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- PDB-6cva: Crystal structure of the N. meningitides methionine-binding prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cva
タイトルCrystal structure of the N. meningitides methionine-binding protein in its substrate-free conformation
要素Lipoprotein
キーワードPROTEIN BINDING / substrate-binding protein
機能・相同性Lipoprotein NlpA family / NlpA lipoprotein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / membrane / Alpha Beta / Lipoprotein
機能・相同性情報
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.559 Å
データ登録者Nguyen, P.T. / Lai, J.Y. / Kaiser, J.T. / Rees, D.C.
資金援助 米国, Viet Nam, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Vietnam International Education DevelopmentViet Nam
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2019
タイトル: Structures of the Neisseria meningitides methionine-binding protein MetQ in substrate-free form and bound to l- and d-methionine isomers.
著者: Nguyen, P.T. / Lai, J.Y. / Kaiser, J.T. / Rees, D.C.
履歴
登録2018年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9861
ポリマ－26,9861
非ポリマー00
水4,468248
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.564, 89.663, 45.088
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-461-

HOH

21A-526-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Lipoprotein


分子量: 26985.926 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 44-284 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
遺伝子: gna1946, A6J54_04155, A6L27_04980, CWI43_07600, CWI45_01195, CWI46_00955, CWI48_04325, CWI52_00775, CWI53_02070, CWI56_11320, CWI58_01890, CWI60_00490, ERS514410_01419, ERS514851_01229
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9JPG4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Bis-Tris pH5.5, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.19→34.223 Å / Num. obs: 128188 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 3.321 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rrim(I) all: 0.132 / Χ2: 1.069 / Net I/σ(I): 4.23 / Num. measured all: 425726 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible allCC1/2
1.19-1.222.554.8840.1517964991670456.15371
1.22-1.253.3543.9330.2431625963694294.6997.9
1.25-1.293.3853.1230.3131281940492413.71698.3
1.29-1.333.3242.5480.3929547906088883.04498.10.119
1.33-1.373.1991.9560.527387881585602.35897.10.185
1.37-1.423.4841.4730.7429359856584271.74298.40.33
1.42-1.483.4421.0841.0527786821780721.28698.20.471
1.48-1.543.3670.7951.4726125794377580.94797.70.62
1.54-1.613.1880.5772.0423420762473460.69696.40.749
1.61-1.683.4480.4442.8824592726871320.52798.10.867
1.68-1.773.4060.3213.9923081693467760.38297.70.922
1.77-1.883.3440.235.4421272657463620.27596.80.953
1.88-2.013.1520.1697.4518352613858230.20494.90.966
2.01-2.173.5320.14610.120024576256690.17398.40.978
2.17-2.383.5270.12511.618399528852170.14898.70.98
2.38-2.663.4230.10212.7416088478947000.12298.10.984
2.66-3.073.2660.08114.0213224422040490.09795.90.988
3.07-3.763.4770.06816.1112211357935120.08198.10.992
3.76-5.323.2920.0616.778790278326700.07195.90.991
5.32-34.2233.4380.05917.155199154915120.06997.60.994

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
Aimless0.5.31データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.559→34.223 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.77 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2201 2000 6.5 %
Rwork0.1881 28757 -
obs0.1902 30757 98.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 100.03 Å2 / Biso mean: 27.6846 Å2 / Biso min: 7.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.559→34.223 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1895 0 0 248 2143
Biso mean---32.69 -
残基数----241
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031937
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6812627
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047290
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005341
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3041163
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5587-1.59760.32291220.26191752187486
1.5976-1.64080.26321400.24272012215298
1.6408-1.68910.25481420.22642035217799
1.6891-1.74360.25961410.211320322173100
1.7436-1.8060.2251410.210620372178100
1.806-1.87830.27871450.214220752220100
1.8783-1.96370.27711420.206120472189100
1.9637-2.06730.20891420.19120472189100
2.0673-2.19680.2151450.181220772222100
2.1968-2.36630.2131450.17920842229100
2.3663-2.60440.2391440.181820792223100
2.6044-2.98110.20171470.181721142261100
2.9811-3.75510.20421490.172621322281100
3.7551-34.23090.19671550.178722342389100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.84840.1271-0.04050.5535-0.11310.50840.034-0.01010.3225-0.01780.00270.0127-0.06590.07590.04990.1188-0.0090.00350.10580.01140.187336.634531.46642.7999
21.10060.3859-0.21070.69860.18640.4150.0717-0.1867-0.0440.1167-0.0329-0.03340.12430.01440.00160.1120.0032-0.00950.11070.01280.082634.301418.922247.2766
31.19330.28120.0291.1139-0.79581.4144-0.04760.3156-0.2813-0.2374-0.0104-0.06930.19730.1429-0.28860.17790.0072-0.01130.1829-0.05250.149239.90884.282527.0576
40.98710.51-0.5580.94080.29760.82270.01050.19760.2833-0.1103-0.00890.1996-0.0783-0.2473-0.30230.10150.0076-0.0120.14810.03880.125827.043926.49437.1409
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 44 through 89 )A44 - 89
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 90 through 126 )A90 - 126
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 127 through 238 )A127 - 238
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 239 through 284 )A239 - 284

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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