PDB-4v1y: The structure of the hexameric atrazine chlorohydrolase, AtzA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4v1y

タイトル

The structure of the hexameric atrazine chlorohydrolase, AtzA

要素

ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

キーワード

HYDROLASE / BIOREMEDIATION / PROTEIN EVOLUTION / DEHALOGENASE

機能・相同性

機能・相同性情報

atrazine chlorohydrolase / atrazine chlorohydrolase activity / atrazine catabolic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS SP. ADP (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Peat, T.S. / Newman, J. / Balotra, S. / Lucent, D. / Warden, A.C. / Scott, C.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: The Structure of the Hexameric Atrazine Chlorohydrolase Atza.
著者: Peat, T.S. / Newman, J. / Balotra, S. / Lucent, D. / Warden, A.C. / Scott, C.

履歴

登録	2014年10月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月25日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4v1y.cif.gz	2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4v1y.ent.gz	1.7 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4v1y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/4v1y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/4v1y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4v1xC 3hpaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4v1x-d 6clz-d 2yfo-1 6phu-1 2yfn-1 1z9h-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (4)

登録構造単位

A: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

B: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

C: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

D: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

E: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

F: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

G: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

H: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

I: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

J: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

K: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

L: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

ヘテロ分子

659 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

B: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

C: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

D: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

E: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

F: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
329 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

H: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

I: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

J: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

K: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

L: ATRAZINE CHLOROHYDROLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
329 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.487, 195.564, 283.882
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	ATRAZINE CHLOROHYDROLASE 分子量: 54724.082 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-TERMINAL HIS-TAG TO AID PURIFICATION. 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS SP. ADP (バクテリア) プラスミド: PETCC2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P72156, atrazine chlorohydrolase

-
非ポリマー , 5種, 193分子

#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	N-TERMINAL HIS-TAG ADDED TO AID IN PURIFICATION

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.1 詳細: THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 11.4 MG/ML AND SET UP IN A 1:1 RATIO, 150 NL PLUS 150 NL, WITH 50 MM HEPES PH 7.1, 2.7% DIETHYLENE GLYCOL, 5.5% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→49.5 Å / Num. obs: 161122 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.23 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HPA

3hpa

解像度: 2.8→161.05 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 29.01 / SU ML: 0.252 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.336 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED TWO FULL HEXAMERS ARE FOUND IN THE ASYMMETRIC UNIT.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21794	7864	4.9 %	RANDOM
R_work	0.18742	-	-	-
obs	0.1889	153180	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.473 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.3 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→161.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	44161	0	110	161	44432

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	45661
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	43532
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.505	1.938	62016
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2	3	99453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.569	5	5765
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.234	22.955	2200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.441	15	7447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.997	15	463
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	6886
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	52690
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	10977
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.665	2.086	22955
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.665	2.086	22954
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.761	3.125	28755
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.403	2.412	22706
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	544	-
R_work	0.271	11246	-
obs	-	-	99.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.247	-0.0892	0.137	0.2641	-0.1198	0.3471	-0.0063	-0.0413	-0.0761	0.0551	0.0488	0.0708	0.0918	-0.0615	-0.0425	0.0828	-0.0311	0.0033	0.0526	0.0398	0.048	134.0078	37.0244	48.0508
2	0.2611	-0.1038	-0.0436	0.283	0.1411	0.3621	0.0456	0.0236	0.0027	-0.0035	-0.0335	0.0588	-0.0132	-0.0131	-0.0121	0.0387	-0.0053	-0.0127	0.053	0.0046	0.0447	132.7905	62.0379	25.3157
3	0.3323	-0.1084	-0.215	0.449	0.088	0.4292	-0.0066	-0.045	-0.0479	0.1369	-0.0472	-0.2478	-0.0195	0.0459	0.0537	0.0665	-0.0165	-0.0945	0.018	0.0469	0.1807	189.8398	26.6369	44.3961
4	0.1724	0.028	0.0406	0.6104	-0.2087	0.261	-0.0015	0.0295	-0.0615	-0.0672	-0.037	-0.0701	0.0409	-0.029	0.0385	0.0996	0.0157	0.008	0.0294	-0.0032	0.0772	169.8701	18.9244	18.18
5	0.2155	0.0084	0.05	0.3747	-0.1401	0.1406	0.0228	-0.0214	0.0279	0.1304	-0.0223	-0.0557	-0.0239	-0.0219	-0.0005	0.1099	-0.0213	-0.0421	0.0311	0.0072	0.0295	171.0492	80.0649	51.8747
6	0.393	0.0785	0.1046	0.1509	0.1247	0.3412	0.0198	0.0558	0.0109	-0.0229	0.0148	-0.1186	0.037	0.0162	-0.0346	0.0252	-0.0098	0.0232	0.0279	0.0214	0.1407	188.9614	72.2498	24.1759
7	0.2376	-0.044	0.2185	0.5157	-0.012	0.4434	0.034	-0.0461	-0.0733	0.0164	0.0158	0.0357	0.0789	0.0022	-0.0498	0.0779	-0.0287	-0.0084	0.0329	0.0144	0.0475	124.5781	18.3051	-15.4857
8	0.2636	0.0075	-0.1039	0.3332	-0.0959	0.4352	0.0362	-0.0043	-0.0807	-0.147	0.0094	0.1602	0.0262	-0.0936	-0.0456	0.0853	-0.0267	-0.0794	0.0547	0.0075	0.108	104.3846	25.0654	-41.7835
9	0.2429	0.1461	-0.0381	0.2534	-0.0695	0.2079	0.0528	-0.0373	-0.0085	-0.0099	-0.046	-0.0519	0.0007	0.0014	-0.0068	0.0496	0.0053	-0.0038	0.053	0.0115	0.0465	161.4334	61.1568	-24.0888
10	0.1767	0.0681	0.1014	0.3393	-0.0257	0.2767	0.014	0.0423	-0.083	-0.0431	-0.0046	-0.0913	0.0307	-0.0032	-0.0094	0.0832	0.0254	0.0174	0.0226	-0.018	0.0636	160.1497	35.4308	-46.0011
11	0.3828	-0.0789	0.0647	0.2043	-0.1054	0.2235	0.0216	-0.0799	0.0215	0.035	0.0146	0.0701	0.0329	-0.0535	-0.0363	0.0295	-0.002	0.0091	0.0675	-0.0124	0.0568	105.1652	71.3468	-23.0245
12	0.2172	0.0447	-0.0047	0.2554	0.0774	0.1828	0.0073	0.0506	0.0395	-0.0741	0.0146	0.0138	-0.0236	0.0121	-0.022	0.0732	0.0134	-0.0122	0.059	0.0028	0.0296	122.9757	78.2142	-51.0198

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 481
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 481
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 481
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 481
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 481
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 481
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 481
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	3 - 481
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	1 - 481
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	2 - 481
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	1 - 481
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	1 - 481

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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