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- PDB-6cv6: Crystal structure of 3-dehydroquinate dehydratase, type II, from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cv6
タイトルCrystal structure of 3-dehydroquinate dehydratase, type II, from Burkholderia phymatum STM815
要素3-dehydroquinate dehydratase
キーワードLYASE / SSGCID / chorismate biosynthesis / 3-dehydroshikimate / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


quinate catabolic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II superfamily / Dehydroquinase class II / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D(-)-TARTARIC ACID / L(+)-TARTARIC ACID / 3-dehydroquinate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Paraburkholderia phymatum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of 3-dehydroquinate dehydratase, type II, from Burkholderia phymatum STM815
著者: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-dehydroquinate dehydratase
B: 3-dehydroquinate dehydratase
C: 3-dehydroquinate dehydratase
D: 3-dehydroquinate dehydratase
E: 3-dehydroquinate dehydratase
F: 3-dehydroquinate dehydratase
G: 3-dehydroquinate dehydratase
H: 3-dehydroquinate dehydratase
I: 3-dehydroquinate dehydratase
J: 3-dehydroquinate dehydratase
K: 3-dehydroquinate dehydratase
L: 3-dehydroquinate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,86549
ポリマ-220,42712
非ポリマー5,43937
11,422634
1
A: 3-dehydroquinate dehydratase
B: 3-dehydroquinate dehydratase
E: 3-dehydroquinate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,49313
ポリマ-55,1073
非ポリマー1,38610
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 3-dehydroquinate dehydratase
D: 3-dehydroquinate dehydratase
F: 3-dehydroquinate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,45712
ポリマ-55,1073
非ポリマー1,3519
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
G: 3-dehydroquinate dehydratase
H: 3-dehydroquinate dehydratase
I: 3-dehydroquinate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,45712
ポリマ-55,1073
非ポリマー1,3519
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
J: 3-dehydroquinate dehydratase
K: 3-dehydroquinate dehydratase
L: 3-dehydroquinate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,45712
ポリマ-55,1073
非ポリマー1,3519
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)152.390, 152.390, 177.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-203-

TAR

21B-204-

CL

31K-202-

TAR

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 or (resid 2 through 3...
21(chain B and (resid 1 or (resid 2 through 3...
31(chain C and (resid 1 or (resid 2 through 3...
41(chain D and (resid 1 through 16 or (resid 17...
51(chain E and (resid 1 or (resid 2 through 3...
61(chain F and (resid 1 or (resid 2 through 3...
71(chain G and (resid 1 or (resid 2 through 3...
81(chain H and (resid 1 through 2 or (resid 3...
91(chain I and (resid 1 or (resid 2 through 3...
101(chain J and (resid 1 through 21 or (resid 22...
111(chain K and (resid 1 through 144 or resid 200))
121(chain L and (resid 1 through 16 or (resid 17...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 1 or (resid 2 through 3...A1
121(chain A and (resid 1 or (resid 2 through 3...A2 - 3
131(chain A and (resid 1 or (resid 2 through 3...A1 - 201
141(chain A and (resid 1 or (resid 2 through 3...A1 - 201
151(chain A and (resid 1 or (resid 2 through 3...A1 - 201
161(chain A and (resid 1 or (resid 2 through 3...A1 - 201
211(chain B and (resid 1 or (resid 2 through 3...B1
221(chain B and (resid 1 or (resid 2 through 3...B2 - 3
231(chain B and (resid 1 or (resid 2 through 3...B0 - 201
241(chain B and (resid 1 or (resid 2 through 3...B0 - 201
251(chain B and (resid 1 or (resid 2 through 3...B0 - 201
261(chain B and (resid 1 or (resid 2 through 3...B0 - 201
311(chain C and (resid 1 or (resid 2 through 3...C1
321(chain C and (resid 1 or (resid 2 through 3...C2 - 3
331(chain C and (resid 1 or (resid 2 through 3...C0 - 200
341(chain C and (resid 1 or (resid 2 through 3...C0 - 200
351(chain C and (resid 1 or (resid 2 through 3...C0 - 200
361(chain C and (resid 1 or (resid 2 through 3...C0 - 200
411(chain D and (resid 1 through 16 or (resid 17...D1 - 16
421(chain D and (resid 1 through 16 or (resid 17...D17
431(chain D and (resid 1 through 16 or (resid 17...D1 - 200
441(chain D and (resid 1 through 16 or (resid 17...D1 - 200
451(chain D and (resid 1 through 16 or (resid 17...D1 - 200
461(chain D and (resid 1 through 16 or (resid 17...D1 - 200
511(chain E and (resid 1 or (resid 2 through 3...E1
521(chain E and (resid 1 or (resid 2 through 3...E2 - 3
531(chain E and (resid 1 or (resid 2 through 3...E0 - 201
541(chain E and (resid 1 or (resid 2 through 3...E0 - 201
551(chain E and (resid 1 or (resid 2 through 3...E0 - 201
561(chain E and (resid 1 or (resid 2 through 3...E0 - 201
611(chain F and (resid 1 or (resid 2 through 3...F1
621(chain F and (resid 1 or (resid 2 through 3...F2 - 3
631(chain F and (resid 1 or (resid 2 through 3...F1 - 201
641(chain F and (resid 1 or (resid 2 through 3...F1 - 201
651(chain F and (resid 1 or (resid 2 through 3...F1 - 201
661(chain F and (resid 1 or (resid 2 through 3...F1 - 201
711(chain G and (resid 1 or (resid 2 through 3...G1
721(chain G and (resid 1 or (resid 2 through 3...G2 - 3
731(chain G and (resid 1 or (resid 2 through 3...G1 - 201
741(chain G and (resid 1 or (resid 2 through 3...G1 - 201
751(chain G and (resid 1 or (resid 2 through 3...G1 - 201
761(chain G and (resid 1 or (resid 2 through 3...G1 - 201
811(chain H and (resid 1 through 2 or (resid 3...H1 - 2
821(chain H and (resid 1 through 2 or (resid 3...H3
831(chain H and (resid 1 through 2 or (resid 3...H1 - 201
841(chain H and (resid 1 through 2 or (resid 3...H1 - 201
851(chain H and (resid 1 through 2 or (resid 3...H1 - 201
861(chain H and (resid 1 through 2 or (resid 3...H1 - 201
911(chain I and (resid 1 or (resid 2 through 3...I1
921(chain I and (resid 1 or (resid 2 through 3...I2 - 3
931(chain I and (resid 1 or (resid 2 through 3...I0 - 201
941(chain I and (resid 1 or (resid 2 through 3...I0 - 201
951(chain I and (resid 1 or (resid 2 through 3...I0 - 201
961(chain I and (resid 1 or (resid 2 through 3...I0 - 201
1011(chain J and (resid 1 through 21 or (resid 22...J1 - 21
1021(chain J and (resid 1 through 21 or (resid 22...J22 - 23
1031(chain J and (resid 1 through 21 or (resid 22...J1 - 201
1041(chain J and (resid 1 through 21 or (resid 22...J1 - 201
1051(chain J and (resid 1 through 21 or (resid 22...J1 - 201
1061(chain J and (resid 1 through 21 or (resid 22...J1 - 201
1111(chain K and (resid 1 through 144 or resid 200))K0
1211(chain L and (resid 1 through 16 or (resid 17...L1 - 16
1221(chain L and (resid 1 through 16 or (resid 17...L17
1231(chain L and (resid 1 through 16 or (resid 17...L1 - 201

-
要素

#1: タンパク質
3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinase / Type II DHQase


分子量: 18368.883 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paraburkholderia phymatum (バクテリア)
: DSM 17167 / CIP 108236 / LMG 21445 / STM815 / 遺伝子: aroQ, Bphy_6025 / プラスミド: BuphA.00086.c.A1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2JVW0, 3-dehydroquinate dehydratase
#2: 化合物...
ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / : C4H6O6
#3: 化合物
ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / : C4H6O6
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 634 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Qiagen JCSG Core screen 1: 20% PEG 3350, 200mM Sodium tartrate; BuphA.00086.c.A1.PS01351 at 20.45mg/ml: cryo: 20% EG: tray 230470b7: puck HXC6-14

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.033171 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033171 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→46.515 Å / Num. obs: 64793 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.326 % / Biso Wilson estimate: 31.46 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rrim(I) all: 0.123 / Χ2: 0.935 / Net I/σ(I): 17.11
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.6-2.677.3450.5364.0147360.8850.576100
2.67-2.747.3990.4664.6145850.9220.5100
2.74-2.827.4230.4025.3145140.9380.431100
2.82-2.917.4420.3376.3743340.9550.362100
2.91-37.4370.2747.7842440.970.294100
3-3.117.4270.239.0140930.9790.246100
3.11-3.237.4290.16812.2139550.9880.181100
3.23-3.367.410.1461438250.990.156100
3.36-3.517.3750.11517.0636520.9940.124100
3.51-3.687.3750.09720.3135280.9970.10499.9
3.68-3.887.340.08123.8833510.9970.08799.9
3.88-4.117.3230.06827.5631740.9980.07399.9
4.11-4.47.2850.06428.729870.9980.06999.8
4.4-4.757.2490.06329.4227900.9980.06899.6
4.75-5.27.1750.05930.6925810.9980.06499.6
5.2-5.817.0710.06926.7923500.9970.07599.5
5.81-6.717.1240.07325.1520800.9970.07999.1
6.71-8.227.1710.04735.9117820.9990.05199.2
8.22-11.636.9150.02952.7814190.9990.03198.7
11.63-46.5156.3940.02852.378130.9990.0393.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(dev_3063)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MoRDa位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1uqr, selected by Morda
解像度: 2.6→46.515 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.41
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2009 2070 3.2 %
Rwork0.1556 --
obs0.157 64747 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 166.39 Å2 / Biso mean: 43.335 Å2 / Biso min: 4.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→46.515 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13371 0 361 637 14369
Biso mean--79.92 37.23 -
残基数----1737
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプ
11A7292X-RAY DIFFRACTION9.387TORSIONAL
12B7292X-RAY DIFFRACTION9.387TORSIONAL
13C7292X-RAY DIFFRACTION9.387TORSIONAL
14D7292X-RAY DIFFRACTION9.387TORSIONAL
15E7292X-RAY DIFFRACTION9.387TORSIONAL
16F7292X-RAY DIFFRACTION9.387TORSIONAL
17G7292X-RAY DIFFRACTION9.387TORSIONAL
18H7292X-RAY DIFFRACTION9.387TORSIONAL
19I7292X-RAY DIFFRACTION9.387TORSIONAL
110J7292X-RAY DIFFRACTION9.387TORSIONAL
111K7292X-RAY DIFFRACTION9.387TORSIONAL
112L7292X-RAY DIFFRACTION9.387TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6001-2.66060.23621440.188641134257100
2.6606-2.72710.25451270.193341374264100
2.7271-2.80080.29671290.192741094238100
2.8008-2.88320.2571170.183941434260100
2.8832-2.97630.2491440.180541394283100
2.9763-3.08270.26541390.185841304269100
3.0827-3.2060.24181260.172941664292100
3.206-3.35190.21141410.173641274268100
3.3519-3.52860.20131580.157941404298100
3.5286-3.74960.22321390.149341704309100
3.7496-4.03890.17721340.130142094343100
4.0389-4.44510.16281420.123241784320100
4.4451-5.08760.1451430.125442304373100
5.0876-6.40720.16381380.152942574395100
6.4072-46.5220.17031490.15044429457899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.55860.4157-0.48511.6049-0.04631.59440.0536-0.12230.16930.2882-0.06750.1871-0.1623-0.20350.03920.2392-0.00870.02430.169-0.06170.2136-43.25-14.130523.4002
22.49810.1879-0.22211.70310.42570.69770.0181-0.05330.14770.0177-0.0382-0.0011-0.23720.0980.01220.2296-0.0645-0.03220.12780.02940.1724-21.6758-5.3213.9776
31.0161-0.0072-0.01181.5305-0.11262.01780.08790.2420.0617-0.2836-0.0966-0.0710.03780.1390.00740.24580.08680.01780.21820.03340.132-31.112138.902213.8793
41.1412-0.3343-0.0091.51440.39720.40850.01970.0257-0.1067-0.0572-0.0244-0.10480.410.360.00560.35050.13350.03610.25360.01030.1728-23.47617.239633.2578
51.5276-0.53490.43861.4419-0.13831.8493-0.09750.10610.3509-0.0361-0.00690.2971-0.3913-0.1990.06570.24630.0555-0.06430.1852-0.00620.3409-50.506-6.7965-5.1513
61.83530.4724-0.32071.5863-0.06731.6189-0.02660.1915-0.2975-0.1613-0.1130.19720.3341-0.17080.08310.32510.0033-0.02970.1681-0.08070.2602-51.97518.852223.6255
71.38140.4574-0.30291.8762-0.28511.11670.03330.0577-0.0112-0.14630.0548-0.0529-0.0044-0.042-0.08570.3542-0.1916-0.00840.32230.01460.2110.3799.8461-12.1581
81.43110.3707-0.03470.8248-0.71031.15080.02530.16040.0029-0.29350.0974-0.16380.02310.2562-0.08030.465-0.2080.12620.4337-0.0960.326936.758713.7516-26.4812
91.23470.03480.14551.5655-0.49171.50540.06950.20970.2986-0.14010.16920.1679-0.2468-0.1468-0.22440.566-0.17810.15980.38760.08320.398715.404835.154-28.1452
100.7317-0.32790.2151.0305-0.2430.72170.09360.0768-0.3381-0.14050.07580.04050.43220.061-0.05320.82210.242-0.29890.408-0.15030.6842-58.49519.0374-58.145
110.3165-0.0859-0.05350.2745-0.05280.14440.02560.0107-0.2161-0.0028-0.0101-0.12550.17550.12770.06830.91790.4907-0.32020.6411-0.18760.8125-32.28114.782-43.7104
120.5155-0.2462-0.16321.8041-0.77840.71810.0787-0.087-0.32040.05760.10250.10330.34730.0637-0.1050.87260.1934-0.31480.3534-0.00910.6176-57.432619.8415-28.0859
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1 through 201)A1 - 201
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 0 through 201)B0 - 201
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 0 through 200)C0 - 200
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 1 through 200)D1 - 200
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 0 through 201)E0 - 201
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 1 through 201)F1 - 201
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'G' and resid 1 through 201)G1 - 201
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'H' and resid 1 through 201)H1 - 201
9X-RAY DIFFRACTION9(chain 'I' and resid 0 through 201)I0 - 201
10X-RAY DIFFRACTION10(chain 'J' and resid 1 through 201)J1 - 201
11X-RAY DIFFRACTION11(chain 'K' and resid 1 through 144)K1 - 144
12X-RAY DIFFRACTION12(chain 'L' and resid 1 through 201)L1 - 201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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