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- PDB-6cxl: anti-HIV-1 Fab 2G12 in complex with glycopeptide 10F5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cxl
タイトルanti-HIV-1 Fab 2G12 in complex with glycopeptide 10F5
要素
  • anti-HIV-1 Fab 2G12 heavy chain
  • anti-HIV-1 Fab 2G12 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / glycopeptide / HIV-1 / glycobiology
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.586 Å
データ登録者Stanfield, R.L. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: ACS Cent Sci / 年: 2019
タイトル: Oligomannose Glycopeptide Conjugates Elicit Antibodies Targeting the Glycan Core Rather than Its Extremities.
著者: Nguyen, D.N. / Xu, B. / Stanfield, R.L. / Bailey, J.K. / Horiya, S. / Temme, J.S. / Leon, D.R. / LaBranche, C.C. / Montefiori, D.C. / Costello, C.E. / Wilson, I.A. / Krauss, I.J.
履歴
登録2018年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: anti-HIV-1 Fab 2G12 light chain
H: anti-HIV-1 Fab 2G12 heavy chain
K: anti-HIV-1 Fab 2G12 light chain
M: anti-HIV-1 Fab 2G12 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,0506
ポリマ－94,0954
非ポリマー2,9552
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14130 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area38530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.641, 146.308, 148.213
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: 抗体 anti-HIV-1 Fab 2G12 light chain


分子量: 23201.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 anti-HIV-1 Fab 2G12 heavy chain


分子量: 23845.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1477.282 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,9,8/[a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-2-2-2-2-2-2-2/a3-b1_a6-e1_b2-c1_c2-d1_e3-f1_e6-h1_f2-g1_h2-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
配列の詳細Crystals for 6CXG were grown from a complex of Fab 2G12 and glycopeptide 10F5 ((XXX)SPHLPVLLSK(XXX) ...Crystals for 6CXG were grown from a complex of Fab 2G12 and glycopeptide 10F5 ((XXX)SPHLPVLLSK(XXX)VLNDGRRIVQ(XXX)SSELP(XXX)VRRSGSGSG(BUC)A) where XXX are homopropargylglycine residues covalently linked to Man9 glycans via a cyclohexyl group. authors only see electron density for only the carbohydrate portion of the glycopeptide.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.98 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2M lithium sulfate, 17.5% Peg400, 0.1M tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.586→46.808 Å / Num. obs: 17760 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 81.6 Å2 / CC1/2: 0.92 / Rmerge(I) obs: 0.296 / Rpim(I) all: 0.142 / Rrim(I) all: 0.316 / Rsym value: 0.296 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 3.586→3.68 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1170 / CC1/2: 0.72 / Rpim(I) all: 0.48 / Rrim(I) all: 1 / Rsym value: 1 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.586→46.808 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2483 927 5.23 %
Rwork0.2186 --
obs0.2201 17716 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.586→46.808 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6548 0 198 0 6746
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056952
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0639494
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6594216
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551132
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071167
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5863-3.77530.37911320.33382274X-RAY DIFFRACTION95
3.7753-4.01170.33641350.29012365X-RAY DIFFRACTION99
4.0117-4.32120.25721390.22462373X-RAY DIFFRACTION100
4.3212-4.75570.23471290.19972385X-RAY DIFFRACTION99
4.7557-5.4430.18741260.18232423X-RAY DIFFRACTION100
5.443-6.85410.22991270.21072429X-RAY DIFFRACTION100
6.8541-46.81170.2131390.18622540X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.5056 Å / Origin y: 38.4494 Å / Origin z: 0.3556 Å
111213212223313233
T0.693 Å2-0.0347 Å20.0312 Å2-0.6508 Å20.0305 Å2--0.6743 Å2
L0.4747 °20.3156 °20.2073 °2-0.4481 °20.073 °2--1.0401 °2
S-0.0773 Å °0.0255 Å °-0.0514 Å °0.0348 Å °0.1219 Å °-0.0529 Å °-0.181 Å °0.1362 Å °-0.0315 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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