PDB-6ct7: Fab of anti-a-synuclein antibody BIIB054 in complex with acetylat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ct7

タイトル

Fab of anti-a-synuclein antibody BIIB054 in complex with acetylated a-synuclein peptide (1-10)

要素

ACE-MET-ASP-VAL-PHE-MET-LYS-GLY-LEU-SER-LYS
BIIB054 Fab heavy chain
BIIB054 Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab / complex / a-synuclein / Parkinson disease

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / neutral lipid metabolic process / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process / supramolecular fiber / mitochondrial membrane organization ...negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / neutral lipid metabolic process / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process / supramolecular fiber / mitochondrial membrane organization / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / regulation of synaptic vesicle recycling / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of protein localization to cell periphery / negative regulation of exocytosis / regulation of glutamate secretion / response to iron(II) ion / SNARE complex assembly / positive regulation of neurotransmitter secretion / dopamine biosynthetic process / regulation of norepinephrine uptake / transporter regulator activity / regulation of locomotion / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / regulation of macrophage activation / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / synaptic vesicle priming / negative regulation of microtubule polymerization / synaptic vesicle transport / positive regulation of receptor recycling / dopamine uptake involved in synaptic transmission / protein kinase inhibitor activity / dynein complex binding / regulation of dopamine secretion / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / cuprous ion binding / positive regulation of endocytosis / positive regulation of exocytosis / response to magnesium ion / synaptic vesicle exocytosis / enzyme inhibitor activity / kinesin binding / synaptic vesicle endocytosis / regulation of presynapse assembly / response to type II interferon / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of serotonin uptake / alpha-tubulin binding / supramolecular fiber organization / inclusion body / phospholipid metabolic process / cellular response to copper ion / axon terminus / cellular response to epinephrine stimulus / Hsp70 protein binding / response to interleukin-1 / regulation of microtubule cytoskeleton organization / SNARE binding / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / adult locomotory behavior / negative regulation of protein kinase activity / excitatory postsynaptic potential / fatty acid metabolic process / phosphoprotein binding / protein tetramerization / microglial cell activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / synapse organization / ferrous iron binding / protein destabilization / PKR-mediated signaling / phospholipid binding / receptor internalization / tau protein binding / long-term synaptic potentiation / synaptic vesicle membrane / positive regulation of inflammatory response / actin cytoskeleton / actin binding / growth cone / cell cortex / cellular response to oxidative stress / neuron apoptotic process / chemical synaptic transmission / molecular adaptor activity / negative regulation of neuron apoptotic process / response to lipopolysaccharide / histone binding / amyloid fibril formation / lysosome / oxidoreductase activity / postsynapse / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of apoptotic process / Amyloid fiber formation / copper ion binding / response to xenobiotic stimulus / axon / neuronal cell body
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.903 Å

データ登録者

Arndt, J.W.

引用

ジャーナル: Neurobiol. Dis. / 年: 2018
タイトル: Development of an aggregate-selective, human-derived alpha-synuclein antibody BIIB054 that ameliorates disease phenotypes in Parkinson's disease models.
著者: Weihofen, A. / Liu, Y. / Arndt, J.W. / Huy, C. / Quan, C. / Smith, B.A. / Baeriswyl, J.L. / Cavegn, N. / Senn, L. / Su, L. / Marsh, G. / Auluck, P.K. / Montrasio, F. / Nitsch, R.M. / Hirst, W. ...

履歴

登録	2018年3月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ct7.cif.gz	343.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ct7.ent.gz	278.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ct7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/6ct7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/6ct7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6glw-3 6glw-2 6srx-2 1nj9-1 6bb4-2 2y06-d 3g5x-2 6xli-2 4why-2 6c5i-d 2a1w-2 4wht-2 6srv-2 1jnh-3 4uik-d 4nki-d 4wht-7 5nbw-2 3g6a-1 6me1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

L: BIIB054 Fab light chain

H: BIIB054 Fab heavy chain

S: ACE-MET-ASP-VAL-PHE-MET-LYS-GLY-LEU-SER-LYS

B: BIIB054 Fab light chain

A: BIIB054 Fab heavy chain

T: ACE-MET-ASP-VAL-PHE-MET-LYS-GLY-LEU-SER-LYS

ヘテロ分子

95 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: BIIB054 Fab light chain

H: BIIB054 Fab heavy chain

S: ACE-MET-ASP-VAL-PHE-MET-LYS-GLY-LEU-SER-LYS

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
47.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: BIIB054 Fab light chain

A: BIIB054 Fab heavy chain

T: ACE-MET-ASP-VAL-PHE-MET-LYS-GLY-LEU-SER-LYS

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.849, 101.492, 73.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.30, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	BIIB054 Fab light chain 分子量: 22893.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	BIIB054 Fab heavy chain 分子量: 23315.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド	ACE-MET-ASP-VAL-PHE-MET-LYS-GLY-LEU-SER-LYS 分子量: 1183.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: acetylated peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P37840*PLUS
#4: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 531 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.65 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.9 詳細: 18% w/v PEG 3350, 17% w/v PEG 400, 4.8% v/v 2-propanol, and 100 mM CAPSO pH 8.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 72048 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 5.3
反射シェル	解像度: 1.9→1.9715 Å / R_sym value: 0.643

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.903→24.86 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.23

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2229	3429	4.76 %
R_work	0.1798	-	-
obs	0.1819	72048	97.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.903→24.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6468	0	16	532	7016

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6648
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.953	9073
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.439	4291
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1034
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1161

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9034-1.9306	0.3986	81	0.3859	1542	X-RAY DIFFRACTION	53
1.9306-1.9594	0.3881	141	0.345	2590	X-RAY DIFFRACTION	88
1.9594-1.99	0.2933	128	0.2475	2741	X-RAY DIFFRACTION	93
1.99-2.0227	0.2399	143	0.1928	2867	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0227-2.0575	0.2179	127	0.1968	2949	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0575-2.0949	0.2189	164	0.1942	2911	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0949-2.1352	0.2337	155	0.1856	2892	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1352-2.1787	0.205	173	0.1667	2926	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1787-2.2261	0.2037	138	0.1655	2992	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2261-2.2778	0.2661	151	0.1992	2910	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2778-2.3348	0.2314	160	0.1644	2893	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3348-2.3978	0.2077	182	0.1585	2924	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3978-2.4683	0.2349	124	0.1602	2935	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4683-2.5479	0.2259	146	0.164	2981	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5479-2.6389	0.2628	125	0.1769	2931	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6389-2.7444	0.2119	105	0.1775	2974	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7444-2.8692	0.2417	173	0.1991	2906	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8692-3.0202	0.2956	148	0.2046	2953	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0202-3.209	0.2254	142	0.1923	2962	X-RAY DIFFRACTION	100
3.209-3.4562	0.2219	112	0.1931	2984	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4562-3.8029	0.2088	171	0.1804	2931	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8029-4.3507	0.195	157	0.1674	2956	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3507-5.4717	0.1826	129	0.1436	2967	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4717-24.8619	0.2025	154	0.1627	3002	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4162	-0.1975	-0.3208	0.6958	-0.1162	1.0543	-0.0538	0.1531	0.0194	-0.1022	-0.0571	-0.0317	0.0032	-0.4186	-0.0003	0.157	0.0133	-0.0105	0.2649	-0.0179	0.1532	4.4308	6.793	4.6033
2	0.438	0.1025	-0.0033	0.2529	-0.0563	0.1543	-0.0558	0.0964	-0.0857	0.0092	0.0824	0.0671	0.1117	0.2631	-0.0393	0.1782	-0.0043	-0.057	0.3116	-0.0086	0.1806	-23.5242	-8.7273	25.9201
3	0.6983	-0.2482	0.5978	0.3116	-0.5337	0.9037	-0.018	0.0531	0.1705	-0.0562	0.0222	0.096	-0.0996	0.0058	-0.0001	0.1798	0.01	-0.0148	0.2073	0.0009	0.188	-27.3614	-3.4322	24.5093
4	0.4416	0.1555	0.117	0.19	-0.2032	0.2883	0.1161	-0.1328	-0.0055	-0.129	-0.0251	-0.1585	-0.1467	0.1023	0.0002	0.1667	-0.0151	0.0345	0.1738	0.0098	0.2323	7.267	1.6872	30.3402
5	0.0529	0.0282	0.0599	0.1291	0.0488	0.0513	-0.1309	-0.2177	-0.021	-0.0216	0.0386	-0.3078	0.2607	0.5305	-0.0005	0.2517	0.0691	0.0447	0.2549	0.0089	0.2704	18.9444	1.2739	22.1695
6	0.005	0.0353	0.037	0.2198	0.009	0.1687	0.0048	0.3061	0.0391	0.0121	-0.1002	0.2003	0.0371	-0.3028	0.0001	0.1221	0.0077	0.0063	0.1982	-0.0268	0.2158	4.0615	7.7383	20.9683
7	0.096	-0.0846	-0.0974	0.1116	-0.0146	0.5018	-0.1004	-0.0093	0.1242	0.0475	-0.0043	-0.0798	-0.2493	0.2067	-0.0011	0.1328	0.0088	-0.0109	0.1649	0.0145	0.1591	17.1687	11.4686	24.3848
8	0.1454	0.1954	-0.0724	0.2183	-0.1973	0.5344	0.1227	0.0754	0.0523	-0.0099	-0.1267	0.0238	0.0642	-0.0549	-0	0.1197	0.0118	-0.0417	0.0899	-0.0125	0.1336	8.124	7.5337	28.7269
9	0.0296	-0.0088	-0.0195	0.0714	-0.1331	0.1006	0.0812	0.0993	0.1314	-0.0285	-0.028	-0.0215	0.1404	-0.1717	-0.0004	0.1663	-0.0038	0.0212	0.1897	-0.0376	0.2092	1.2075	1.5712	29.5668
10	0.116	-0.1466	0.014	0.1292	-0.0243	0.0248	-0.1456	0.1364	-0.1942	-0.3062	0.0665	0.2246	-0.0665	-0.2491	0.0055	0.146	-0.0106	-0.0494	0.2445	-0.077	0.2172	-24.4135	-17.1238	29.3261
11	0.3612	-0.0042	0.1276	-0.0434	0.0495	0.5153	0.0758	-0.4286	0.2463	-0.1167	-0.0177	-0.1005	-0.0041	-0.0953	0.097	0.1379	0.0079	0.0254	0.1338	-0.0622	0.1806	-12.084	-11.5274	31.6891
12	0.2386	-0.1979	0.1848	0.179	-0.2463	0.1632	-0.0911	-0.0316	0.1032	-0.0815	-0.0293	0.1795	0.0849	0.0517	-0.0001	0.177	0.0085	0.0134	0.1958	-0.0319	0.2139	-13.1213	-6.9751	28.1154
13	0.2285	-0.0374	-0.263	0.0267	0.054	0.1761	0.1236	-0.1356	-0.2033	-0.048	-0.0883	-0.22	-0.0052	-0.0653	-0	0.1617	-0.0049	0.0083	0.1664	-0.0058	0.2418	-14.1242	-19.1796	30.6347
14	0.0751	-0.0636	-0.1117	0.0443	0.1148	0.0948	0.0617	-0.3613	-0.1288	0.4806	-0.1142	0.2528	0.1824	0.0818	0.006	0.2165	0.0271	0.0686	0.2213	0.0307	0.2869	-13.6321	-18.1794	38.201
15	0.0641	0.0094	-0.1088	0.0203	-0.0176	0.1111	0.0876	0.3671	-0.5162	-0.4558	-0.0341	-0.0885	0.0743	0.1258	-0.0127	0.2268	0.0309	-0.0093	0.2129	-0.0067	0.2801	20.2274	4.4002	8.8933
16	0.3252	0.0295	0.1358	0.341	0.2283	0.1622	0.0736	0.1469	0.1221	-0.1938	-0.065	-0.0671	0.0821	0.1708	-0.0002	0.2458	-0.0016	-0.0068	0.2119	-0.0166	0.1751	1.9266	-31.5153	3.7167
17	0.5409	-0.1678	0.1918	0.2579	-0.0691	0.5389	0.0022	0.0308	-0.0401	0.0122	-0.0371	0.0779	-0.0506	0.0159	0	0.1757	-0.0033	-0.0154	0.159	-0.0084	0.1449	2.1199	-25.1847	10.1515
18	0.0469	-0.1056	-0.0291	0.6161	-0.2721	0.3518	0.1393	-0.3493	0.1762	-0.106	-0.0857	-0.0428	-0.0199	-0.0305	0	0.2153	-0.0138	0.0392	0.3175	-0.0311	0.1527	31.587	-11.6593	-9.7953
19	0.3327	0.198	0.0408	1.171	0.0176	1.1762	0.083	-0.1157	-0.0775	-0.1093	0.0678	-0.0707	0.0725	0.0384	0.0001	0.2544	0.0138	0.009	0.2167	-0.0103	0.1648	30.9489	-17.4273	-13.3538
20	0.1889	0.3489	-0.0781	0.4729	-0.1684	0.2917	-0.0695	0.0233	0.2493	0.045	-0.0109	-0.2094	0.0751	-0.0032	-0.0001	0.2142	0.0057	-0.0147	0.1841	-0.0147	0.2374	22.9962	-20.819	22.2787
21	0.0675	-0.0816	-0.1367	0.0451	0.0208	0.2355	-0.072	-0.1525	-0.0388	0.0961	0.0473	0.0083	-0.1116	-0.0719	-0	0.1984	0.0267	0.0224	0.129	-0.0067	0.1931	11.2081	-21.3593	29.2185
22	0.6999	0.023	0.1682	0.3258	-0.373	0.3625	0.0174	0.0082	0.0183	-0.0562	-0.0071	-0.0234	0.0394	-0.026	-0	0.1316	0.0134	0.0116	0.0924	-0.0106	0.1367	17.0426	-28.1224	23.3801
23	0.0318	-0.0036	-0.0141	0.0267	-0.0446	0.0246	-0.1619	-0.0534	0.11	-0.0999	-0.0064	0.1423	-0.0138	-0.0577	0.0001	0.2326	0.0072	0.0048	0.1656	0.0361	0.2132	37.4799	-21.9653	13.1582
24	0.0336	-0.0108	-0.0356	0.0352	-0.0161	0.0273	-0.0469	-0.2112	0.1939	-0.0313	0.0426	-0.091	-0.2396	-0.0664	0.0001	0.2296	0.0258	0.0041	0.1909	0.0208	0.1987	35.1546	-5.8471	-4.8823
25	0.1221	0.1164	0.298	0.1524	-0.0631	0.6332	0.0524	0.0024	0.0213	-0.1817	-0.0231	0.0689	0.1191	-0.0687	0.0001	0.1587	0.0108	0.0189	0.1741	0.0278	0.2334	30.4343	-12.2723	3.657
26	0.0317	-0.0366	-0.0377	0.0511	0.0143	0.0818	-0.0043	0.0995	0.1943	-0.6017	0.1003	-0.4623	-0.0555	0.3183	0.0008	0.3883	0.0064	0.031	0.2402	0.0742	0.2724	30.0614	2.2399	-5.6187
27	0.2089	-0.2916	-0.0443	0.2849	0.1104	0.0964	-0.0446	-0.0025	0.0246	0.2188	0.0185	-0.1761	-0.3395	0.0303	0.0002	0.2321	0.0102	0.0284	0.1922	0.0173	0.1897	36.2439	-4.3764	5.8589
28	-0.0087	-0.0145	-0.014	0.0213	0.0639	0.0172	-0.0051	-0.2744	0.0439	0.1796	-0.0607	0.0557	-0.1057	-0.2772	-0	0.1997	0.0076	0.0095	0.2002	-0.0021	0.1731	-1.1656	-24.9459	24.2497

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resid 1 through 107 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'L' and (resid 108 through 131 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 132 through 212 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 1 through 17 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 18 through 33 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 34 through 45 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 46 through 78 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 79 through 99 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 100 through 119 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resid 120 through 134 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'H' and (resid 135 through 157 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'H' and (resid 158 through 177 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'H' and (resid 178 through 203 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'H' and (resid 204 through 214 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'S' and (resid 0 through 10 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 1 through 28 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 29 through 107 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 108 through 131 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 132 through 211 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'A' and (resid 1 through 17 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'A' and (resid 18 through 33 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'A' and (resid 34 through 109 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'A' and (resid 110 through 119 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'A' and (resid 120 through 143 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'A' and (resid 144 through 177 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'A' and (resid 178 through 194 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'A' and (resid 195 through 214 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'T' and (resid 0 through 10 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)