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万見
- PDB-6cy2: RNA octamer containing 2'-OMe, 4'Calpha-OMe U. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cy2
タイトルRNA octamer containing 2'-OMe, 4'Calpha-OMe U.
要素RNA (5'-R(*(CBV)P*GP*AP*AP*(UOA)P*UP*CP*G)-3')
キーワードRNA / oligonucleotide / modified base
機能・相同性RNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Harp, J.M. / Egli, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for the synergy of 4'- and 2'-modifications on siRNA nuclease resistance, thermal stability and RNAi activity.
著者: Harp, J.M. / Guenther, D.C. / Bisbe, A. / Perkins, L. / Matsuda, S. / Bommineni, G.R. / Zlatev, I. / Foster, D.J. / Taneja, N. / Charisse, K. / Maier, M.A. / Rajeev, K.G. / Manoharan, M. / Egli, M.
履歴
登録2018年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年10月3日Group: Atomic model / Data collection / Database references / カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop / citation
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*(CBV)P*GP*AP*AP*(UOA)P*UP*CP*G)-3')
B: RNA (5'-R(*(CBV)P*GP*AP*AP*(UOA)P*UP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2992
ポリマ－5,2992
非ポリマー00
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area3060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.500, 31.500, 85.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*(CBV)P*GP*AP*AP*(UOA)P*UP*CP*G)-3')


分子量: 2649.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1 mM RNA; 40 mM sodium cacodylate, 80 mM potassium chloride, 20 mM magnesium chloride, 12 mM spermine. Reservoir 40% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→21.4 Å / Num. obs: 16014 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / CC1/2: 0.529 / Rpim(I) all: 0.684

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2992精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.4→21.4 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.94 / 位相誤差: 25.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2051 726 4.53 %
Rwork0.184 --
obs0.185 16009 98.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 53.32 Å2 / Biso mean: 27.5932 Å2 / Biso min: 17.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→21.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 342 0 61 403
Biso mean---37.53 -
残基数----16
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4-1.50810.30351500.24963022317298
1.5081-1.65980.2391120.18213089320198
1.6598-1.89990.18911690.1493022319199
1.8999-2.39310.23041430.199130903233100
2.3931-21.40250.19051520.18043060321299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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