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万見
- PDB-1uqr: Type II 3-dehydroquinate dehydratase (DHQase) from Actinobacillus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uqr
タイトルType II 3-dehydroquinate dehydratase (DHQase) from Actinobacillus pleuropneumoniae
要素3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
キーワードLYASE / SHIKIMATE PATHWAY / AROMATIC AMINO ACID BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


quinate catabolic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II, conserved site / Dehydroquinase class II signature. / Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II superfamily / Dehydroquinase class II / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-dehydroquinate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種ACTINOBACILLUS PLEUROPNEUMONIAE (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Maes, D. / Gonzalez-Ramirez, L.A. / Lopez-Jaramillo, J. / Yu, B. / De Bondt, H. / Zegers, I. / Afonina, E. / Garcia-Ruiz, J.M. / Gulnik, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Structural Study of the Type II 3-Dehydroquinate Dehydratase from Actinobacillus Pleuropneumoniae
著者: Maes, D. / Gonzalez-Ramirez, L.A. / Lopez-Jaramillo, J. / Yu, B. / De Bondt, H. / Zegers, I. / Afonina, E. / Garcia-Ruiz, J.M. / Gulnik, S.
履歴
登録2003年10月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
B: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
C: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
D: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
E: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
F: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
G: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
H: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
I: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
J: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
K: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
L: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,83647
ポリマ－206,37012
非ポリマー3,46735
水40,7502262
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)129.095, 131.333, 161.619
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE / 3-DEHYDROQUINASE / TYPE II DHQASE


分子量: 17197.488 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ACTINOBACILLUS PLEUROPNEUMONIAE (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P43877, 3-dehydroquinate dehydratase
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CATALYZES A TRANS-DEHYDRATION VIA AN ENOLATE INTERMEDIATE. BELONGS TO THE TYPE-II 3-DEHYDROQUINASE ...CATALYZES A TRANS-DEHYDRATION VIA AN ENOLATE INTERMEDIATE. BELONGS TO THE TYPE-II 3-DEHYDROQUINASE FAMILY. CLASS-II ENZYMES ARE HOMODODECAMERIC ENZYMES OF ABOUT 17 KDA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.95 %
結晶化pH: 7.4 / 詳細: pH 7.40
結晶化
*PLUS
pH: 7.4 / 手法: gel-acupuncture method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein11
2100 mMTris-HCl11pH7.4
33.5 Mammonium sulfate12
4100 mMTris-HCl12pH7.4
50.03 %(w/v)sodium azide12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8463
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8463 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→20 Å / Num. obs: 288020 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 28
反射 シェル解像度: 1.71→1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / % possible all: 96
反射
*PLUS
最高解像度: 1.71 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 210933 / % possible obs: 71.5 % / 冗長度: 1.64 % / Rmerge(I) obs: 0.033
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 66.2 % / Num. unique obs: 27619 / Rmerge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 2.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE SIDE CHAIN OF CYS 125 HAS THREE ALTERNATE CONFORMATIONS IN EVERY CHAIN.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 -5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.178 288020 98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13650 0 187 2262 16099
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
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X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
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X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.71 Å / 最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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