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万見
- PDB-6clz: MT1-MMP HPX domain with Blade 4 Loop Bound to Nanodiscs -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6clz
タイトルMT1-MMP HPX domain with Blade 4 Loop Bound to Nanodiscs
要素
  • Apolipoprotein A-I
  • Matrix metalloproteinase-14
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / MT1-MMP / MMP-14 / Nanodisc / lipids / peripheral membrane protein / protease domain
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane-type matrix metalloproteinase-1 / craniofacial suture morphogenesis / positive regulation of macrophage migration / macropinosome / Defective ABCA1 causes TGD / Scavenging by Class B Receptors / HDL clearance / high-density lipoprotein particle receptor binding / spherical high-density lipoprotein particle / positive regulation of hydrolase activity ...membrane-type matrix metalloproteinase-1 / craniofacial suture morphogenesis / positive regulation of macrophage migration / macropinosome / Defective ABCA1 causes TGD / Scavenging by Class B Receptors / HDL clearance / high-density lipoprotein particle receptor binding / spherical high-density lipoprotein particle / positive regulation of hydrolase activity / negative regulation of response to cytokine stimulus / regulation of intestinal cholesterol absorption / head development / protein oxidation / vitamin transport / chondrocyte proliferation / cholesterol import / high-density lipoprotein particle binding / astrocyte cell migration / ABC transporters in lipid homeostasis / response to odorant / blood vessel endothelial cell migration / tissue remodeling / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / apolipoprotein receptor binding / apolipoprotein A-I receptor binding / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of cell adhesion molecule production / HDL assembly / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / peptidyl-methionine modification / phosphatidylcholine biosynthetic process / glucocorticoid metabolic process / negative regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of protein processing / acylglycerol homeostasis / Chylomicron remodeling / phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activator activity / positive regulation of phospholipid efflux / Chylomicron assembly / positive regulation of cholesterol metabolic process / lipid storage / high-density lipoprotein particle clearance / phospholipid homeostasis / chylomicron / endochondral ossification / high-density lipoprotein particle remodeling / phospholipid efflux / chemorepellent activity / very-low-density lipoprotein particle / reverse cholesterol transport / cholesterol transfer activity / high-density lipoprotein particle assembly / low-density lipoprotein particle / positive regulation of CoA-transferase activity / lipoprotein biosynthetic process / cholesterol transport / embryonic cranial skeleton morphogenesis / high-density lipoprotein particle / regulation of Cdc42 protein signal transduction / triglyceride homeostasis / zymogen activation / HDL remodeling / endothelial cell proliferation / intermediate filament cytoskeleton / negative regulation of interleukin-1 beta production / Scavenging by Class A Receptors / cholesterol efflux / positive regulation of B cell differentiation / negative chemotaxis / adrenal gland development / positive regulation of Rho protein signal transduction / branching morphogenesis of an epithelial tube / cholesterol binding / positive regulation of myotube differentiation / negative regulation of Notch signaling pathway / Activation of Matrix Metalloproteinases / endodermal cell differentiation / cholesterol biosynthetic process / metalloaminopeptidase activity / Collagen degradation / collagen catabolic process / endocytic vesicle / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of cholesterol efflux / extracellular matrix disassembly / regulation of protein localization to plasma membrane / Scavenging of heme from plasma / response to mechanical stimulus / Retinoid metabolism and transport / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / ovarian follicle development / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of stress fiber assembly / endocytic vesicle lumen / heat shock protein binding / Degradation of the extracellular matrix / cholesterol metabolic process / extracellular matrix organization / extracellular matrix
類似検索 - 分子機能
Peptidase M10A, matrix metallopeptidase, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3377) / 4 Propeller / Hemopexin / Hemopexin-like domain / PGBD superfamily / Apolipoprotein A/E / Apolipoprotein A1/A4/E domain / Peptidoglycan binding-like / Hemopexin, conserved site ...Peptidase M10A, matrix metallopeptidase, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3377) / 4 Propeller / Hemopexin / Hemopexin-like domain / PGBD superfamily / Apolipoprotein A/E / Apolipoprotein A1/A4/E domain / Peptidoglycan binding-like / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Putative peptidoglycan binding domain / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / PGBD-like superfamily / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Apolipoprotein A-I / Matrix metalloproteinase-14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Marcink, T.C. / Van Doren, S.R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA098799 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)S10 RR022341 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: MT1-MMP Binds Membranes by Opposite Tips of Its beta Propeller to Position It for Pericellular Proteolysis.
著者: Marcink, T.C. / Simoncic, J.A. / An, B. / Knapinska, A.M. / Fulcher, Y.G. / Akkaladevi, N. / Fields, G.B. / Van Doren, S.R.
履歴
登録2018年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix metalloproteinase-14
B: Apolipoprotein A-I
C: Apolipoprotein A-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,023223
ポリマ－72,9563
非ポリマー148,067220
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: The protein's NMR rotational correlation time increased upon addition of nanodiscs indicating interactions between the molecules. Furthermore, ultra-centrifugation, fluorescence, and ...根拠: The protein's NMR rotational correlation time increased upon addition of nanodiscs indicating interactions between the molecules. Furthermore, ultra-centrifugation, fluorescence, and mutagenesis were used to demonstrate the association with vesicles in the orientation determined by NMR.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Matrix metalloproteinase-14 / MMP-14 / MMP-X1 / Membrane-type matrix metalloproteinase 1 / MTMMP1 / Membrane-type-1 matrix ...MMP-14 / MMP-X1 / Membrane-type matrix metalloproteinase 1 / MTMMP1 / Membrane-type-1 matrix metalloproteinase / MT1MMP


分子量: 23131.346 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 316-511 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MMP14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P50281, membrane-type matrix metalloproteinase-1
#2: タンパク質 Apolipoprotein A-I / ApoA-I / Apolipoprotein A1


分子量: 24912.156 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 79-267 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02647
#3: 化合物...
ChemComp-PX4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / ジミリストイルホスファチジルコリン


分子量: 678.940 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H73NO8P / コメント: DMPC, リン脂質*YM
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic1HMQC
121isotropic1TROSY
131isotropic1CPMG-HMQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 20 mM Tris-HCl, 300 mM NaCl, 0.02 % sodium azide, 93 % H2O, 7 % [U-100% 2H] D2O, 90 uM 2H, 13C, 15N MT1-MMP hemopexin-like domain, 180 uM MSP1D1, 14.4 mM PX4, 93% H2O/7% D2O
詳細: 300 mM NaCl was used to reduce affinity of HPX to the nanodisc and recover sample. Shaped NMR tubes were used to obtain better spectra.
Label: 2H, 13C, 15N / 溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMTris-HClnatural abundance1
300 mMNaClnatural abundance1
0.02 %sodium azidenatural abundance1
93 %H2Onatural abundance1
7 %D2O[U-100% 2H]1
90 uMMT1-MMP hemopexin-like domain2H, 13C, 15N1
180 uMMSP1D1natural abundance1
14.4 mMPX4natural abundance1
試料状態詳細: MT1-MMP hemopxin-like domain was along with MSP1D1 and PX4 lipids were in a buffer containing 300 mM NaCl, 0.02% sodium azide, 93% water, 7% D2O, 20 mM Tris-HCl pH 7.2
イオン強度: 300 mM / Label: NMR Buffer / pH: 7.2 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.2Bruker解析
Analysis2.4CCPNデータ解析
HADDOCKHADDOCK2.1Bonvinstructure calculation
NAMDNAMD2.1 with CUDA GPU processingTheoretical and Computational Biophysics Group in the Beckman Institute for Advanced Science and Technology at the University of Illinois at Urbana-Champaignstructure calculation
NAMDNAMD2.1 with CUDA GPU processingTheoretical and Computational Biophysics Group in the Beckman Institute for Advanced Science and Technology at the University of Illinois at Urbana-Champaign精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 5 / 詳細: restrained molecular dynamics
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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