	0.2143	0.0049	0.0903	29.4968	37.888	-34.1
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精密化 TLSグループ

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10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 102 THROUGH 251 )
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12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 267 THROUGH 289 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'C' AND (RESID 26 THROUGH 86 )
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15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'C' AND (RESID 102 THROUGH 155 )
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22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN 'D' AND (RESID 130 THROUGH 251 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN 'D' AND (RESID 252 THROUGH 266 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN 'D' AND (RESID 267 THROUGH 289 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN 'E' AND (RESID 26 THROUGH 50 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN 'E' AND (RESID 51 THROUGH 86 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN 'E' AND (RESID 87 THROUGH 101 )
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29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN 'E' AND (RESID 213 THROUGH 251 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN 'E' AND (RESID 252 THROUGH 266 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	CHAIN 'E' AND (RESID 267 THROUGH 289 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	CHAIN 'F' AND (RESID 26 THROUGH 50 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	CHAIN 'F' AND (RESID 51 THROUGH 86 )
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45	X-RAY DIFFRACTION	45	CHAIN 'H' AND (RESID 87 THROUGH 129 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	CHAIN 'H' AND (RESID 130 THROUGH 266 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	CHAIN 'H' AND (RESID 267 THROUGH 288 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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