PDB-6coc: AtHNL enantioselectivity mutant At-A9-H7 Apo, Y13C,Y121L,P126F,L1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6coc

タイトル

AtHNL enantioselectivity mutant At-A9-H7 Apo, Y13C,Y121L,P126F,L128W,C131T,F179L,A209I with benzaldehyde

要素

Alpha-hydroxynitrile lyase

キーワード

LYASE / alpha beta hydrolase globular hydroxynitrile lyase

機能・相同性

機能・相同性情報

mandelonitrile lyase activity / (R)-mandelonitrile lyase / glycoside catabolic process / response to wounding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Jones, B.J. / Kazlauskas, R.J. / Desrouleaux, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: AtHNL enantioselectivity mutants
著者: Jones, B.J. / Desrouleaux, R. / Kazlauskas, R.J.

履歴

登録	2018年3月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月10日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6coc.cif.gz	227.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6coc.ent.gz	180.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6coc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6coc_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6coc_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	6coc_validation.xml.gz	25.5 KB	表示
CIF形式データ	6coc_validation.cif.gz	36.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/6coc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/6coc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6cobC 6codC 6coeC 6cofC 6cogC 6cohC 6coiC 3dqzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6coi-d 6coh-d 3wwp-3 1y7i-d 1eb8-d 3dqz-1 1dwq-d 6cob-d 5tdx-2 5tdx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Alpha-hydroxynitrile lyase

B: Alpha-hydroxynitrile lyase

ヘテロ分子

59.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.560, 86.720, 122.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Alpha-hydroxynitrile lyase / AtHNL / (R)-hydroxynitrile lyase / (R)-oxynitrilase / Methylesterase 5 / AtMES5 分子量: 29442.980 Da / 分子数: 2 / 断片: AtHNL / 変異: Y13C,Y121L,P126F,L128W,C131T,F179L,A209I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: HNL, MES5, At5g10300, F18D22_70 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9LFT6, (R)-mandelonitrile lyase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-HBX / benzaldehyde / ベンズアルデヒド分子量: 106.122 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.76 % / Mosaicity: 0.355 ° / Mosaicity esd: 0.006 °
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M bis-tris, 17% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月26日

放射

モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.93→50 Å / Num. obs: 40386 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.097 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 249117

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.93-1.96	6	0.842	2002	0.74	0.372	0.922	0.949	100
1.96-2	6.1	0.768	1989	0.751	0.336	0.84	0.936	99.8
2-2.04	6.3	0.63	1975	0.829	0.272	0.688	0.992	99.9
2.04-2.08	6.2	0.582	1987	0.833	0.252	0.635	0.982	99.9
2.08-2.12	6.2	0.462	1994	0.896	0.2	0.505	0.989	99.9
2.12-2.17	6.2	0.417	1996	0.902	0.18	0.455	1.001	99.9
2.17-2.23	6.2	0.331	1985	0.941	0.143	0.362	0.997	100
2.23-2.29	6.2	0.298	1966	0.952	0.129	0.326	1.015	100
2.29-2.36	6.1	0.26	2041	0.962	0.114	0.285	1.008	100
2.36-2.43	6	0.219	1973	0.971	0.097	0.24	0.999	99.8
2.43-2.52	5.8	0.188	1978	0.979	0.085	0.207	1.004	99.7
2.52-2.62	5.1	0.148	2033	0.983	0.072	0.166	0.992	99.9
2.62-2.74	6	0.133	2009	0.989	0.059	0.145	0.954	100
2.74-2.88	6.7	0.113	2000	0.993	0.047	0.122	1.01	100
2.88-3.06	6.7	0.091	2037	0.996	0.038	0.098	0.967	100
3.06-3.3	6.6	0.068	2037	0.997	0.029	0.074	0.994	100
3.3-3.63	6.6	0.051	2020	0.998	0.021	0.055	0.993	100
3.63-4.16	6.3	0.038	2076	0.999	0.016	0.042	1.003	100
4.16-5.24	5.5	0.03	2068	0.999	0.014	0.034	0.997	99.9
5.24-50	6.3	0.031	2220	0.999	0.013	0.034	1.007	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdbid 3DQZ

3dqz

解像度: 1.93→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 6.412 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.13
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1901	2006	5 %	RANDOM
R_work	0.1383	-	-	-
obs	0.1409	38317	99.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.47 Å² / B_iso mean: 30.417 Å² / B_iso min: 13.41 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.53 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.93→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4124	0	68	343	4535
B_iso mean	-	-	64.13	40.93	-
残基数	-	-	-	-	519

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.019	4419
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4213
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.36	1.974	5971
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.184	3	9744
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.693	5	545
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.928	24.074	189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.918	15	788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.087	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.148	0.2	641
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	4965
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1025

LS精密化シェル

解像度: 1.93→1.98 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	132	-
R_work	0.226	2774	-
all	-	2906	-
obs	-	-	98.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6117	0.0265	0.0353	0.2682	0.2085	0.4172	-0.0118	0.084	0.0583	-0.0351	-0.016	0.0034	-0.011	-0.0279	0.0279	0.015	-0.004	-0.0008	0.0192	0.0046	0.0094	-8.1272	-2.5637	3.3448
2	0.8548	0.0662	0.2354	0.5002	-0.0522	0.0749	0.0121	-0.1203	-0.0152	0.0205	-0.0158	-0.055	0.0012	-0.0331	0.0037	0.007	-0.0049	-0.0067	0.0266	-0.0065	0.0252	9.471	-7.5111	32.9928

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 260
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 259

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)