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- PDB-2jkr: AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE with Dileucine peptide RM(phosphoS)QIKRLLSE -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2jkr | ||||||
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Title | AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE with Dileucine peptide RM(phosphoS)QIKRLLSE | ||||||
![]() |
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![]() | ENDOCYTOSIS / ALTERNATIVE SPLICING / PHOSPHOPROTEIN / PHOSPHORYLATION / PROTEIN TRANSPORT / ADAPTOR / MEMBRANE / TRANSPORT / COATED PIT / CELL MEMBRANE / LIPID-BINDING | ||||||
Function / homology | ![]() Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / VLDLR internalisation and degradation / Retrograde neurotrophin signalling / Nef Mediated CD8 Down-regulation ...Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / VLDLR internalisation and degradation / Retrograde neurotrophin signalling / Nef Mediated CD8 Down-regulation / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Retrograde neurotrophin signalling / clathrin adaptor complex / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / VLDLR internalisation and degradation / MHC class II antigen presentation / Recycling pathway of L1 / AP-2 adaptor complex / helper T cell enhancement of adaptive immune response / interleukin-16 binding / interleukin-16 receptor activity / regulation of vesicle size / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / Recycling pathway of L1 / maintenance of protein location in cell / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / T cell selection / Retrograde neurotrophin signalling / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / clathrin-coated endocytic vesicle / LDL clearance / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin adaptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / vesicle budding from membrane / MHC class II protein binding / membrane coat / clathrin-dependent endocytosis / MHC class II antigen presentation / coronary vasculature development / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / interleukin-15-mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte differentiation / signal sequence binding / Nef Mediated CD4 Down-regulation / endolysosome membrane / Alpha-defensins / positive regulation of kinase activity / aorta development / negative regulation of protein localization to plasma membrane / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / regulation of T cell activation / ventricular septum development / T cell receptor complex / extracellular matrix structural constituent / Other interleukin signaling / low-density lipoprotein particle receptor binding / clathrin binding / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Recycling pathway of L1 / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / regulation of calcium ion transport / positive regulation of receptor internalization / macrophage differentiation / Generation of second messenger molecules / synaptic vesicle endocytosis / T cell differentiation / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / PD-1 signaling / positive regulation of protein kinase activity / Binding and entry of HIV virion / coreceptor activity / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein serine/threonine kinase binding / clathrin-coated pit / vesicle-mediated transport / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / T cell activation / MHC class II antigen presentation / positive regulation of interleukin-2 production / VLDLR internalisation and degradation / Neutrophil degranulation / phosphatidylinositol binding / protein tyrosine kinase binding / secretory granule / kidney development / Vpu mediated degradation of CD4 / calcium-mediated signaling / intracellular protein transport / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / terminal bouton / receptor internalization / cytoplasmic side of plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Owen, D.J. / McCoy, A.J. / Kelly, B.T. / Evans, P.R. | ||||||
![]() | ![]() Title: A Structural Explanation for the Binding of Endocytic Dileucine Motifs by the Ap2 Complex. Authors: Kelly, B.T. / Mccoy, A.J. / Spaete, K. / Miller, S.E. / Evans, P.R. / Hoening, S. / Owen, D.J. | ||||||
History |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
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Others | ![]() |
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Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2jktC ![]() 2vglS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper: (Code: given Matrix: (0.005, 0.998, 0.062), Vector: |
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Components
-AP-2 COMPLEX SUBUNIT ... , 4 types, 8 molecules ALBEISMU
#1: Protein | Mass: 69786.406 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: ALPHA CHAIN, RESIDUES 1-620 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 66953.195 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: BETA2 CHAIN, RESIDUES 1-591 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 17038.688 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: Protein | Mass: 49726.641 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Protein/peptide , 1 types, 2 molecules PQ
#5: Protein/peptide | Mass: 1443.629 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: RESIDUES 252-262 / Source method: obtained synthetically Details: RMS(P)EIKRLLSE. RESIDUE 3 IS PHOSPHOSERINE THOUGH NO PHOSPHORYL GROUP WAS VISIBLE IN THE STRUCTURE Source: (synth.) ![]() |
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-Non-polymers , 2 types, 50 molecules ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: Chemical | ChemComp-SO4 / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | SEQUENCE OF CHAINS A AND L IS FROM MOUSE BUT HAS GLU INSERTED AT POSITION 272 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.95 Å3/Da / Density % sol: 57.96 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 6.5 Details: 1.7-2.2M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH6 .5 AND 5MM DTT FROM A MIXTURE OF 10MG/ML AP2 CORE AND 7MG/ML PEPTIDE. CRYOPROTECTED WITH 1.8-2.3M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE ...Details: 1.7-2.2M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH6 .5 AND 5MM DTT FROM A MIXTURE OF 10MG/ML AP2 CORE AND 7MG/ML PEPTIDE. CRYOPROTECTED WITH 1.8-2.3M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH 6.5, 17% GLYCEROL AND 7MG/ ML CD4 DILEUCINE PEPTIDE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: May 23, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→51 Å / Num. obs: 96683 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -9 / Redundancy: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 8.6 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.16 Å / Redundancy: 9 % / Rmerge(I) obs: 1.17 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2VGL Resolution: 2.98→50.95 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.23 / Phase error: 27.79 / Stereochemistry target values: ML Details: 28 TLS GROUPS. THE PHOSPHATE OF THE PHOSPHOSERINE RESIDUES P3 AND Q3 WERE NOT VISIBLE, SO THE RESIDUE WAS MODELLED AS SERINE
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.75 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.98→50.95 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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