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- PDB-6cq2: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis Topoisomerase I i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cq2
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis Topoisomerase I in complex with oligonucleotide MTS2-12 and Magnesium
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*A)-3')
  • DNA topoisomerase 1
キーワードISOMERASE/DNA / Mycobacterium tuberculosis / Topoisomerase I / co-crystallization / complex with oligonucleotide and Magnesium / ISOMERASE / ISOMERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ribonuclease activity / DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / magnesium ion binding / DNA binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Topoisomerase C-terminal repeat / Topoisomerase C-terminal repeat / DNA topoisomerase I, bacterial-type / DNA topoisomerase I, type IA / DNA topoisomerase 1, TOPRIM domain / Topoisomerase I, domain 3 / Topoisomerase I; domain 2 / Topoisomerase I, domain 2 / Rossmann fold - #140 / Topoisomerase I; domain 4 ...Topoisomerase C-terminal repeat / Topoisomerase C-terminal repeat / DNA topoisomerase I, bacterial-type / DNA topoisomerase I, type IA / DNA topoisomerase 1, TOPRIM domain / Topoisomerase I, domain 3 / Topoisomerase I; domain 2 / Topoisomerase I, domain 2 / Rossmann fold - #140 / Topoisomerase I; domain 4 / Topoisomerase I, domain 4 / DNA topoisomerase, type IA / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 2 / DNA topoisomerase, type IA, active site / Topoisomerase (Topo) IA-type active site signature. / Topoisomerase (Topo) IA-type catalytic domain profile. / Topoisomerase I; domain 3 / DNA topoisomerase, type IA, domain 2 / DNA topoisomerase, type IA, DNA-binding domain / DNA topoisomerase, type IA, central / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 1 / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 3 / DNA topoisomerase, type IA, core domain / DNA topoisomerase / Bacterial DNA topoisomeraes I ATP-binding domain / Bacterial DNA topoisomerase I DNA-binding domain / TOPRIM / Toprim domain / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Distorted Sandwich / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / DNA topoisomerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.004 Å
データ登録者Cao, N. / Thirunavukkaraus, A. / Tan, K. / Tse-Dinh, Y.-C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM054226 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
TB Alliance 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Investigating mycobacterial topoisomerase I mechanism from the analysis of metal and DNA substrate interactions at the active site.
著者: Cao, N. / Tan, K. / Annamalai, T. / Joachimiak, A. / Tse-Dinh, Y.C.
履歴
登録2018年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 1
B: DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,9447
ポリマ－81,7522
非ポリマー1925
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area32620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.625, 44.683, 128.866
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 1 / DNA topoisomerase I / Omega-protein / Relaxing enzyme / Swivelase / Untwisting enzyme


分子量: 77843.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: topA, Rv3646c, MTCY15C10.06 / プラスミド: PET-HIS6-MOCR TEV-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WG49, DNA topoisomerase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*A)-3')


分子量: 3908.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.35 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Sodium Acetate, 0.1 M MES NaOH, 30% (w/v) PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月10日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→37.5 Å / Num. obs: 15372 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.091 / Rrim(I) all: 0.161 / Χ2: 1.21 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 3→3.07 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.816 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 967 / CC1/2: 0.5 / Rpim(I) all: 0.565 / Χ2: 0.839 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化解像度: 3.004→37.279 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.45
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 735 4.79 %random
Rwork0.1885 ---
obs0.1916 15348 97.21 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.004→37.279 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5289 202 9 14 5514
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025623
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4187682
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1833369
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037867
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004976
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0038-3.23560.32941500.27142842X-RAY DIFFRACTION96
3.2356-3.5610.38771430.23912901X-RAY DIFFRACTION98
3.561-4.07570.26271240.19652971X-RAY DIFFRACTION99
4.0757-5.13290.23651590.16052915X-RAY DIFFRACTION98
5.1329-37.28230.19191590.16492984X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.50823.3362-1.23364.9845-0.94363.32850.0694-0.69020.12150.43560.06220.4654-0.1509-0.4738-0.10.4410.1306-0.05610.49490.00930.22919.53534.145261.1706
21.6965-0.4707-0.73792.4947-1.60625.50940.0321-0.0884-0.1805-0.01730.0658-0.02310.1492-0.2087-0.07560.2446-0.0165-0.12380.2244-0.07150.277324.27171.778746.8423
30.92470.78240.21940.22990.57594.973-0.04630.2062-0.0475-0.40040.04730.06790.0927-0.31750.03440.73440.086-0.05070.2988-0.01210.37510.0982-6.209812.9104
47.56871.08280.27888.17571.82027.1467-0.0597-0.0215-0.2990.31890.01860.42360.9577-1.36280.04180.7081-0.1964-0.01240.68920.08940.3143-1.837-10.628937.7117
51.07370.71751.09871.62911.31693.12610.0087-0.0037-0.1977-0.3630.0998-0.05270.2057-0.1708-0.12620.63570.02980.03340.3665-0.04330.308917.1824-3.115121.5748
62.70970.85380.33736.5574-2.81732.2373-0.0920.1910.2886-1.6689-0.3265-1.39060.23131.13460.37470.7972-0.15350.24030.7629-0.12230.573444.00469.172236.0241
75.46860.07911.9596.75071.26594.73270.2054-0.1460.3864-0.18460.0551-0.2929-0.37180.0561-0.25141.0088-0.07660.10930.46240.03910.363731.597726.686514.2433
83.18563.5714-2.28174.0483-2.90874.79330.0841-0.77711.09021.39550.39580.8595-2.1576-1.2334-0.30650.46230.4448-0.0540.54920.13020.603318.139111.004348.1965
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 16 through 127 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 128 through 211 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 212 through 351 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 352 through 431 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 432 through 608 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 609 through 643 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 644 through 704 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 10 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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