PDB-6cty: Crystal structure of dihydroorotase pyrC from Yersinia pestis in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cty

タイトル

Crystal structure of dihydroorotase pyrC from Yersinia pestis in complex with zinc and malate at 2.4 A resolution

要素

Dihydroorotase

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / dihydroorotase / zinc / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydroorotase / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / dihydroorotase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.41 Å

データ登録者

Lipowska, J. / Shabalin, I.G. / Winsor, J. / Woinska, M. / Cooper, D.R. / Kwon, K. / Shuvalova, L. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2019
タイトル: Pyrimidine biosynthesis in pathogens - Structures and analysis of dihydroorotases from Yersinia pestis and Vibrio cholerae.
著者: Lipowska, J. / Miks, C.D. / Kwon, K. / Shuvalova, L. / Zheng, H. / Lewinski, K. / Cooper, D.R. / Shabalin, I.G. / Minor, W.

履歴

登録	2018年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2018年4月4日	ID: 5V0G
改定 1.0	2018年4月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月22日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set / Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference
改定 1.2	2019年8月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cty.cif.gz	832 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cty.ent.gz	691.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cty.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/6cty ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/6cty	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5vgmC 2eg6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2z28-d 2z26-d 2z2a-d 2z2b-1 6l0k-2 5vgm-d 2eg7-d 4f10-d 3pan-d 2e25-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18430/M35V0G / データの種類: diffraction image data
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP04461

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (6) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Dihydroorotase

B: Dihydroorotase

C: Dihydroorotase

D: Dihydroorotase

E: Dihydroorotase

F: Dihydroorotase

ヘテロ分子

250 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dihydroorotase

E: Dihydroorotase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
83.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dihydroorotase

F: Dihydroorotase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
83.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Dihydroorotase

D: Dihydroorotase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
83.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.838, 112.202, 208.264
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	VAL	VAL	A	A	5 - 346	29 - 370
2	1	PRO	PRO	VAL	VAL	B	B	5 - 346	29 - 370
1	2	GLN	GLN	VAL	VAL	A	A	4 - 346	28 - 370
2	2	GLN	GLN	VAL	VAL	C	C	4 - 346	28 - 370
1	3	PRO	PRO	VAL	VAL	A	A	5 - 346	29 - 370
2	3	PRO	PRO	VAL	VAL	D	D	5 - 346	29 - 370
1	4	PRO	PRO	ARG	ARG	A	A	5 - 348	29 - 372
2	4	PRO	PRO	ARG	ARG	E	E	5 - 348	29 - 372
1	5	PRO	PRO	LYS	LYS	A	A	5 - 347	29 - 371
2	5	PRO	PRO	LYS	LYS	F	F	5 - 347	29 - 371
1	6	PRO	PRO	VAL	VAL	B	B	5 - 346	29 - 370
2	6	PRO	PRO	VAL	VAL	C	C	5 - 346	29 - 370
1	7	PRO	PRO	LYS	LYS	B	B	5 - 347	29 - 371
2	7	PRO	PRO	LYS	LYS	D	D	5 - 347	29 - 371
1	8	PRO	PRO	LYS	LYS	B	B	5 - 347	29 - 371
2	8	PRO	PRO	LYS	LYS	E	E	5 - 347	29 - 371
1	9	PRO	PRO	VAL	VAL	B	B	5 - 346	29 - 370
2	9	PRO	PRO	VAL	VAL	F	F	5 - 346	29 - 370
1	10	PRO	PRO	VAL	VAL	C	C	5 - 346	29 - 370
2	10	PRO	PRO	VAL	VAL	D	D	5 - 346	29 - 370
1	11	PRO	PRO	VAL	VAL	C	C	5 - 346	29 - 370
2	11	PRO	PRO	VAL	VAL	E	E	5 - 346	29 - 370
1	12	PRO	PRO	VAL	VAL	C	C	5 - 346	29 - 370
2	12	PRO	PRO	VAL	VAL	F	F	5 - 346	29 - 370
1	13	PRO	PRO	LYS	LYS	D	D	5 - 347	29 - 371
2	13	PRO	PRO	LYS	LYS	E	E	5 - 347	29 - 371
1	14	PRO	PRO	VAL	VAL	D	D	5 - 346	29 - 370
2	14	PRO	PRO	VAL	VAL	F	F	5 - 346	29 - 370
1	15	PRO	PRO	ARG	ARG	E	E	5 - 348	29 - 372
2	15	PRO	PRO	ARG	ARG	F	F	5 - 348	29 - 372

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Dihydroorotase / DHOase / Dihydroorotase pyrC 分子量: 41405.164 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: pyrC, YPO1587, y1746, YP_2265 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 "magic" / 参照: UniProt: Q8ZFU4, dihydroorotase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1064 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.64 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 uL 10 mg/mL protein in 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM sodium chloride, 10% glycerol, 0.1% sodium azide, 0.5 mM TCEP + 0.2 uL MCSG 2 condition #67 (0.15 M DL-malic acid, pH 7.0, 20% w/v ...詳細: 0.2 uL 10 mg/mL protein in 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM sodium chloride, 10% glycerol, 0.1% sodium azide, 0.5 mM TCEP + 0.2 uL MCSG 2 condition #67 (0.15 M DL-malic acid, pH 7.0, 20% w/v PEG3350), equilibrated against 1.3 M sodium chloride solution in 96-well 3-drop crystallization plate (Swissci)

結晶

マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.64 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 uL 10 mg/mL protein in 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM sodium chloride, 10% glycerol, 0.1% sodium azide, 0.5 mM TCEP + 0.2 uL MCSG 2 condition #67 (0.15 M DL-malic acid, pH 7.0, 20% w/v ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97923, 1.28241, 1.28908

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月12日

放射

モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97923	1
2	1.28241	1
3	1.28908	1

反射

解像度: 2.4→50.01 Å / Num. obs: 81980 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 41.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.088 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.096 / R_sym value: 0.088 / Χ²: 0.864 / Net I/av σ(I): 16 / Net I/σ(I): 7.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Χ²	% possible all
2.4-2.44	6	0.622	2.1	4079	0.778	0.265	0.68	0.622	0.742	94.1
2.44-2.49	5.9	0.601		4090	0.799	0.258	0.658		0.739	94.9
2.49-2.53	5.6	0.498		3980	0.838	0.22	0.548		0.755	92.2
2.53-2.59	6	0.467		3992	0.861	0.201	0.511		0.739	93.1
2.59-2.64	6.4	0.408		4090	0.889	0.169	0.445		0.781	94.3
2.64-2.7	6.4	0.38		4053	0.93	0.157	0.413		1.017	94.3
2.7-2.77	6.4	0.292		4064	0.938	0.121	0.318		0.783	93.8
2.77-2.85	6.3	0.256		4029	0.947	0.107	0.279		0.796	93.7
2.85-2.93	6.2	0.217		4090	0.957	0.091	0.237		0.812	93.8
2.93-3.02	6.1	0.178		4041	0.967	0.075	0.194		0.822	93.3
3.02-3.13	5.6	0.151		3994	0.97	0.067	0.167		0.864	91.8
3.13-3.26	6.4	0.121		4045	0.981	0.051	0.132		0.919	93.2
3.26-3.41	6.4	0.097		4084	0.987	0.04	0.106		0.931	93.3
3.41-3.58	6.3	0.089		4073	0.986	0.037	0.097		1.125	93.7
3.58-3.81	6.3	0.072		4049	0.991	0.029	0.078		1.079	92.7
3.81-4.1	5.8	0.062		4014	0.992	0.026	0.068		1.088	91.5
4.1-4.52	6.4	0.048		4138	0.995	0.019	0.052		0.958	94
4.52-5.17	6.4	0.046		4177	0.995	0.018	0.05		0.891	94.6
5.17-6.51	5.9	0.044		4273	0.996	0.018	0.048		0.726	95.1
6.51-50	5.9	0.036		4625	0.997	0.015	0.039		0.694	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
LAUEGEN		data processing
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
HKL-3000		データ削減
REFMAC	5.8.0158	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2EG6

2eg6

解像度: 2.41→50.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 14.656 / SU ML: 0.174 / SU R Cruickshank DPI: 0.7587 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.759 / ESU R Free: 0.243 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.2443
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1979	3921	5 %	RANDOM
R_work	0.1594	-	-	-
obs	0.1613	73934	88.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 226.09 Å² / B_iso mean: 44.305 Å² / B_iso min: 12.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.11 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.41→50.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16072	0	57	1064	17193
B_iso mean	-	-	51.26	39.38	-
残基数	-	-	-	-	2069

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	16627
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	15254
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.209	1.965	22650
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.859	3	35285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.432	5	2072
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.118	23.406	737
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.789	15	2515
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.444	15	113
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	2576
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	18541
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3414
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	46.284	5	12

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	11204	0.04
1	2	B	11204	0.04
2	1	A	11233	0.04
2	2	C	11233	0.04
3	1	A	11226	0.04
3	2	D	11226	0.04
4	1	A	10997	0.06
4	2	E	10997	0.06
5	1	A	11249	0.05
5	2	F	11249	0.05
6	1	B	11122	0.04
6	2	C	11122	0.04
7	1	B	11138	0.05
7	2	D	11138	0.05
8	1	B	11001	0.06
8	2	E	11001	0.06
9	1	B	11139	0.05
9	2	F	11139	0.05
10	1	C	11158	0.05
10	2	D	11158	0.05
11	1	C	10916	0.06
11	2	E	10916	0.06
12	1	C	11159	0.05
12	2	F	11159	0.05
13	1	D	11007	0.05
13	2	E	11007	0.05
14	1	D	11228	0.05
14	2	F	11228	0.05
15	1	E	11008	0.06
15	2	F	11008	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.408→2.47 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	201	-
R_work	0.217	4014	-
all	-	4215	-
obs	-	-	65.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1259	-0.4083	0.1505	2.004	-0.5801	1.7535	0.0227	0.1304	-0.2176	-0.2156	-0.0438	0.1306	0.214	-0.1449	0.021	0.2029	-0.0714	-0.0086	0.0492	-0.0353	0.089	5.245	52.096	146.3
2	1.679	1.1192	0.9785	3.9218	2.4495	2.7107	0.0517	-0.3031	-0.007	0.3895	-0.0495	0.4424	0.1676	-0.3069	-0.0023	0.2043	-0.0216	0.0794	0.2031	0.0655	0.1728	10.562	52.331	163.966
3	1.2209	-0.1241	0.2755	1.6066	-0.2269	1.5233	0.0176	0.1144	-0.1201	-0.1644	-0.0657	-0.0404	0.2014	0.095	0.0482	0.1584	-0.0252	0.0475	0.0591	-0.0053	0.0423	21.161	58.494	148.084
4	5.4484	-3.2033	-3.2675	6.7645	0.9817	6.0009	0.4257	0.3546	0.0722	-0.5319	-0.282	0.2757	-0.3796	-0.1338	-0.1436	0.2347	-0.0756	-0.08	0.1671	0.032	0.1028	9.455	64.275	133.103
5	3.5321	0.1676	-0.0019	2.1842	0.3268	2.5272	-0.0177	-0.2431	0.0768	0.2678	0.0363	-0.1286	-0.1422	0.2816	-0.0187	0.2163	0.0222	-0.0304	0.173	0.0321	0.0265	51.127	65.219	143.278
6	27.0195	-9.0317	-0.3202	3.3206	-1.1087	5.211	-0.4396	0.0079	0.7931	0.2291	0.1361	-0.2969	-0.1298	-0.3552	0.3035	0.4668	-0.0622	0.1272	0.3933	-0.0044	0.4552	58.465	80.25	134.682
7	1.3556	-0.005	0.1566	1.5364	-0.3822	1.8002	0.1144	-0.0805	-0.0077	0.1782	-0.1455	-0.2573	0.0611	0.3909	0.0311	0.1071	0.0324	-0.0165	0.1324	0.031	0.0487	57.058	67.216	126.671
8	2.3283	-0.1789	-0.7214	1.6573	0.6629	1.5729	0.0841	0.101	-0.4171	0.2292	-0.2061	0.2609	0.4216	-0.1282	0.1221	0.3294	0.0281	-0.0196	0.1549	0.0299	0.2039	44.907	53.282	130.625
9	0.2514	0.5395	1.5147	1.186	3.4296	10.2893	0.1672	-0.0212	-0.0091	0.2704	-0.1316	-0.0064	0.4725	-0.7506	-0.0357	0.5387	0.0731	0.0812	0.5727	-0.0313	0.3448	5.419	53.183	116.997
10	1.352	0.1067	0.1725	1.2683	-0.4795	2.3982	-0.0091	-0.0508	-0.1888	-0.1046	0.0202	0.2376	0.339	-0.6487	-0.0112	0.1733	-0.1341	0.0125	0.2916	0.0009	0.1522	12.438	40.257	79.828
11	2.2964	-0.2988	0.0928	1.9824	-0.5394	2.1552	0.0104	-0.1498	-0.0062	0.2417	-0.141	0.0371	0.1065	-0.3865	0.1307	0.1365	-0.0829	0.0127	0.1571	0.0032	0.0425	25.087	44.93	91.146
12	1.3098	-0.0782	-0.3047	2.6885	-0.4914	2.6393	-0.0136	-0.2958	-0.0344	0.5825	0.047	0.2532	-0.1437	-0.5909	-0.0333	0.2604	-0.068	0.1402	0.378	-0.0119	0.2045	13.411	45.632	100.228
13	2.2449	-1.9561	-3.1469	5.8702	2.2911	10.3392	0.0762	0.3317	-0.394	-0.402	-0.33	-0.254	0.6577	-0.1178	0.2537	0.1906	0.064	0.0435	0.18	-0.0053	0.254	65.095	36.736	76.944
14	1.3043	-0.3536	0.35	5.1122	1.4331	3.319	0.0819	-0.1694	-0.2244	0.1487	-0.0029	-0.1342	0.3506	0.1425	-0.0789	0.134	0.0592	0.0054	0.0878	0.0818	0.1081	63.795	37.038	96.011
15	2.4809	-2.2026	-0.6238	5.0888	0.5471	2.8727	-0.0149	-0.3222	0.042	0.2313	0.0197	-0.2124	0.1057	0.063	-0.0047	0.2087	-0.0256	0.0102	0.2668	0.0478	0.0463	61.769	53.399	99.828
16	1.857	0.2278	0.0483	1.3642	-0.1986	1.2378	0.0147	0.0253	-0.1864	-0.2016	-0.0071	-0.0713	0.263	0.0615	-0.0075	0.1701	0.0364	0.0301	0.0374	0.0281	0.0486	53.996	44.588	82.649
17	3.399	0.0014	-0.3255	2.2384	-0.6138	3.6788	-0.0597	0.2237	0.0399	-0.0431	-0.0479	-0.1182	0.0543	0.143	0.1075	0.1265	-0.0183	-0.0595	0.0411	0.032	0.0866	23.344	105.486	144.378
18	8.4924	8.2493	-3.647	12.1323	2.4265	10.2811	-1.0851	0.5521	-0.4024	-1.4254	0.8435	-0.3122	-0.1825	0.3344	0.2417	0.8297	0.2057	-0.1551	1.017	-0.242	0.3845	36.484	92.593	133.385
19	1.0837	-0.0783	0.1631	1.9545	-0.1906	1.297	-0.0703	0.0208	0.0307	0.0611	-0.0358	-0.2381	-0.087	0.1709	0.106	0.1165	-0.0388	-0.0508	0.0667	0.0123	0.0648	29.645	93.081	153.639
20	4.1784	2.613	0.707	3.4584	2.4093	2.4456	-0.1849	-0.1923	0.3185	-0.2644	-0.3091	0.4638	-0.4256	-0.2186	0.494	0.3838	0.0344	-0.1215	0.1291	0.0103	0.2666	9.194	98.672	159.002
21	1.9583	-1.0346	-0.5913	1.7506	0.2889	2.1674	0.0059	0.1518	0.0341	-0.097	-0.0703	0.0891	-0.0017	-0.1895	0.0644	0.0332	0.0089	-0.014	0.0733	0.0446	0.0636	29.135	83.154	94.071
22	1.382	-0.2907	-0.1045	0.987	0.4196	2.9955	-0.0129	0.147	0.163	-0.1127	-0.0349	-0.1008	-0.1383	0.2681	0.0477	0.0245	-0.0009	0.0172	0.0549	0.0431	0.0515	47.377	79.874	99.934
23	2.0346	-0.231	-0.4462	1.9295	-0.8127	2.75	0.0168	0.0232	0.4976	0.0418	-0.1021	-0.1598	-0.5227	0.0386	0.0854	0.1143	-0.0076	-0.029	0.0319	0.0293	0.1713	39.464	93.87	103.222
24	9.0414	5.0025	-0.5424	8.063	-2.0653	4.2551	0.0902	-0.0851	0.2108	0.4236	0.0214	0.1216	-0.4552	-0.1974	-0.1115	0.1606	0.0773	-0.0059	0.1172	-0.0909	0.1149	33.284	94.61	115.17

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 84
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	85 - 144
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	145 - 322
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	323 - 348
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	5 - 108
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	109 - 121
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	122 - 275
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	276 - 347
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	-5 - 12
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	13 - 203
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	204 - 275
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	276 - 347
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	5 - 18
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	19 - 84
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	85 - 128
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	129 - 347
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	5 - 112
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	113 - 121
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	122 - 309
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	310 - 348
21	X-RAY DIFFRACTION	21	F	6 - 136
22	X-RAY DIFFRACTION	22	F	137 - 244
23	X-RAY DIFFRACTION	23	F	245 - 323
24	X-RAY DIFFRACTION	24	F	324 - 348

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)