+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6cxz | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | RNA octamer containing 2'-F, 4'-Calpha-Me U. | ||||||||||||||||||||
![]() | RNA (5'-R(*![]() RNA / oligonucleotide / modified base | Function / homology | CACODYLATE ION / COBALT HEXAMMINE(III) / RNA | ![]() Biological species | synthetic construct (others) | Method | ![]() ![]() ![]() ![]() Harp, J.M. / Egli, M. | ![]() ![]() Title: Structural basis for the synergy of 4'- and 2'-modifications on siRNA nuclease resistance, thermal stability and RNAi activity. Authors: Harp, J.M. / Guenther, D.C. / Bisbe, A. / Perkins, L. / Matsuda, S. / Bommineni, G.R. / Zlatev, I. / Foster, D.J. / Taneja, N. / Charisse, K. / Maier, M.A. / Rajeev, K.G. / Manoharan, M. / Egli, M. History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 36.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 24.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 412.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 413.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 4.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6cy0C ![]() 6cy2C ![]() 6cy4C ![]() 5vr4S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
Components
#1: RNA chain | Mass: 2542.579 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #2: Chemical | ChemComp-CAC / | #3: Chemical | ChemComp-NCO / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.87 Å3/Da / Density % sol: 34.14 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 1.0 mM RNA, 40 mM Na cacodylate, 20 mM magnesium chloride, 20 mM cobalt(3+) hexamine chloride, 40% MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Jun 29, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→25 Å / Num. obs: 6684 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 21.6 % / Biso Wilson estimate: 14.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.104 / Χ2: 1.048 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 145275 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5VR4 Resolution: 1.5→24.439 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.27 / Phase error: 22.67
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 77.05 Å2 / Biso mean: 21.2079 Å2 / Biso min: 12.67 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.5→24.439 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4
|