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- PDB-6crn: Structure of the USP15 deubiquitinase domain in complex with a hi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6crn
タイトルStructure of the USP15 deubiquitinase domain in complex with a high-affinity first-generation Ubv
要素
  • Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
  • Ubiquitin variant 15.2
キーワードSIGNALING PROTEIN / deubiuqitination / Ubv / high-affinity / inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of antifungal innate immune response / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress by p53 class mediator / protein K27-linked deubiquitination / positive regulation of RIG-I signaling pathway / monoubiquitinated protein deubiquitination / ubiquitin-modified histone reader activity / transforming growth factor beta receptor binding / deubiquitinase activity / K48-linked deubiquitinase activity / transcription elongation-coupled chromatin remodeling ...negative regulation of antifungal innate immune response / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress by p53 class mediator / protein K27-linked deubiquitination / positive regulation of RIG-I signaling pathway / monoubiquitinated protein deubiquitination / ubiquitin-modified histone reader activity / transforming growth factor beta receptor binding / deubiquitinase activity / K48-linked deubiquitinase activity / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / SMAD binding / protein deubiquitination / BMP signaling pathway / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / UCH proteinases / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / Ub-specific processing proteases / nuclear body / cysteine-type endopeptidase activity / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like domain, USP-type / Ubiquitin-like domain / Peptidase C19, ubiquitin-specific peptidase, DUSP domain / DUSP-like superfamily / DUSP domain / DUSP domain profile. / Domain in ubiquitin-specific proteases. / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, C-terminal / Ubiquitin-specific protease C-terminal / : ...Ubiquitin-like domain, USP-type / Ubiquitin-like domain / Peptidase C19, ubiquitin-specific peptidase, DUSP domain / DUSP-like superfamily / DUSP domain / DUSP domain profile. / Domain in ubiquitin-specific proteases. / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, C-terminal / Ubiquitin-specific protease C-terminal / : / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Cysteine proteinases / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Singer, A.U. / Teyra, J. / Boehmelt, G. / Lenter, M. / Sicheri, F. / Sidhu, S.S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Structural and Functional Characterization of Ubiquitin Variant Inhibitors of USP15.
著者: Teyra, J. / Singer, A.U. / Schmitges, F.W. / Jaynes, P. / Kit Leng Lui, S. / Polyak, M.J. / Fodil, N. / Krieger, J.R. / Tong, J. / Schwerdtfeger, C. / Brasher, B.B. / Ceccarelli, D.F.J. / ...著者: Teyra, J. / Singer, A.U. / Schmitges, F.W. / Jaynes, P. / Kit Leng Lui, S. / Polyak, M.J. / Fodil, N. / Krieger, J.R. / Tong, J. / Schwerdtfeger, C. / Brasher, B.B. / Ceccarelli, D.F.J. / Moffat, J. / Sicheri, F. / Moran, M.F. / Gros, P. / Eichhorn, P.J.A. / Lenter, M. / Boehmelt, G. / Sidhu, S.S.
履歴
登録2018年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
C: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
D: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
E: Ubiquitin variant 15.2
F: Ubiquitin variant 15.2
G: Ubiquitin variant 15.2
H: Ubiquitin variant 15.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,39712
ポリマ－200,1358
非ポリマー2624
水5,711317
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.770, 98.942, 122.043
Angle α, β, γ (deg.)66.49, 88.31, 78.10
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15 / Deubiquitinating enzyme 15 / Ubiquitin thioesterase 15 / Ubiquitin-specific-processing protease 15 ...Deubiquitinating enzyme 15 / Ubiquitin thioesterase 15 / Ubiquitin-specific-processing protease 15 / Unph-2 / Unph4


分子量: 40959.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: USP15, KIAA0529 / プラスミド: pHH0103
詳細 (発現宿主): N-terminal GST with a His tag and a TEV cleavage site
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y4E8, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: タンパク質
Ubiquitin variant 15.2 / Ubv 15.2


分子量: 9074.376 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This is a Ubv (ubiquitin variant) selected by phage display to bind the USP15 USP domain with high affinity
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Ubb / プラスミド: modified pET53
詳細 (発現宿主): N-terminal His tag, TEV cleavage site
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.32 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 24% PDG3350, 200 mM Potassium Citrate tribasic, 100 mM MES 6.5, cryoprotected in 21% PEG3350, 100 mM Potassium Citrate tribasic, 100 mM MES 6.5, 25% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月15日 / 詳細: Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→111.72 Å / Num. obs: 92086 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 2.1 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.11→2.14 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.815 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 612 / CC1/2: 0.419 / % possible all: 63.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 2Y6E and a SwissModeller model of the 15.13 Ubvc

2y6e


解像度: 2.5→111.72 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2355 2878 5.12 %
Rwork0.188 --
obs0.1904 56174 92.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→111.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13091 0 4 317 13412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813451
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25318217
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.94110113
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0791978
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072358
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.20860.0396-0.05170.2087-0.10090.3124-0.0198-0.1114-0.06610.1660.00620.0432-0.0166-0.0205-00.15050.01710.00230.20080.06180.114377.34-161.8295-10.8572
20.17230.13420.29290.17580.08970.0552-0.3661-0.0807-0.206-0.27270.2911-0.3421-0.1993-0.176-00.06650.0443-0.10860.17910.02780.077174.1554-151.6502-25.3594
30.18840.28280.00550.23410.12260.15690.0398-0.0125-0.0962-0.0487-0.0577-0.05470.0352-0.0432-00.1205-0.00880.02090.1757-0.01850.207792.2587-184.5464-51.255
40.03-0.1153-0.19550.3-0.08570.33480.0961-0.13740.1246-0.0729-0.12130.0286-0.1488-0.0459-00.20080.0258-0.01730.12840.02190.180495.3748-165.0343-55.5362
5-0.0283-0.046-0.02490.0811-0.02710.05180.0720.10460.113-0.1662-0.32330.0079-0.01320.006-00.1230.0003-0.06290.1744-0.10.292291.4101-106.9936-66.5225
60.041-0.0744-0.07950.1351-0.01110.07450.09890.04820.2815-0.0277-0.3159-0.07770.17660.082500.1703-0.0571-0.01130.1329-0.09460.238892.9553-108.7043-56.9097
7-0.1130.00680.0941-0.0595-0.12660.1027-0.03860.969-0.34190.2256-0.75990.39060.3852-0.4326-00.3379-0.27670.1423-0.36340.06170.195193.8341-128.8158-47.3313
80.02750.0469-0.00880.04610.0640.0271-0.08560.50130.4995-0.1176-0.5588-0.46430.71910.240800.1077-0.122-0.10810.1181-0.26880.032696.2921-125.6322-68.9821
90.006-0.01120.0027-0.00420.00310.00750.0251-0.04090.0694-0.00260.05710.0335-0.1392-0.126600.19330.0631-0.04380.3034-0.0050.320567.3843-117.404-94.7592
100.0165-0.0911-0.01320.0661-0.05230.06590.1957-0.00790.0486-0.2955-0.18760.0657-0.1526-0.283500.19380.0935-0.10830.04560.5642-0.923574.6715-126.7211-102.5272
110.00220.0013-0.0080.0050.01030.0046-0.01620.22110.0239-0.04680.0525-0.14450.11330.0164-00.380.09050.06330.21850.00480.164789.8362-148.9249-102.221
12-0.0180.0058-0.06870.00140.0079-0.0417-0.21330.13230.09820.0486-0.37620.16040.3157-0.013500.2737-0.25320.4689-0.24780.4759-0.427676.6781-148.1158-88.6287
130.00320.00890.00240.0089-0.00430.0038-0.0482-0.0155-0.00060.0749-0.10390.0344-0.05440.003700.498-0.06980.46330.5749-0.55930.446472.4757-161.9224-96.1636
140.0192-0.0151-0.00710.0921-0.07910.0173-0.0934-0.0196-0.08230.14160.09350.01370.1316-0.0098-00.16390.00140.01830.19260.01830.15771.833-141.7351-85.0688
150.0242-0.04150.01620.09020.04310.0946-0.12840.05690.03060.09060.1075-0.05540.0622-0.108300.07950.0195-0.010.1898-0.0090.147873.3847-128.7381-83.9617
160.0026-0.0042-0.0009-0.00180.00180.001-0.0423-0.05070.01590.0562-0.0607-0.02770.006-0.0194-00.6045-0.1025-0.09150.37450.05910.304196.2208-116.5001-28.5096
170.0004-0.00020.00040.0031-0.00120.00110.0030.00230.0036-0.00490.00750.0005-0.00340.010900.99350.066-0.05240.94460.24481.0817111.9438-118.6802-31.9919
18-0.0017-0.0033-0.0019-0.0022-0.00490.0042-0.0313-0.0734-0.05250.0006-0.1486-0.035-0.0199-0.063600.5535-0.0494-0.08110.455-0.00290.386496.4227-111.7546-28.1896
190.00260.0046-00.00390.0019-0.0008-0.036-0.0683-0.0477-0.028-0.0773-0.0149-0.0487-0.004-00.6422-0.1186-0.11160.38140.01610.4431103.0655-106.6213-28.6832
200.0010.0012-0.00060.0011-0.00020.0012-0.0081-0.0098-0.008-0.0176-0.0067-0.0062-0.0020.019900.617-0.1334-0.12890.42430.15420.7443110.3749-103.6375-32.5267
21-0.00170.00280.00020.0022-0.00090.003-0.03680.01270.00410.0372-0.0525-0.0338-0.03470.0202-00.5862-0.17630.04460.37520.09650.4498102.0076-111.8291-41.0332
220.0039-0.00160.00590.00190.00640.0118-0.00730.05510.01120.0935-0.08540.02790.0914-0.0600.546-0.0763-0.05770.28110.05730.375193.4377-110.7305-37.1148
230.0035-0.0003-0.0030.00050.0021-0.00060.02250.00320.0080.00180.0191-0.03210.00240.0513-00.4794-0.2291-0.05970.4551-0.04580.5262104.9914-114.941-36.574
24-0.0004-0.00280.00330.0068-0.0032-0.0013-0.0312-0.012-0.0235-0.0652-0.0974-0.08640.06220.026300.52010.05260.03860.2470.09930.3713102.8088-175.0527-82.4514
25-0.0023-0.00140.00330.00070.0055-0.00860.02140.09360.0509-0.0219-0.01690.00440.1441-0.1798-00.73570.09680.05480.3903-0.00360.48396.65-180.792-84.2462
26-0.0016-0.0027-0.00150.00240.00120.00160.0250.03350.00570.03110.0224-0.04880.05820.021700.83310.18120.28820.26290.1260.2593103.3962-185.9432-83.7652
27-0.0008-0.00370.00330.0023-0.00160.0026-0.1233-0.1197-0.023-0.0154-0.1197-0.1275-0.0248-0.065700.69770.29880.14890.38360.18970.5307105.1661-183.7488-74.4695
28-0.0021-0.0006-0.00820.00440.0080.0074-0.0137-0.1116-0.0285-0.0841-0.08280.0285-0.0923-0.059700.46220.08680.03550.22860.04490.18793.5139-181.3098-75.6602
290.00010.00050.00310.00130.00310.00130.04620.0111-0.03010.03080.0344-0.06040.0076-0.007800.68660.0819-0.08960.40930.11160.5245106.8445-179.7235-74.8834
300.00370.0002-0.001-0.00090.00160.00180.0232-0.0202-0.0207-0.04020.04970.01160.0356-0.028-00.7712-0.1254-0.0110.7104-0.15710.841274.3599-159.7803-111.3448
310.0019-0.00760.00210.0387-0.01460.0074-0.004-0.01240.0046-0.00160.00610.00610.00810.011101.0503-0.0461-0.13581.1979-0.03481.125660.0158-160.1687-106.1245
32-0.00130.0032-0.00270.00460.00630.00260.04910.035-0.03150.0243-0.01430.00380.0117-0.0006-01.0621-0.096-0.03570.689-0.0610.754974.8349-157.9481-115.8956
33-0.00030.00060.0050.0001-0.0010.0022-0.07320.0587-0.00540.0018-0.04120.0291-0.0052-0.009200.9414-0.0817-0.28970.7928-0.25690.714667.6268-155.8303-120.3505
340.00070.00030.00170.01340.0008-0.00020.02110.0066-0.0024-0.01010.01450.01260.0016-0.0168-01.4555-0.0804-0.26641.4095-0.00851.477960.6047-152.2594-119.6148
35-0.0001-0.00260.0020.00150.0009-0.00110.01290.0050.00990.02280.0090.02870.0013-0.0044-01.00310.3212-0.17170.814-0.19650.941869.3867-147.0351-107.8215
360.0014-0.00180.0120.00530.0077-0.0014-0.01270.02570.02210.00670.00380.07710.0394-0.0301-00.74870.09870.01360.4578-0.08920.520574.5716-150.6972-111.1926
370.001-0.0014-0.001-0.00130.00340.0015-0.00340.01490.00280.00010.01220.0036-0.0121-0.0366-00.8480.10570.11220.8734-0.23880.707974.8136-132.7942-0.7452
380.0043-0.00330.0009-0.00040.0068-0.00030.04890.0070.01270.01860.07080.0141-0.014-0.02200.9490.18580.15810.8172-0.18880.889768.5452-132.1681-0.1223
390.00960.0042-0.00210.0056-0.00180.0014-0.01320.01470.01550.0044-0.0081-0.0077-0.0127-0.004800.98290.16330.09420.8942-0.2650.685479.3625-139.60667.1959
40-0.0006-0.0003-0.0028-0.0014-0.00190.00120.0445-0.0240.0425-0.00160.05460.0444-0.0043-0.0065-00.96590.39180.25890.9961-0.27780.836365.9158-137.988.037
41-0.00040.0011-0.0005-0.00020.00060.00060.009-0.02060.0129-0.0357-0.0076-0.00440.0002-0.004500.793-0.00180.10570.9627-0.20340.903769.769-145.251-4.8093
420.0045-0.0037-0.00630.00150.00740.00870.0516-0.10460.0531-0.0434-0.02120.0099-0.0553-0.0613-00.6279-0.00460.10640.4954-0.06240.633477.444-142.59850.0389
430.0004-0.00060.00010.00150.0004-0.0022-0.00340.00650.009-0.0032-0.0084-0.0047-0.01-0.0182-00.6396-0.02850.10650.7235-0.10530.942264.4262-139.9266-3.1556
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 280 through 429 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 430 through 626 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 277 through 414 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 415 through 623 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 277 through 336 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 337 through 414 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 415 through 526 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 527 through 623 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 280 through 299 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 300 through 396 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 397 through 429 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 430 through 485 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 486 through 508 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 509 through 554 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 555 through 626 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid -2 through 6 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 7 through 11 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 12 through 22 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 23 through 34 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 35 through 40 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 41 through 49 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 50 through 64 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 65 through 71 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid -1 through 11 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 12 through 22 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 23 through 34 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 35 through 50 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 51 through 65 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 66 through 72 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'G' and (resid -1 through 6 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 7 through 11 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'G' and (resid 12 through 22 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 23 through 34 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resid 35 through 41 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'G' and (resid 42 through 50 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'G' and (resid 51 through 70 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'H' and (resid -1 through 6 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'H' and (resid 7 through 17 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'H' and (resid 18 through 22 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'H' and (resid 23 through 39 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'H' and (resid 42 through 50 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'H' and (resid 51 through 65 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'H' and (resid 66 through 72 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る