PDB-6ctf: Crystal structure of GltPh fast mutant - R276S/M395R

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ctf

タイトル

Crystal structure of GltPh fast mutant - R276S/M395R

要素

Glutamate transporter homolog

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Transporter / ligand-bound

機能・相同性

機能・相同性情報

L-aspartate transmembrane transport / amino acid:sodium symporter activity / L-aspartate transmembrane transporter activity / L-aspartate import across plasma membrane / chloride transmembrane transporter activity / protein homotrimerization / chloride transmembrane transport / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus horikoshii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 4.05 Å

データ登録者

Boudker, O. / Oh, S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Kinetic mechanism of coupled binding in sodium-aspartate symporter GltPh.
著者: Oh, S. / Boudker, O.

履歴

登録	2018年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月31日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / entity Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _entity.formula_weight
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ctf.cif.gz	480 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ctf.ent.gz	403.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ctf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ctf_validation.pdf.gz	469.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ctf_full_validation.pdf.gz	488.7 KB	表示
XML形式データ	6ctf_validation.xml.gz	44.1 KB	表示
CIF形式データ	6ctf_validation.cif.gz	59.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/6ctf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/6ctf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kbcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4p6h-d 3v8f-d 4p1a-d 4p3j-d 6wzb-d 21989 6x16-d 4p19-d 4pd6-1 1gtm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Glutamate transporter homolog

B: Glutamate transporter homolog

C: Glutamate transporter homolog

ヘテロ分子

131 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.475, 196.420, 194.328
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Glutamate transporter homolog / Glt(Ph) / Sodium-aspartate symporter Glt(Ph) / Sodium-dependent aspartate transporter 分子量: 43325.270 Da / 分子数: 3 / 変異: R276S, M395R / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (古細菌) 株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3 遺伝子: PH1295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O59010
#2: 化合物	ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₇NO₄
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M ADA pH 7.0, 0.4 M NaCl, 30% PEG600

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 4.05→50 Å / Num. obs: 18216 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.2 % / Net I/σ(I): 17.8
反射シェル	解像度: 4.05→4.19 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KBC

3kbc

解像度: 4.05→19.9 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.45

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	899	4.94 %
R_work	0.2217	-	-
obs	0.2238	18216	98.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 4.05→19.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9138	0	33	0	9171

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	9345
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.989	12750
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.201	5496
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1602
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1572

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
4.0451-4.2961	0.3052	138	0.2707	2731	X-RAY DIFFRACTION	95
4.2961-4.624	0.2734	166	0.2286	2840	X-RAY DIFFRACTION	99
4.624-5.0823	0.2563	142	0.2153	2881	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0823-5.8018	0.2763	134	0.2399	2927	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8018-7.2507	0.328	161	0.2594	2918	X-RAY DIFFRACTION	100
7.2507-19.9316	0.2341	158	0.1961	3020	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1059	3.9084	-0.9511	6.2899	2.3778	2.59	-0.4991	0.2247	-0.3821	0.7802	0.3933	0.0082	1.1553	0.1438	-0.0432	1.7083	0.0539	0.1061	0.7905	0.0037	1.135	-7.0295	-77.5671	-29.1918
2	2.4001	-0.3195	0.2064	6.6999	3.1638	1.9409	-0.1429	-0.2829	0.1199	0.5945	0.048	0.0206	0.7523	-0.0556	-0.0471	1.4229	0.3591	-0.0994	1.4775	-0.0277	1.002	7.0313	-62.9648	-21.6886
3	5.9171	-1.543	-1.4264	4.6088	4.9451	2.7247	-0.8643	-0.839	-1.1118	1.612	-0.0798	-0.5065	2.0096	0.388	0.2561	2.7947	0.2773	0.0881	1.3441	-0.0116	1.6099	10.5144	-75.7434	-16.0746
4	0.1103	-2.2544	1.0384	5.4335	-0.7696	3.2157	-0.4945	-0.4958	0.6616	0.3737	0.3417	-0.0714	-0.7423	-0.5448	0.1832	1.1205	0.2109	-0.0507	2.2133	-0.0438	1.066	-26.5068	-32.2087	-32.4989
5	4.7963	-1.4323	-1.675	2.8034	0.1055	1.2173	-0.381	1.7001	-0.0858	-1.2563	0.5821	0.9807	1.7003	-0.3591	-0.104	1.7291	-0.2877	-0.3899	1.9915	0.0112	1.2634	-31.1685	-56.3359	-32.4321
6	4.1897	0.5907	-0.6245	2.5983	0.3949	-0.7976	-0.0017	-0.0544	0.1729	-0.0661	0.2863	0.4334	-0.0335	-0.8915	-0.0516	1.372	-0.0776	0.1277	1.8149	0.0301	0.9241	-27.7169	-50.3506	-23.647
7	1.4126	-0.9884	0.0114	2.0657	-3.4882	6.7376	-0.2569	1.2073	0.1431	-0.0662	-0.0254	-0.1525	0.7446	-0.1793	0.0752	1.3553	-0.1252	0.103	1.9121	-0.0213	1.1448	-31.3468	-51.2443	-25.2669
8	0.2057	1.4741	-0.8683	3.7882	-4.6241	6.2018	0.0822	0.4227	0.4864	0.4562	0.4234	0.306	-0.4981	0.5851	-0.082	1.8604	0.0196	-0.0525	2.3195	0.0492	1.2909	-35.9247	-47.9252	-24.629
9	3.7121	0.0393	1.4194	0.1625	-1.6683	5.8769	0.4788	-1.2398	-0.3952	0.1501	-0.5934	-0.6311	-0.7998	2.4169	0.0465	1.1469	-0.2373	-0.0057	1.5869	-0.1166	1.3163	21.7256	-37.9789	-24.121
10	1.1014	0.6424	-2.1259	0.7138	-0.5685	4.8501	-0.1383	1.3538	0.7758	0.1338	0.2582	-0.06	0.4555	-1.1612	0.0652	1.5189	0.1898	-0.1746	1.9308	-0.0008	1.6054	3.3341	-21.9343	-26.1783
11	4.7644	0.9431	0.4824	6.7444	-0.7352	3.583	0.5699	1.311	-0.0935	0.1065	-0.4724	0.7062	0.2693	-0.2168	0.1513	1.347	0.0511	-0.0029	1.62	-0.0499	1.0909	-11.1983	-36.4698	-24.2092
12	3.3899	2.9528	2.0402	2.9583	-1.259	2.1421	0.0741	-0.8159	0.2703	0.847	-0.4759	-0.0038	-0.5291	0.6075	0.0688	1.393	-0.133	-0.2393	1.3065	-0.0302	0.9806	11.3884	-26.186	-15.1581
13	1.4123	0.5932	-3.6247	2.4984	-0.5634	6.1083	0.0527	-0.4067	0.0263	-0.0151	-0.6962	0.0904	-0.8304	0.6647	0.3608	1.4846	0.1424	-0.1815	1.6543	-0.1612	1.3461	5.9188	-25.4324	-18.5715
14	5.6598	0.6737	-0.9683	5.6146	2.9096	9.2282	1.0414	1.2762	-0.3657	0.2704	-1.4191	-0.0331	-1.7668	-1.2116	0.2874	1.9175	-0.0549	-0.2357	1.9569	0.0409	1.3868	10.7045	-23.4386	-16.3106

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 71 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 72 through 222 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 223 through 416 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 6 through 71 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 72 through 129 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 130 through 275 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 276 through 376 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 377 through 416 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 6 through 71 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 72 through 129 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 130 through 173 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 174 through 275 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 276 through 376 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 377 through 416 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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