PDB-4v1x: The structure of the hexameric atrazine chlorohydrolase, AtzA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4v1x

タイトル

The structure of the hexameric atrazine chlorohydrolase, AtzA

要素

ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

キーワード

HYDROLASE / BIOREMEDIATION / PROTEIN EVOLUTION

機能・相同性

機能・相同性情報

atrazine chlorohydrolase / atrazine chlorohydrolase activity / atrazine catabolic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS SP. ADP (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Peat, T.S. / Newman, J. / Balotra, S. / Lucent, D. / Warden, A.C. / Scott, C.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: The Structure of the Hexameric Atrazine Chlorohydrolase Atza.
著者: Peat, T.S. / Newman, J. / Balotra, S. / Lucent, D. / Warden, A.C. / Scott, C.

履歴

登録	2014年10月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月25日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4v1x.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4v1x.ent.gz	895.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4v1x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/4v1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/4v1x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4v1yC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4v1y-2 4v1y-1 6clz-d 6phu-1 2yfo-1 4di4-1 1z9h-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (4)

登録構造単位

A: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

B: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

C: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

D: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

E: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

F: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

ヘテロ分子

329 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.269, 146.056, 196.361
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ATRAZINE CHLOROHYDROLASE 分子量: 54724.082 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HIS-TAG PUT ON THE N-TERMINUS FOR PURIFICATION 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS SP. ADP (バクテリア) プラスミド: PETCC2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P72156, atrazine chlorohydrolase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 887 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	HIS-TAG AT N-TERMINUS FOR PURIFICATION.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.2 % 解説: 3HPA WAS USED TO SOLVE A LOW RESOLUTION STRUCTURE OF ATZA IN A DIFFERENT SPACEGROUP. THIS STRUCTURE WAS THEN USED TO SOLVE THE STRUCTURE DEPOSITED NOW.
結晶化	pH: 7.3 詳細: THE PROTEIN (AFTER HIS-TAG REMOVAL) WAS CONCENTRATED TO 11 MG/ML AND SET IN A 1:1 RATIO, 200 NL PLUS 200 NL, WITH 50 MM HEPES PH 7.3, 4.6 % PEG 10,000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→48.7 Å / Num. obs: 170140 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.1 % / R_merge(I) obs: 0.24 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 15.3 % / R_merge(I) obs: 1.15 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→117.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 9.419 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED THE PROTEIN WAS SET UP IN A CO-CRYSTALLIZATION EXPERIMENT WITH ATRAZINE, AND ALTHOUGH THERE IS SOME DENSITY IN SOME ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19631	8345	4.9 %	RANDOM
R_work	0.16553	-	-	-
obs	0.16703	161715	99.46 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.204 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.81 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.87 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→117.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22046	0	48	887	22981

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	22737
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	21681
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.675	1.938	30881
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.388	3	49529
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.05	5	2867
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.535	22.943	1094
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.474	15	3702
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.527	15	230
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	3433
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	26207
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	5463
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.621	2.285	11432
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.62	2.285	11431
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.832	3.835	14311
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.096	2.971	11305
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	621	-
R_work	0.226	11765	-
obs	-	-	98.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3886	-0.0314	0.0926	0.2574	-0.0595	0.2618	-0.0342	-0.0455	0.0351	-0.0218	0.0171	-0.0342	-0.0604	0.0806	0.0171	0.0208	-0.0161	-0.0016	0.0654	-0.0088	0.0078	-46.3453	158.5044	24.855
2	0.1862	-0.0128	0.0405	0.3016	-0.0007	0.442	0.0103	-0.0679	-0.0609	0.0147	0.0154	0.0187	0.0523	0.0107	-0.0256	0.025	0.0231	0.0011	0.057	0.0287	0.0225	-64.0432	130.9741	33.1776
3	0.1423	0.0067	-0.0279	0.2583	0.0353	0.3184	0.0044	0.0413	0.0289	-0.0321	0.01	0.0217	-0.0442	-0.0074	-0.0144	0.0324	-0.0232	0.0045	0.0385	0.0043	0.0089	-65.2665	162.9057	-28.7409
4	0.3089	-0.0561	-0.1946	0.3287	0.0315	0.3639	-0.0383	-0.0042	-0.0322	0.0037	0.0129	-0.0535	0.0591	0.0889	0.0254	0.0156	0.0071	0.0134	0.0372	-0.0084	0.026	-45.3175	136.9595	-20.3654
5	0.1568	0.0161	-0.0098	0.2015	0.017	0.2316	-0.004	-0.0251	0.0176	0.0029	0.0084	-0.0043	-0.0296	-0.0675	-0.0043	0.0087	0.0208	0.0021	0.0516	0.0032	0.0034	-102.47	157.0063	14.5015
6	0.2436	-0.082	0.0194	0.2518	0.0355	0.2937	0.0105	0.0433	-0.0715	-0.0221	-0.0027	0.0055	0.0199	-0.0721	-0.0078	0.0079	-0.0139	-0.0024	0.0477	-0.012	0.0228	-101.3634	133.671	-9.9398

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 481
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 481
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 481
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 481
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 481
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	3 - 481

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