PDB-6cr1: adalimumab EFab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cr1

タイトル

adalimumab EFab

要素

Heavy chain of adalimumab EFab (VH-IgE CH2)
Light chain of adalimumab EFab (VL-IgE CH2)

キーワード

IMMUNE SYSTEM / EFab / IgE

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / NITRATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.521 Å

データ登録者

Arndt, J.W.

引用

ジャーナル: MAbs / 年: 2018
タイトル: EFab domain substitution as a solution to the light-chain pairing problem of bispecific antibodies.
著者: Cooke, H.A. / Arndt, J. / Quan, C. / Shapiro, R.I. / Wen, D. / Foley, S. / Vecchi, M.M. / Preyer, M.

履歴

登録	2018年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月3日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2018年11月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cr1.cif.gz	174.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cr1.ent.gz	136.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cr1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6cr1_validation.pdf.gz	453.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cr1_full_validation.pdf.gz	461.5 KB	表示
XML形式データ	6cr1_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	6cr1_validation.cif.gz	35.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/6cr1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/6cr1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wqrS 4nylS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1m71-d 5vz1-2 1iqw-d 6e65-d 1onq-2 5c9j-d 6cdp-d 4z0b-d 1m7d-d 3uyr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Light chain of adalimumab EFab (VL-IgE CH2)

H: Heavy chain of adalimumab EFab (VH-IgE CH2)

ヘテロ分子

48.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.413, 195.846, 48.779
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	L-605- HOH
2	1	L-616- HOH
3	1	H-412- HOH
4	1	H-483- HOH
5	1	H-508- HOH
6	1	H-536- HOH

#1: 抗体	Light chain of adalimumab EFab (VL-IgE CH2) 分子量: 22934.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	Heavy chain of adalimumab EFab (VH-IgE CH2) 分子量: 25354.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.34 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 15% PEG 3350 and 0.25M potassium nitrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.52→30 Å / Num. obs: 96198 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 1.52→1.54 Å / CC_1/2: 0.684

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NYL, 2WQR

4nyl

2wqr

解像度: 1.521→24.898 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.17

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1787	4698	5.09 %
R_work	0.1526	-	-
obs	0.1539	92219	99.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.521→24.898 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3298	0	15	496	3809

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	3476
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.427	4751
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.123	2733
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	541
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	611

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5205-1.5378	0.3472	156	0.3033	2865	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5378-1.5559	0.2842	175	0.2574	2869	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5559-1.5749	0.2774	141	0.229	2846	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5749-1.5948	0.217	143	0.2154	2899	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5948-1.6158	0.2669	146	0.1957	2902	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6158-1.6379	0.203	148	0.1847	2863	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6379-1.6613	0.2218	180	0.1802	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6613-1.6861	0.2466	144	0.1687	2873	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6861-1.7124	0.1692	149	0.158	2863	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7124-1.7405	0.1872	181	0.1449	2876	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7405-1.7705	0.1981	156	0.1474	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7705-1.8027	0.1966	173	0.1427	2901	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8027-1.8374	0.1522	141	0.1387	2859	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8374-1.8749	0.1492	172	0.1345	2924	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8749-1.9156	0.1828	158	0.1306	2882	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9156-1.9601	0.1592	147	0.1173	2917	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9601-2.0091	0.1467	172	0.1222	2894	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0091-2.0634	0.1717	135	0.1247	2923	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0634-2.1241	0.143	163	0.128	2926	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1241-2.1927	0.1575	140	0.1253	2914	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1927-2.271	0.1674	169	0.129	2918	X-RAY DIFFRACTION	100
2.271-2.3618	0.1626	145	0.1432	2943	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3618-2.4692	0.1774	176	0.1417	2927	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4692-2.5993	0.1613	161	0.144	2929	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5993-2.7619	0.1751	164	0.1553	2949	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7619-2.9749	0.2094	142	0.1701	2972	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9749-3.2737	0.2018	158	0.1698	2976	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2737-3.746	0.1493	156	0.1504	3007	X-RAY DIFFRACTION	100
3.746-4.7143	0.1579	148	0.1423	3012	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7143-24.901	0.1928	159	0.1681	3143	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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